循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)難點(diǎn)是解決氮循環(huán)的問(wèn)題，要消除氨氮和亞硝(xiao)酸氮的影響。環(huán)控公司的解決方案是在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中加入了反硝化反應(yīng)池，但由于反硝化作用需要在嚴(yán)格厭氧條件下進(jìn)行，因此硝化作用反應(yīng)池需要跟反硝化作用反應(yīng)池分開(kāi)。目前循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)備已實(shí)現(xiàn)工廠(chǎng)化生產(chǎn)，做到了養(yǎng)殖池與養(yǎng)殖凈化設(shè)備的無(wú)縫連接。通過(guò)一系列的物理過(guò)濾、化學(xué)沉淀以及通過(guò)微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過(guò)殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，實(shí)現(xiàn)養(yǎng)殖水的循環(huán)利用。
我國(guó)工廠(chǎng)養(yǎng)殖目前受水處理成本的壓力，仍主要以流水養(yǎng)殖、半封閉循環(huán)水養(yǎng)殖為主，真正意義上的全封閉循環(huán)水養(yǎng)殖企業(yè)較少。流水養(yǎng)殖和半封閉養(yǎng)殖方式產(chǎn)量低（單位水體產(chǎn)量10—15千克/米2·年）、耗能大、效率低，與先進(jìn)國(guó)家技術(shù)密集型的循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)相比，在系統(tǒng)的循環(huán)水率、系統(tǒng)輔助水體的比率等關(guān)鍵性能方面基本接近國(guó)際水平，在設(shè)備、工藝、產(chǎn)量（先進(jìn)技術(shù)的產(chǎn)量達(dá)100千克/米2·年以上）和效益等方面，以及生物凈化系統(tǒng)的構(gòu)建、凈化效率和穩(wěn)定性、系統(tǒng)集成度、系統(tǒng)穩(wěn)定性等方面仍存在著一定的差距。
生化過(guò)濾依靠的是硝化細(xì)菌，硝化細(xì)菌的數(shù)量直接影響凈水效能。硝化細(xì)菌的數(shù)量和濾材的表面積有關(guān)：表面積越大就能附著越多的硝化細(xì)菌。有資料顯示，火山石的比表面積是300平方米/立方，K1是500平方米/立方。還有一種micro k1的東西，國(guó)內(nèi)電商平臺(tái)上面沒(méi)有見(jiàn)過(guò)，比表面積是950平方米/立方。常見(jiàn)的過(guò)濾還有沼澤過(guò)濾，這個(gè)屬于是被動(dòng)過(guò)濾，濾材上的硝化細(xì)菌因?yàn)榈貌坏阶銐虻难鯕?，硝化反?yīng)比較慢，大多數(shù)商超暫養(yǎng)用的就是這種過(guò)濾，優(yōu)點(diǎn)是建造完成后基本無(wú)需維護(hù)。