工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的典型工藝和裝備是以物理過濾結合生物過濾為主體，對養(yǎng)殖水體進行深度凈化，并集成了水質自動監(jiān)控系統(tǒng)，實時監(jiān)測并調控養(yǎng)殖水體質量并可追溯。該系統(tǒng)具有工藝技術完善、水處理效果好、水質狀況穩(wěn)定、生產操作舒適、設備維護簡便、運行成本低、系統(tǒng)投資省等優(yōu)點。這是一套簡潔有效的工藝技術路線：魚池出水自流進入微濾機池，去除殘餌和魚糞等顆粒直徑大于60微米的固體懸浮物質，經水泵提升進入生物濾器，一方面截流微小的顆粒懸浮物，另一方面對水體中的氨氮進行降解，凈化后的水自流回魚池。
循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)難點是解決氮循環(huán)的問題，要消除氨氮和亞硝(xiao)酸氮的影響。環(huán)控公司的解決方案是在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中加入了反硝化反應池，但由于反硝化作用需要在嚴格厭氧條件下進行，因此硝化作用反應池需要跟反硝化作用反應池分開。目前循環(huán)水養(yǎng)殖設備已實現(xiàn)工廠化生產，做到了養(yǎng)殖池與養(yǎng)殖凈化設備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，實現(xiàn)養(yǎng)殖水的循環(huán)利用。
保持水深在40～80厘米。氨氮含量小于每升0.2毫克，溶氧大于每升5毫克，保持水質清新。光照強度500～2000勒克斯，光照均勻。根據要求調節(jié)水溫和換水量。養(yǎng)殖過程需按時測定水溫、pH值、溶解氧、鹽度、COD、氨氮、亞硝/酸鹽、硝/酸鹽、磷酸鹽等相關指標，將各項指標控制在合適的范圍內。當水溫高于20℃時，需要加大地下低溫海水的添加量和循環(huán)水量，并采取加大純氧供給量的措施，使氧氣飽和度達到100～150%（有液氧設施）。由于夜晚時間比較長，也是魚類生長速度比較快的時段，因此每天傍晚要堅持清潔養(yǎng)殖池一次，并進行一次池底排污操作，給魚苗創(chuàng)造一個良好生長的環(huán)境。