但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大。現(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術路線有待進一步探討、完善。
廣州環(huán)控農(nóng)業(yè)生物科技有限公司針對如何防止水產(chǎn)養(yǎng)殖疾病的滋生做出了長時間研究，經(jīng)過幾年時間的不斷反復研究，發(fā)現(xiàn)病毒的滋生主要是因為養(yǎng)殖水體質(zhì)量變差惡化造成的，很多的病毒在養(yǎng)殖水體質(zhì)量差的環(huán)境中會顯得異?；钴S。同時廣州環(huán)控經(jīng)過幾年時間的研究發(fā)現(xiàn)，水產(chǎn)養(yǎng)殖戶們所做的防護措施根本是治標不治本的，可能短時間內(nèi)有效，因為他們根本沒有一整套完整的系統(tǒng)去維持水體環(huán)境質(zhì)量。
在目前的發(fā)展水平下，循環(huán)水養(yǎng)殖模式較高的準入門檻使得循環(huán)水養(yǎng)殖與普通低附加值魚類無緣，而名貴海水魚類可養(yǎng)殖品種有限，限制了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的發(fā)展。近些年來，經(jīng)過專家學者和眾多的養(yǎng)殖企業(yè)的不斷探索，國內(nèi)循環(huán)水養(yǎng)殖品種的豐富度大大提高，如：斑石鯛、墨瑞鱈魚、黃條鰤等。循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)既是一個復雜的系統(tǒng)工程，又是一個矛盾的綜合體，因此，不可能存在一種十全十美、適用于所有養(yǎng)殖品種的循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，只要不出現(xiàn)明顯的設計漏洞，系統(tǒng)運行過程中遇到的很多問題，可以通過系統(tǒng)管理技術和養(yǎng)殖技術來解決。