目前普通的養(yǎng)殖技術都是基于自然或傳統(tǒng)養(yǎng)殖模式條件下魚類的生理活動研究成果，但是在工廠化高密度條件下，魚類受到環(huán)境脅迫，生理狀況會有顯著變化，水生態(tài)環(huán)境更為單一，養(yǎng)殖技術應有相應的調(diào)整。我國目前在該領域的研究嚴重滯后于生產(chǎn)，無法提供成熟的養(yǎng)殖工藝，設施的效能不能得到發(fā)揮。部分配套技術的發(fā)展也不均衡，比如飼料品質(zhì)普遍較差，營養(yǎng)轉移效率低且不穩(wěn)定，增加了設施系統(tǒng)的處理負荷，導致綜合效益下降。因此，需要針對工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的系統(tǒng)條件，研究發(fā)展配套的養(yǎng)殖技術。
高密的養(yǎng)殖下，一旦系統(tǒng)崩潰、疾病爆發(fā)或循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)運行的穩(wěn)定性和系統(tǒng)總水量的平衡、生物濾池的維護、過濾設施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養(yǎng)殖密度以及水質(zhì)的檢測和疾病的預防都是分不開的。因此，循環(huán)水系統(tǒng)的科學有效運行是多學科知識的綜合體現(xiàn)。研究調(diào)查發(fā)現(xiàn)，很多企業(yè)對循環(huán)水養(yǎng)殖的原理、水處理設施設備的作用、運行參數(shù)等知之甚少，直接影響到系統(tǒng)的運行管理。較高的進入門檻也進一步加大了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的推廣難度。
但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大?，F(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術路線有待進一步探討、完善。