生化模式凈水主要是靠硝化細(xì)菌，硝化細(xì)菌從無到有這個(gè)過程俗稱掛膜。硝化細(xì)菌掛膜需要濾材（細(xì)菌屋）；硝化細(xì)菌屬于好氧細(xì)菌，因此需要氧氣；硝化細(xì)菌繁殖還需要養(yǎng)分，也就是魚糞。再滿足上訴三個(gè)情況下，保持25度水溫，硝化細(xì)菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個(gè)過程叫冷啟動(dòng)。想快速啟動(dòng)，可以使用液體硝化細(xì)菌，或者添加一些其他已經(jīng)掛膜的濾材進(jìn)來進(jìn)行引菌，這個(gè)過程叫熱啟動(dòng)。海水系統(tǒng)應(yīng)為高鹽度的問題，自然掛膜時(shí)間比淡水系統(tǒng)要長(zhǎng)一倍以上，時(shí)間也隨鹽度升高而延長(zhǎng)。
目前普通的養(yǎng)殖技術(shù)都是基于自然或傳統(tǒng)養(yǎng)殖模式條件下魚類的生理活動(dòng)研究成果，但是在工廠化高密度條件下，魚類受到環(huán)境脅迫，生理狀況會(huì)有顯著變化，水生態(tài)環(huán)境更為單一，養(yǎng)殖技術(shù)應(yīng)有相應(yīng)的調(diào)整。我國(guó)目前在該領(lǐng)域的研究嚴(yán)重滯后于生產(chǎn)，無法提供成熟的養(yǎng)殖工藝，設(shè)施的效能不能得到發(fā)揮。部分配套技術(shù)的發(fā)展也不均衡，比如飼料品質(zhì)普遍較差，營(yíng)養(yǎng)轉(zhuǎn)移效率低且不穩(wěn)定，增加了設(shè)施系統(tǒng)的處理負(fù)荷，導(dǎo)致綜合效益下降。因此，需要針對(duì)工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的系統(tǒng)條件，研究發(fā)展配套的養(yǎng)殖技術(shù)。
工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的典型工藝和裝備是以物理過濾結(jié)合生物過濾為主體，對(duì)養(yǎng)殖水體進(jìn)行深度凈化，并集成了水質(zhì)自動(dòng)監(jiān)控系統(tǒng)，實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)并調(diào)控養(yǎng)殖水體質(zhì)量并可追溯。該系統(tǒng)具有工藝技術(shù)完善、水處理效果好、水質(zhì)狀況穩(wěn)定、生產(chǎn)操作舒適、設(shè)備維護(hù)簡(jiǎn)便、運(yùn)行成本低、系統(tǒng)投資省等優(yōu)點(diǎn)。這是一套簡(jiǎn)潔有效的工藝技術(shù)路線：魚池出水自流進(jìn)入微濾機(jī)池，去除殘餌和魚糞等顆粒直徑大于60微米的固體懸浮物質(zhì)，經(jīng)水泵提升進(jìn)入生物濾器，一方面截流微小的顆粒懸浮物，另一方面對(duì)水體中的氨氮進(jìn)行降解，凈化后的水自流回魚池。