高密的養(yǎng)殖下，一旦系統(tǒng)崩潰、疾病爆發(fā)或循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)運(yùn)行的穩(wěn)定性和系統(tǒng)總水量的平衡、生物濾池的維護(hù)、過濾設(shè)施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養(yǎng)殖密度以及水質(zhì)的檢測(cè)和疾病的預(yù)防都是分不開的。因此，循環(huán)水系統(tǒng)的科學(xué)有效運(yùn)行是多學(xué)科知識(shí)的綜合體現(xiàn)。研究調(diào)查發(fā)現(xiàn)，很多企業(yè)對(duì)循環(huán)水養(yǎng)殖的原理、水處理設(shè)施設(shè)備的作用、運(yùn)行參數(shù)等知之甚少，直接影響到系統(tǒng)的運(yùn)行管理。較高的進(jìn)入門檻也進(jìn)一步加大了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的推廣難度。
20世紀(jì)80年代，國外的工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)施和技術(shù)開始進(jìn)入中國，當(dāng)時(shí)各地花巨資共引進(jìn)了西德和丹麥約30余套循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)施，但由于高昂的投入和運(yùn)行成本，上述設(shè)施很快便被束之高閣。1988年，中國水產(chǎn)科學(xué)研究院漁業(yè)機(jī)械儀器研究所在吸收消化國外技術(shù)的基礎(chǔ)上，設(shè)計(jì)了國內(nèi)第壹個(gè)生產(chǎn)性的工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖車間。隨著養(yǎng)殖業(yè)和物流的迅速發(fā)展，北方冬季的吃魚問題得到很大改善。隨著北方魚價(jià)的大幅下跌，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的經(jīng)濟(jì)性受到了嚴(yán)重的質(zhì)疑，加上技術(shù)上的不成熟，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的發(fā)展進(jìn)入了低谷。
我國是世界上水產(chǎn)養(yǎng)殖規(guī)模大的國家，但由于傳統(tǒng)養(yǎng)殖方式存在的規(guī)范化程度低、養(yǎng)殖模式簡單、水資源浪費(fèi)大、污染嚴(yán)重等問題，導(dǎo)致產(chǎn)能嚴(yán)重滯后。近年，由中國水產(chǎn)研究院聯(lián)合相關(guān)科研和推廣部門，對(duì)工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)開展了全面研究。我國的南方地區(qū)海岸線長，網(wǎng)箱和土塘養(yǎng)殖發(fā)達(dá)，但存在各種魚、蝦苗種供應(yīng)不足和孵化育苗存活率低、臺(tái)風(fēng)等自然災(zāi)害較多、工業(yè)污染水源等問題。