循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)難點是解決氮循環(huán)的問題，要消除氨氮和亞硝(xiao)酸氮的影響。環(huán)控公司的解決方案是在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中加入了反硝化反應池，但由于反硝化作用需要在嚴格厭氧條件下進行，因此硝化作用反應池需要跟反硝化作用反應池分開。目前循環(huán)水養(yǎng)殖設備已實現(xiàn)工廠化生產(chǎn)，做到了養(yǎng)殖池與養(yǎng)殖凈化設備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，實現(xiàn)養(yǎng)殖水的循環(huán)利用。
但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大?，F(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進一步探討、完善。
工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)是以工業(yè)化手段主動控制水環(huán)境，水資源消耗小、占地少、對環(huán)境污染小、產(chǎn)品優(yōu)質(zhì)安全、bing害少、密度高、養(yǎng)殖生產(chǎn)不受地域或氣候的限制和影響，資源利用率高，是高投入高產(chǎn)出，低風險實現(xiàn)水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)可持續(xù)發(fā)展的重要途徑。機械過濾系統(tǒng) 機械過濾系統(tǒng)的主要功能就是通過不斷的循環(huán)，將水中魚類的糞便及多投的飼料等固體顆粒及膠體狀物質(zhì)過濾分離出去。以避免它們留在養(yǎng)殖水體中繼續(xù)分解成對水生生物有毒的氨氮等物質(zhì)。 機械過濾系統(tǒng)設備分很多種，常見的有微濾機、蛋白質(zhì)分離器、過濾沙缸、精密過濾器等。微濾機經(jīng)過水產(chǎn)設備的精心設計，早已實現(xiàn)全自動化。