circRNA轉錄組學:是一類具有閉合環(huán)狀結構的非編碼RNA分子,沒有5′帽子結構和3′poly(A)結構,主要位于細胞質或儲存于外泌體中,不受RNA外切酶影響,表達更穩(wěn)定且不易降解,已被證明普遍存在于多種真核生物體內[1]。大多數circRNA是由外顯子環(huán)化而成,也有部分circRNA是由內含子環(huán)化而成的套索結構。同時由于circRNA含有大量的miRNA應答原件(MREs),能與AGO蛋白形成RNA誘導沉默復合體(RISC)的催化關鍵,然后導致circRNA降解。根據來源,circRNA可大致分為四類:全外顯子型的circRNA,內含子和外顯子組合的EIcircRNA,內含子組成的套索型ciRNA,由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產生的circRNA。轉錄組學差異基因數目多少比較合理?高通量轉錄組學領域
單細胞 RNA-seq轉錄組學的工作流程:單細胞 RNA 測序等高通量單細胞轉錄組學技術通常從針對不同瘤和組織類型(解離、分選和分離細胞等)量身定制的實驗工作流程開始,然后產生可以比對的序列,量化、質量控制 (QC) 過濾和以不同方式標準化,以實現(xiàn)許多下游計算分析,例如聚類分析以識別轉錄不同的細胞類型和亞群,等位基因分析以識別單核苷酸變異(SNV,用星號表示)或拷貝數變體(CNV)、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境(TME)相互作用的推斷中。貴州高通量轉錄組學檢測價格轉錄組具有空間特異性的特點。
轉錄組學的概念:轉錄組是指特定組織或細胞在某一發(fā)育階段或功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的匯合,包括蛋白質編碼的信使RNA和非編碼RNA(rRNA、tRNA和其他ncRNAs),高通量測序技術也被稱為下一代測序(NGS)技術,推進了基因組學的研究進展。該項新技術除了研究靜態(tài)基因組,近年來也開始應用于動態(tài)轉錄分析,由此衍生的技術稱為RNA序列分析(RNA-seq)隨著DNA基因芯片技術的快速發(fā)展,開創(chuàng)了這個病癥近十年的高通量轉錄組研究。RNA-Seq技術可以從轉錄水平檢測瘤中的改變基因。通過相關軟件分析,鑒定相關改變基因在瘤發(fā)生的發(fā)展中所起的作用。然后經過刷選,進一步挑選出相關靶基因進行實驗研究,有望為瘤的基因醫(yī)治提供新的靶點。
宏轉錄學組概念:宏轉錄組測序是對某一特定時期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進行高通量測序,直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉錄組信息的一種測序技術的新應用。宏轉錄組中不只包含有微生物的物種信息,還有微生物的基因表達信息。如果說宏基因組能告訴我們微生物群,那么宏轉錄組則能告訴我們這些微生物,這有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物與環(huán)境、疾病、動植物等關系的機制。宏轉錄組分析:從以G為單位的高通量測序數據中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進行宏轉錄組研究必須經歷的一步?,F(xiàn)在網絡上分析組學數據的工具五花八門。能否從眾多組學工具中選擇出適合分析宏轉錄組數據的軟件,能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉錄組分析pipline,直接關乎到后期數據分析的進行。宏轉錄組學以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對象,避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題。
RNA-Seq轉錄組學的應用:RNA-Seq即對轉錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數據自己進行后續(xù)的生信分析(質控,mapping,差異基因表達分析,SNV分析等)。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種,不同組織:研究基因在不同部分的表達情況。同一物種,同一組織:研究基因在不同處理下,不同條件下的表達變化。同一組織,不同物種:研究基因的進化關系。時間序列實驗:基因在不同時期的表達情況與發(fā)育的關系?;蚍诸悾赫业郊毎禺?,疾病相關,處理相關的基因表達模式,用于診斷疾病和預測等?;蚓W絡和通路:基因在細胞活動中的功能,基因間的相互作用。轉錄組學為什么原核物種只能做有參轉錄組分析?高通量轉錄組學領域
轉錄組學分析轉錄本的結構和表達水平的同時,還能發(fā)現(xiàn)未知轉錄本和稀有轉錄本。高通量轉錄組學領域
轉錄組測序推薦的測序數據量?轉錄組測序所需數據量與所研究物種的基因組大小有關,基因組越大,則所需數據量越大。按照我們的經驗來說:常規(guī)物種一般建議6G數據即可;基因組較大的物種推薦8G以上數據,比如:小麥建議10G數據起,甘蔗、甘薯建議至少8G數據。轉錄組測序必須做生物學重復么?需要幾個重復?生物學重復是生物實驗所必須的,轉錄組測序也不例外,至少3 次生物學重復。準備生物重復樣品時,通過對實驗的預先設計和控制,盡可能將與實驗處理無關的背景條件控制在同一水平,減少批次效應對結果的影響。高通量轉錄組學領域