circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)生物學(xué)功能：circRNA主要存在于細(xì)胞質(zhì)或外泌體中，具有組織特異性、疾病特異性、時序特異性及高穩(wěn)定性等特征。近幾年，大量的研究表明circRNA在生物的生長發(fā)育、脅迫應(yīng)答、疾病發(fā)生和發(fā)展等方面密切相關(guān)，并預(yù)測其在疾病診斷標(biāo)記物等方面的應(yīng)用前景，但其生物學(xué)功能在很大程度上仍然未知。目前認(rèn)可度比較高的circRNA生物學(xué)功能。circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)成環(huán)機(jī)制：circRNA環(huán)化方式分為內(nèi)含子環(huán)化和外顯子環(huán)化。目前主流的成環(huán)機(jī)制可歸類為：依賴于剪切體的索尾插接環(huán)化。在mRNA前體上，通過連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′ 供體的位點(diǎn)連接到上游的3′ 受體的位點(diǎn)，索尾插接形成環(huán)化，然后通過剪切形成circRNA。順式作用元件促進(jìn)circRNA形成。circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子。濟(jì)南外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法
轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序類型：1.根據(jù)RNA種類：可以分為mRNA測序，SmallRNA測序，LncRNA測序、CircRNA測序、全轉(zhuǎn)錄組測序等。2.根據(jù)物種特點(diǎn)：比如真核生物或者原核生物，是否有參考基因組，測序平臺的不同，分為真核有參和無參轉(zhuǎn)錄組測序，原核轉(zhuǎn)錄組測序，全長轉(zhuǎn)錄組測序等。3.根據(jù)相互關(guān)系：分為互作轉(zhuǎn)錄組，比較轉(zhuǎn)錄組等等；此外，基因組甲基化會影響到基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控，也屬于轉(zhuǎn)錄調(diào)控測序范疇；還有用于研究轉(zhuǎn)錄因子與DNA的交互作用或組蛋白修飾在基因組上的分布的ChIP-Seq，研究RNA與蛋白互作關(guān)系的RIP-Seq，以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。貴陽mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)定量分析轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用領(lǐng)域：海洋水產(chǎn)：生長發(fā)育機(jī)制，漁業(yè)資源，漁業(yè)環(huán)境與水產(chǎn)品安全等；微生物：致病機(jī)理，耐藥機(jī)制，病原體-宿主相互作用研究等；生物醫(yī)藥：生物標(biāo)志物，疾病機(jī)理機(jī)制，疾病分型，藥物開發(fā)，個性化醫(yī)治等；環(huán)境科學(xué)：發(fā)酵過程優(yōu)化，生物燃料生產(chǎn)，環(huán)境危害風(fēng)險評估研究等；食品科學(xué)：食品儲藏及加工條件優(yōu)化，食品組分及品質(zhì)鑒定，功能性食品開發(fā)，食品安全監(jiān)檢測等。轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理?xiàng)l件下細(xì)胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合，表示了基因表達(dá)的中間狀態(tài)。
轉(zhuǎn)錄組學(xué) (transcriptomics)是功能基因組學(xué) ( Functional Genomics)研究的重要組成部分，是一門在整體水平上研究細(xì)胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。隨著越來越多的基因組序列相繼被測定,生命科學(xué)的研究進(jìn)入了后基因組時代,各類組學(xué)技術(shù)得到迅速地發(fā)展與普遍地應(yīng)用包括以基因?yàn)檠芯繉ο蟮幕蚪M學(xué)(Genomics)、以轉(zhuǎn)錄過程為研究對象的轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)。意義：1、轉(zhuǎn)錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達(dá)的信息,并據(jù)此推斷相應(yīng)未知基因的功能,揭示特定調(diào)節(jié)基因的作用機(jī)制。2、通過基于基因表達(dá)譜的分子標(biāo)簽,不只可以辨別細(xì)胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷。轉(zhuǎn)錄組具有時間特異性的特點(diǎn)。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)：隨著越來越多的基因組序列相繼被測定,生命科學(xué)的研究進(jìn)入了后基因組時代,各類組學(xué)技術(shù)得到迅速地發(fā)展與普遍地應(yīng)用包括以基因?yàn)檠芯繉ο蟮幕蚪M學(xué)(Genomics)、以轉(zhuǎn)錄過程為研究對象的轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)。意義：1．轉(zhuǎn)錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達(dá)的信息,并據(jù)此推斷相應(yīng)未知基因的功能,揭示特定調(diào)節(jié)基因的作用機(jī)制.2．通過基于基因表達(dá)譜的分子標(biāo)簽,不只可以辨別細(xì)胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷.3．轉(zhuǎn)錄組的研究應(yīng)用于臨床的另一個例子是可以將表面上看似相同的病癥分為多個亞型,尤其是對原發(fā)性惡性瘤,通過轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)譜的建立,可以詳細(xì)描繪出患者的生存期以及對藥物的反應(yīng)等。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具。貴陽mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)定量分析
宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對象，避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題。濟(jì)南外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法
轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?（1）可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度，同時不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題；（2）靈敏度高，可以檢測細(xì)胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本；（3）可以對任意物種進(jìn)行全基因組分析，無需預(yù)先設(shè)計特異性探針，因此無需了解物種基因信息，能夠直接對任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，同時能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準(zhǔn)確地識別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域。濟(jì)南外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法