什么是轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序？轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理條件下，細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狹義上指所有mRNA的組合。轉(zhuǎn)錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，主要包括mRNA和ncRNA。轉(zhuǎn)錄組具有時間特異性、組織特異性、空間特異性等特點。無參轉(zhuǎn)錄組和有參轉(zhuǎn)錄組的區(qū)別？如果所研究的物種有組裝注釋質(zhì)量較好基因組序列，且和該基因組序列比對效率較高，那么可以采用有參轉(zhuǎn)錄組的分析策略，直接進行分析。反之，則需要按照無參轉(zhuǎn)錄組的分析策略進行轉(zhuǎn)錄本組裝，構(gòu)建unigene庫，然后進行后續(xù)分析。circRNA主要存在于細胞質(zhì)或外泌體中，具有組織特異性、疾病特異性、時序特異性及高穩(wěn)定性等特征。南京全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組方法
轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理條件下細胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合，表示了基因表達的中間狀態(tài)。轉(zhuǎn)錄組測序可以對所有轉(zhuǎn)錄物進行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達水平。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者，蛋白組是一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質(zhì)。整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的表達數(shù)據(jù)對生物樣本進行研究，可以從整體上解釋生物學(xué)問題，探究生物體生理和疾病機理等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤發(fā)生機制研究：利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)可檢測瘤細胞惡化過程中的RNA（編碼RNA及非編碼RNA）的變化，有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機制。武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序樣品純度要求，電泳檢測28S:18S至少大于1.8。
宏轉(zhuǎn)錄組分析：從以G為單位的高通量測序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進行宏轉(zhuǎn)錄組研究必須經(jīng)歷的一步?，F(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上分析組學(xué)數(shù)據(jù)的工具五花八門。能否從眾多組學(xué)工具中選擇出適合分析宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件，能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉(zhuǎn)錄組分析pipline，直接關(guān)乎到后期數(shù)據(jù)分析的進行。這種技術(shù)不只具有宏基因組技術(shù)的全部優(yōu)點，可以檢測環(huán)境中的活性微生物、活性轉(zhuǎn)錄本以及活性功能進行研究，還可以比較不同環(huán)境下的差異表達基因和差異功能途徑，揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機制，探索環(huán)境與微生物之間的互作機理。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?（1）可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度，同時不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題；（2）靈敏度高，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本；（3）可以對任意物種進行全基因組分析，無需預(yù)先設(shè)計特異性探針，因此無需了解物種基因信息，能夠直接對任何物種進行轉(zhuǎn)錄組分析，同時能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準(zhǔn)確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區(qū)域。轉(zhuǎn)錄組即一個活細胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。
轉(zhuǎn)錄組測序推薦的測序數(shù)據(jù)量？轉(zhuǎn)錄組測序所需數(shù)據(jù)量與所研究物種的基因組大小有關(guān)，基因組越大，則所需數(shù)據(jù)量越大。按照我們的經(jīng)驗來說：常規(guī)物種一般建議6G數(shù)據(jù)即可；基因組較大的物種推薦8G以上數(shù)據(jù)，比如：小麥建議10G數(shù)據(jù)起，甘蔗、甘薯建議至少8G數(shù)據(jù)。轉(zhuǎn)錄組測序必須做生物學(xué)重復(fù)么？需要幾個重復(fù)？生物學(xué)重復(fù)是生物實驗所必須的，轉(zhuǎn)錄組測序也不例外，至少3 次生物學(xué)重復(fù)。準(zhǔn)備生物重復(fù)樣品時，通過對實驗的預(yù)先設(shè)計和控制，盡可能將與實驗處理無關(guān)的背景條件控制在同一水平，減少批次效應(yīng)對結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測。廣東全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究細胞表型和功能的一個重要手段。南京全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組方法
單細胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)工作流程：單細胞RNA測序等高通量單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細胞等）量身定制的實驗工作流程開始，然后產(chǎn)生可以比對的序列，量化、質(zhì)量控制(QC)過濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化，以實現(xiàn)許多下游計算分析，例如聚類分析以識別轉(zhuǎn)錄不同的細胞類型和亞群，等位基因分析以識別單核苷酸變異（SNV，用星號表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的分析通常因精心設(shè)計的研究設(shè)計而變得復(fù)雜，這些設(shè)計可能包括來自患病和未患病個體的樣本、在不同時間點（例如，診療前和診療后）收集的同一個人的多個樣本，或來自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個體的多個樣本。這樣的研究設(shè)計可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉(zhuǎn)錄特征，這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。南京全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組方法