二代測序—全外顯子測序的應用領域醫(yī)學領域:1、疾病診斷:用于診斷各種遺傳性疾病,包括單基因遺傳?。ㄈ缒倚岳w維化、杜氏肌營養(yǎng)不良等)和復雜疾?。ㄈ?*、心血管疾病等)。在**研究中,通過對**組織和正常組織進行全外顯子測序,可以發(fā)現腫瘤細胞中的體細胞突變,這些突變可能是導致**發(fā)生、發(fā)展的關鍵因素,有助于醫(yī)生制定個性化的治療方案。2、藥物研發(fā):幫助研究人員了解藥物靶點的基因變異情況。例如,如果發(fā)現某些患者的藥物靶點基因外顯子區(qū)域存在突變,可能會影響藥物的療效,從而可以針對性地開發(fā)新的藥物或者調整藥物的使用劑量和方式。遺傳學研究:用于研究人類群體的遺傳多樣性,通過對不同人群的外顯子測序,可以發(fā)現不同人群之間的基因差異,這些差異可能與人群的適應性、易感性等有關。還可以用于追蹤基因的進化歷程,了解基因在進化過程中的變化情況。二代測序的特征是高通量,降低了測序成本的同時,還大幅提高了測序速度。靜安區(qū)哪里有二代測序提供
二代測序的建庫步驟②二、片段化處理物理方法:超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過超聲波的高頻振動將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如,在一些文庫構建中,將DNA樣本置于超聲破碎儀中,通過調整超聲功率和時間,可以將DNA片段化到幾百堿基對(bp)的長度范圍,一般在150-300bp左右,這符合二代測序的讀長要求。超聲破碎的優(yōu)點是片段大小比較均勻,但操作需要優(yōu)化超聲參數,否則可能會導致過度破碎或片段大小不一致。酶切方法:利用限制性內切酶進行片段化。限制性內切酶能夠識別特定的DNA序列,并在這些序列處切割DNA。例如,用EcoRⅠ酶可以識別GAATTC序列并進行切割。通過選擇合適的限制性內切酶組合,可以將DNA切割成期望大小的片段。不過,這種方法的局限性在于酶切位點的限制,可能無法獲得理想的片段大小分布,而且可能會引入酶切偏好性。靜安區(qū)嘉安健達二代測序公司二代測序又可以稱之為什么?
二代測序在代謝組研究中的應用途徑①
通過轉錄組測序關聯代謝組
原理:轉錄組測序借助二代測序技術可以獲取細胞或組織中所有mRNA的表達信息。由于基因表達**終會影響代謝過程,mRNA轉錄水平的變化往往會導致后續(xù)代謝途徑中關鍵酶的表達改變,進而影響代謝物的合成與轉化。例如,當某個參與糖代謝途徑的關鍵酶基因轉錄上調時,對應的酶含量可能增加,從而加速該代謝途徑的運轉,使代謝產物的量也隨之發(fā)生變化。
案例:在植物抗逆研究中,對遭受干旱脅迫的植物和正常生長的植物分別進行轉錄組測序。發(fā)現許多與滲透調節(jié)物質(如脯氨酸、甜菜堿等)合成相關的基因轉錄水平在干旱脅迫植株中顯著提高。再結合對植物代謝組的分析,的確檢測到脯氨酸、甜菜堿等代謝物的含量明顯增多,表明植物通過調節(jié)基因轉錄來改變代謝,以適應干旱環(huán)境。
WES測序的特點和優(yōu)勢
針對性強:外顯子是基因中編碼蛋白質的序列,與遺傳特征和疾病密切相關。WES專注于測序這些區(qū)域,能高效篩選致病基因變異,可檢測到所有外顯子區(qū)域的突變,包括已知的致病突變和可能導致疾病的未知突變。
經濟高效:外顯子區(qū)域*占全基因組1%左右,相比全基因組測序,WES測序成本更低、所需的測序深度較低,可以更快速地完成測序過程,減少測序成本和檢測周期。
檢測靈敏度高:能夠一次性檢測大量的基因突變,可檢測到低頻率(1%)的變異,如腫瘤細胞中的體細胞突變,對于單基因遺傳病、復雜疾病和罕見病等的診斷具有較高的靈敏度和準確性。
數據量和分析難度適中:相比于全基因組測序,WES數據量小,分析、存儲相對簡單,加速功能性變異的識別,更易于進行生物信息學分析和臨床解讀。 二代測序通量大,可以產生上G的reads.
二代測序—全外顯子測序的原理是什么?全外顯子測序主要是利用序列捕獲技術,將基因組DNA中的外顯子區(qū)域富集起來,然后通過高通量測序技術(如第二代測序技術Illumina測序平臺)對富集后的外顯子DN**段進行測序。其大致步驟包括DNA提取、片段化、文庫構建、外顯子捕獲、測序和數據分析等。例如,在文庫構建過程中,將提取的基因組DN**段化后,在片段兩端連接上特定的接頭序列,這些接頭序列可以用于后續(xù)的擴增和測序反應。然后通過與外顯子區(qū)域互補的寡核苷酸探針,將外顯子片段從全基因組DNA文庫中“捕獲”出來,經過清洗去除未結合的DN**段后,對捕獲的外顯子文庫進行大規(guī)模的平行測序。單細胞測序也是二代測序。廣西二代測序運用
二代測序需要分析嗎?靜安區(qū)哪里有二代測序提供
二代測序—全外顯子測序的優(yōu)勢針對性強:它主要聚焦于基因組中編碼蛋白質的區(qū)域,這部分區(qū)域雖然只占整個基因組的1-2%左右,但包含了大部分與疾病相關的突變。例如,在研究孟德爾遺傳病時,很多致病突變都位于外顯子區(qū)域,通過全外顯子測序可以更高效地找到這些突變。成本效益高:相比于全基因組測序,全外顯子測序的成本相對較低。因為它不需要對整個基因組(包括大量的非編碼區(qū)域)進行測序,在一定程度上減少了數據量和測序成本,同時又能獲取大部分有重要功能意義的遺傳信息。靜安區(qū)哪里有二代測序提供