我國苗種繁育過程的全人工控制技術尚處于起步階段，低營養(yǎng)條件下的生物膜培養(yǎng)技術、水質的智能化控制技術、不同特性魚卵孵化設施技術、繁育過程智能化判別技術等需要突破，繁育生態(tài)環(huán)境人工控制技術需要優(yōu)化和集成。有必要針對我國大宗養(yǎng)殖產品和一些名特優(yōu)品種的苗種繁育要求，應用現(xiàn)代水環(huán)境控制技術和孵化繁育生境模擬技術，構建特定的設備系統(tǒng)，形成完善的養(yǎng)殖生產工藝，達到水環(huán)境有效控制、孵化過程有效調控、節(jié)能節(jié)水以及反季節(jié)工業(yè)化生產的目的。
養(yǎng)殖過程中產生的殘餌、糞便，有部分無法通過換水排出而吸附在池壁池底。洗池對于排出養(yǎng)殖池底的污物有一定效果。無死角的養(yǎng)殖池形狀結合向中央傾斜的池底和中央排污方式，可以有效的排出池底污物。當同一個養(yǎng)魚池中魚的大小、強弱不一時，會嚴重影響魚的生長速度，因而，養(yǎng)殖過程中必須按時進行大小分選。魚的大小分選不僅可以防止互殘（半滑舌鰨的互殘的情況很少發(fā)生），而且便于進行管理，尤其是幼魚，幼魚生長比較快，分選和不分選，幼魚的生長、死亡率和餌料的利用率相差很大。但要盡可能減少分養(yǎng)次數(shù)，過多次數(shù)的分養(yǎng)會使魚體受傷，增加魚的應激反應。
20世紀90年代，在淡水養(yǎng)殖方面，隨著經濟的快速發(fā)展，全國各地興建了很多水產養(yǎng)殖示范區(qū)，建立了一批淡水魚類工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，但是其經濟性矛盾依然突出。而工廠化循環(huán)水苗種繁殖生產系統(tǒng)具有水環(huán)境可控、苗種質量高等優(yōu)點，適應了苗種生產的反季節(jié)性、水質條件要求高的特點，并且苗種的單位產值高，使之得到了一定程度的應用。以大菱鲆工廠化流水養(yǎng)殖為代表的海水工廠化養(yǎng)殖的大力推廣，隨之而來的是優(yōu)質水資源大量耗用，尤其是地下水資源，造成地下水位下降、地陷等諸多問題。“九五”以來，國家有關科研計劃大力支持海水工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的研究，并取得了重要的階段性成果。