循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)難點是解決氮循環(huán)的問題，要消除氨氮和亞硝/酸氮的影響。傳統(tǒng)的解決方案是在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中加入了反硝化反應池，但由于反硝化作用需要在嚴格厭氧條件下進行，因此硝化作用反應池需要跟反硝化作用反應池分開，這就增加了循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的成本。前循環(huán)水養(yǎng)殖設備已實現工廠化生產，實現養(yǎng)殖池與養(yǎng)殖凈化設備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，實現養(yǎng)殖水的循環(huán)利用。
但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大。現在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數為具有一定規(guī)模，技術力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術路線有待進一步探討、完善。
造成桃拉病毒滋生的主要原因就是養(yǎng)殖水的水質控制問題，使用外塘養(yǎng)殖模式到了一定時間，水質相對會比較差，這時候就會滋生各種各樣的病毒。廣州環(huán)控農業(yè)生物科技有限公司為了提高養(yǎng)殖水的質量，進行了長期的實驗和研究，結合循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和生物絮團養(yǎng)殖技術，打造了一個適合養(yǎng)殖對蝦的養(yǎng)殖模式。運用循環(huán)水養(yǎng)殖設備，可以有效改善水質環(huán)境，而且節(jié)約水能，同時可以進行高密度養(yǎng)殖對蝦，產量比外塘養(yǎng)殖要高出10倍有余。