普通轉錄組學測序適用于哪些情況？普通轉錄組測序主要適用于兩大類：一是不同的生長階段或者發(fā)育過程；二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉錄組學測序必須做生物學重復么？需要幾個重復？生物學重復是生物實驗所必須的，轉錄組測序也不例外，至少3次生物學重復。準備生物重復樣品時，通過對實驗的預先設計和控制，盡可能將與實驗處理無關的背景條件控制在同一水平，減少批次效應對結果的影響。轉錄組學測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？我們通常所講的轉錄組測序只能測到mRNA。但是全轉錄組測序通過構建兩個測序文庫（一是小RNA測序文庫、二是lncRNA測序文庫）是可以測到以上4種RNA的。轉錄組學可應用于基因點突變及多態(tài)性檢測。浙江SmalIRNA轉錄組學領域
轉錄組學測序類型：1.根據RNA種類：可以分為mRNA測序，SmallRNA測序，LncRNA測序、CircRNA測序、全轉錄組測序等。2.根據物種特點：比如真核生物或者原核生物，是否有參考基因組，測序平臺的不同，分為真核有參和無參轉錄組測序，原核轉錄組測序，全長轉錄組測序等。3.根據相互關系：分為互作轉錄組，比較轉錄組等等；此外，基因組甲基化會影響到基因的轉錄調控，也屬于轉錄調控測序范疇；還有用于研究轉錄因子與DNA的交互作用或組蛋白修飾在基因組上的分布的ChIP-Seq，研究RNA與蛋白互作關系的RIP-Seq，以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。武漢單細胞轉錄組學質譜分析轉錄組學可以直接測定每個轉錄本片段序列。
circRNA轉錄組學：是一類具有閉合環(huán)狀結構的非編碼RNA分子，沒有5′帽子結構和3′poly（A）結構，主要位于細胞質或儲存于外泌體中，不受RNA外切酶影響，表達更穩(wěn)定且不易降解，已被證明普遍存在于多種真核生物體內[1]。大多數circRNA是由外顯子環(huán)化而成，也有部分circRNA是由內含子環(huán)化而成的套索結構。同時由于circRNA含有大量的miRNA應答原件（MREs），能與AGO蛋白形成RNA誘導沉默復合體（RISC）的催化關鍵，然后導致circRNA降解。根據來源，circRNA可大致分為四類：全外顯子型的circRNA，內含子和外顯子組合的EIcircRNA，內含子組成的套索型ciRNA，由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產生的circRNA。
轉錄組是干什么用的，和表達譜有什么區(qū)別？轉錄組，指細胞某一時期所有基因的轉錄水平。轉錄組學，是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規(guī)律的學科。簡而言之，轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。對RNA的分析。分析應該是分幾個維度的DNA到RNA，RNA的剪切拼接，RNA的翻譯。表達譜有兩種，分別是基因表達譜和蛋白質表達譜。基因表達譜是指細胞中所有基因表達的格局。通過比較分析基因表達譜，可從整體水平研究代謝機制，認識基因相互作用的網絡關系，發(fā)現重要基因。轉錄組學可應用于植物生長機制的發(fā)現及干預。
RNA-Seq轉錄組學的應用：RNA-Seq即對轉錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數據自己進行后續(xù)的生信分析（質控，mapping，差異基因表達分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達變化。同一組織，不同物種：研究基因的進化關系。時間序列實驗：基因在不同時期的表達情況與發(fā)育的關系?；蚍诸悾赫业郊毎禺?，疾病相關，處理相關的基因表達模式，用于診斷疾病和預測等?；蚓W絡和通路：基因在細胞活動中的功能，基因間的相互作用。轉錄組學無需了解物種基因信息，能夠直接對任何物種進行轉錄組分析。武漢RNA轉錄組學質譜鑒定
轉錄組學可應用于表達差異的研究。浙江SmalIRNA轉錄組學領域
單細胞轉錄組關鍵步驟：單細胞的分離和捕獲：溫和分離，稀有細胞。轉錄本的捕獲和擴增：RNA測序需要0.1-1.0ugtotalRNA，捕獲效率10%（5-**NA測序需要1ngDNA，極限稀釋加移液分離單細胞；顯微操作分選單細胞；流式分選帶有表面Marker的單細胞；激光切割實體組織；微流控技術；磁珠捕獲，主要用于CTC。它的一個優(yōu)點是可以結合流式細胞熒光分選（FACS,fluorescentactivatedcellsorting）根據表面Marker分選細胞。因此特別適合分選細胞子集用于測序。它的另一個優(yōu)點是可以獲得細胞形態(tài)全覽圖，提供另外一個維度的信息，可用于鑒定微孔中是否有損傷的細胞或雙份細胞，主要缺點是通量低且每個細胞所需的工作量相當大。浙江SmalIRNA轉錄組學領域
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