轉(zhuǎn)錄組學(transcriptomics)是功能基因組學(FunctionalGenomics)研究的重要組成部分,是一門在整體水平上研究細胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學科。隨著人類基因組計劃HGP(HumanGenomeProject)的完成,科學家也逐漸認識到對基因結(jié)構(gòu)序列的研究只是基因組學研究的一部分,并不能揭示所有的生命奧秘,所以接下來需要解決的問題是:研究這些基因序列的功能、參與的生命過程、表達調(diào)控方式,以及這些基因在不同的時空條件下的表達差異等。這些問題都需要功能基因組學技術(shù)來解決,而轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)是功能基因組學研究的重要組成部分。對基因及其轉(zhuǎn)錄表達產(chǎn)物功能研究的功能基因組學,將為疾病控制和新藥開發(fā)、作物和畜禽品種的改良提供新思路,為人類解決健康問題、食物問題、能源問題和環(huán)境問題提供新方法。轉(zhuǎn)錄學組測序能夠提供更準確的數(shù)字化信號。廣州轉(zhuǎn)錄組學領域
普通轉(zhuǎn)錄組學測序適用于哪些情況?普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于兩大類:一是不同的生長階段或者發(fā)育過程;二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學測序必須做生物學重復么?需要幾個重復?生物學重復是生物實驗所必須的,轉(zhuǎn)錄組測序也不例外,至少3次生物學重復。準備生物重復樣品時,通過對實驗的預先設計和控制,盡可能將與實驗處理無關(guān)的背景條件控制在同一水平,減少批次效應對結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄組學測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測序只能測到mRNA。但是全轉(zhuǎn)錄組測序通過構(gòu)建兩個測序文庫(一是小RNA測序文庫、二是lncRNA測序文庫)是可以測到以上4種RNA的。杭州circ RNA轉(zhuǎn)錄組學分析轉(zhuǎn)錄組學是一門在整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學科。
轉(zhuǎn)錄組學,基因組學,蛋白質(zhì)組學的區(qū)別:蛋白組學針對的是全體蛋白,組要以2D-Gel和質(zhì)譜為主,分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似,將蛋白用特定的物料化學手段分解成小肽段,在通過質(zhì)量反推蛋白序列,之后進行搜索,標識已知未知的蛋白序列。轉(zhuǎn)錄組學研究的是某個時間點的mRNA總和,可以用芯片,也可以用測序。芯片是用已知的基因探針,測序則有可能發(fā)現(xiàn)新的mRNA?;蚪M學研究的主要是基因組DNA,使用方法目前以二代測序為主,將基因組拆成小片段后再用生物信息學算法進行迭代組裝。當然這只是第1步,隨后還有繁瑣的基因注釋等數(shù)據(jù)分析工作。
宏轉(zhuǎn)錄組學適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農(nóng)業(yè)等領域。宏轉(zhuǎn)錄組學以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對象,避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題,能有效的擴展微生物資源的利用空間。應用領域:包括腸道微生物、口腔微生物、糞便微生物、人體組織微生物。宏轉(zhuǎn)錄學組的概念:宏轉(zhuǎn)錄組是特定時期、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA(轉(zhuǎn)錄本)的匯合。通過對這些轉(zhuǎn)錄本進行大規(guī)模高通量測序,可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉(zhuǎn)錄組信息。轉(zhuǎn)錄組學為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析?
單細胞轉(zhuǎn)錄組學技術(shù):單細胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法:SMART擴增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù),就是設計了2個特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個簡并堿基構(gòu)成,但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個堿基是A、C、G而非T的簡并堿基,而倒數(shù)第1個為簡并堿基,這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個連接處,而不會結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。轉(zhuǎn)錄學組測序能夠提供更高的檢測通量。南京circ RNA轉(zhuǎn)錄組學檢測多少錢
轉(zhuǎn)錄組學可應用于植物生長機制的發(fā)現(xiàn)及干預。廣州轉(zhuǎn)錄組學領域
什么叫轉(zhuǎn)錄組轉(zhuǎn)錄組學?1、轉(zhuǎn)錄組,廣義上指某一生理條件下,細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的組合,包括信使RNA、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運RNA及非編碼RNA;狹義上指所有mRNA的組合。2、轉(zhuǎn)錄組學,是指一門在整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學科。轉(zhuǎn)錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個活細胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,是研究細胞表型和功能的一個重要手段。以DNA為模板合成RNA的轉(zhuǎn)錄過程是基因表達的第一步,也是基因表達調(diào)控的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。廣州轉(zhuǎn)錄組學領域