轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序流程：1、樣品RNA準(zhǔn)備。2、測(cè)序文庫構(gòu)建。3、DNA成簇(Cluster)擴(kuò)增。4、高通量測(cè)序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況：1、同一物種在發(fā)育過程中的各時(shí)間節(jié)點(diǎn)的基因表達(dá)特點(diǎn)及存在的差異；2、不同品系之間存在的差異表達(dá)基因；3、不同的外界條件處理，如細(xì)菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫，對(duì)基因表達(dá)的影響；4、同一個(gè)體，不同組織之間的基因表達(dá)差異。簡而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序可以同時(shí)測(cè)到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？杭州外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究轉(zhuǎn)錄組學(xué)：隨著越來越...

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì)有：1、可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度;2、靈敏度高，可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;3、可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析，能夠檢測(cè)未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域;4、檢測(cè)范圍廣，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)是需要生物學(xué)重復(fù)的，至少需要兩次生物學(xué)重復(fù)，3次以上的生物學(xué)重復(fù)更好。以3個(gè)重復(fù)為例，加上對(duì)照的三個(gè)生物學(xué)重復(fù)，一次RNA-seq需要6個(gè)樣本。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具。深圳mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析鑒定宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組概念：宏轉(zhuǎn)錄組...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)，基因組學(xué)，蛋白質(zhì)組學(xué)的區(qū)別：蛋白組學(xué)針對(duì)的是全體蛋白，組要以2D-Gel和質(zhì)譜為主，分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似，將蛋白用特定的物料化學(xué)手段分解成小肽段，在通過質(zhì)量反推蛋白序列，之后進(jìn)行搜索，標(biāo)識(shí)已知未知的蛋白序列。轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的是某個(gè)時(shí)間點(diǎn)的mRNA總和，可以用芯片，也可以用測(cè)序。芯片是用已知的基因探針，測(cè)序則有可能發(fā)現(xiàn)新的mRNA?；蚪M學(xué)研究的主要是基因組DNA，使用方法目前以二代測(cè)序?yàn)橹鳎瑢⒒蚪M拆成小片段后再用生物信息學(xué)算法進(jìn)行迭代組裝。當(dāng)然這只是第1步，隨后還有繁瑣的基因注釋等數(shù)據(jù)分析工作。轉(zhuǎn)錄組，指細(xì)胞某一時(shí)期所有基因的轉(zhuǎn)錄水平。哈...

什么叫轉(zhuǎn)錄組？廣義轉(zhuǎn)錄組是指生命單元(通常是一種細(xì)胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個(gè)特定細(xì)胞所有轉(zhuǎn)錄本的總和.它的研究對(duì)象就是這些RNA與蛋白質(zhì)分子和它們所組成的基因功能網(wǎng)絡(luò)以及它們與細(xì)胞功能的關(guān)系.而狹義轉(zhuǎn)錄組是指可直接參與翻譯蛋白質(zhì)的mRNA總和.研究生物細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄組的發(fā)生和變化規(guī)律的科學(xué)就稱為轉(zhuǎn)錄組學(xué)(tran—scriptomics).轉(zhuǎn)錄組學(xué)的意義1．轉(zhuǎn)錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達(dá)的信息,并據(jù)此推斷相應(yīng)未知基因的功能,揭示特定調(diào)節(jié)基因的作用機(jī)制.2．通過基于基因表達(dá)譜的分子標(biāo)簽,不僅可以辨別細(xì)胞的表型歸屬,還可以用于疾...

單細(xì)胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)工作流程：單細(xì)胞RNA測(cè)序等高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對(duì)不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細(xì)胞等）量身定制的實(shí)驗(yàn)工作流程開始，然后產(chǎn)生可以比對(duì)的序列，量化、質(zhì)量控制(QC)過濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化，以實(shí)現(xiàn)許多下游計(jì)算分析，例如聚類分析以識(shí)別轉(zhuǎn)錄不同的細(xì)胞類型和亞群，等位基因分析以識(shí)別單核苷酸變異（SNV，用星號(hào)表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測(cè)或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的分析通常因精心設(shè)計(jì)的研究設(shè)計(jì)而變得復(fù)雜，這些設(shè)計(jì)可能包括來自患病和未患病個(gè)體的樣本、在不同時(shí)間點(diǎn)（例如，診療前和診療后）收集的同一個(gè)人的多個(gè)樣本，或...

轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測(cè)序分析技術(shù)之一。常見設(shè)計(jì)是不同樣品之間比較，尋找差異基因、標(biāo)志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本，并進(jìn)行結(jié)果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等。轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序分析也相對(duì)成熟，從RNA提取、構(gòu)建文庫、上機(jī)測(cè)序再到結(jié)果解析既可以自己完成，又可以在專業(yè)公司進(jìn)行。概括來看轉(zhuǎn)錄組的分析流程比較簡單，序列比對(duì)-轉(zhuǎn)錄本拼接(可選)-表達(dá)定量-差異基因-功能富集-定制分析。整個(gè)環(huán)節(jié)清晰流暢，可以作為剛開始接觸高通量測(cè)序?qū)W習(xí)比較合適的技術(shù)之一。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。廣州mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)定量分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組關(guān)鍵步驟：單細(xì)胞的...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的方法：轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一門在整體水平上研究細(xì)胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。在早期，由于測(cè)序價(jià)格昂貴、基因序列數(shù)目有限，轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究者只能進(jìn)行極少數(shù)特定基因的結(jié)構(gòu)功能分析和表達(dá)研究。近十幾年，分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展使高通量分析成為可能，這為真正意義上的轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究奠定了基礎(chǔ)。這些高通量研究方法主要可以分為兩類：一類是基于這類方法包括表達(dá)序列標(biāo)簽技術(shù)、基因表達(dá)系列分析技術(shù)、大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù)、RNA測(cè)序技術(shù)其中。轉(zhuǎn)錄組學(xué)狹義上指所有mRNA的組合。深圳SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的方法：在早期，由于測(cè)序價(jià)格昂貴、基因序列數(shù)目有限，轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究者只能進(jìn)行極少數(shù)特定...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)，基因組學(xué)，蛋白質(zhì)組學(xué)的區(qū)別：蛋白組學(xué)針對(duì)的是全體蛋白，組要以2D-Gel和質(zhì)譜為主，分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似，將蛋白用特定的物料化學(xué)手段分解成小肽段，在通過質(zhì)量反推蛋白序列，之后進(jìn)行搜索，標(biāo)識(shí)已知未知的蛋白序列。轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的是某個(gè)時(shí)間點(diǎn)的mRNA總和，可以用芯片，也可以用測(cè)序。芯片是用已知的基因探針，測(cè)序則有可能發(fā)現(xiàn)新的mRNA?；蚪M學(xué)研究的主要是基因組DNA，使用方法目前以二代測(cè)序?yàn)橹鳎瑢⒒蚪M拆成小片段后再用生物信息學(xué)算法進(jìn)行迭代組裝。當(dāng)然這只是第1步，隨后還有繁瑣的基因注釋等數(shù)據(jù)分析工作。轉(zhuǎn)錄組，指細(xì)胞某一時(shí)期所有基因的轉(zhuǎn)錄水平。南...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)，基因組學(xué)，蛋白質(zhì)組學(xué)的區(qū)別：蛋白組學(xué)針對(duì)的是全體蛋白，組要以2D-Gel和質(zhì)譜為主，分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似，將蛋白用特定的物料化學(xué)手段分解成小肽段，在通過質(zhì)量反推蛋白序列，之后進(jìn)行搜索，標(biāo)識(shí)已知未知的蛋白序列。轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的是某個(gè)時(shí)間點(diǎn)的mRNA總和，可以用芯片，也可以用測(cè)序。芯片是用已知的基因探針，測(cè)序則有可能發(fā)現(xiàn)新的mRNA。基因組學(xué)研究的主要是基因組DNA，使用方法目前以二代測(cè)序?yàn)橹?，將基因組拆成小片段后再用生物信息學(xué)算法進(jìn)行迭代組裝。當(dāng)然這只是第1步，隨后還有繁瑣的基因注釋等數(shù)據(jù)分析工作。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析。貴州...

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法：SMART擴(kuò)增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴(kuò)增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù)，就是設(shè)計(jì)了2個(gè)特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個(gè)簡并堿基構(gòu)成，但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個(gè)堿基是A、C、G而非T的簡并堿基，而倒數(shù)第1個(gè)為簡并堿基，這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個(gè)連接處，而不會(huì)結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶，這個(gè)酶有個(gè)特點(diǎn)，就是...

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)：也被稱為整個(gè)轉(zhuǎn)錄組鳥測(cè)序（wts）。RNA-seq包含三個(gè)步驟：測(cè)序文庫的建立，在特定平臺(tái)中測(cè)序和生物信息學(xué)分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術(shù)的新的轉(zhuǎn)錄分析方法。采用NGS技術(shù)對(duì)從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進(jìn)行測(cè)序。簡而言之，就是對(duì)剪切變體、轉(zhuǎn)錄后RNA編輯、內(nèi)含子表達(dá)水平和特定等位基因的表達(dá)情況進(jìn)行定性和定量分析。RNA-Seq原理：在對(duì)基因組測(cè)序和分析研究的同時(shí)，復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組研究也普遍發(fā)展起來。利用高通量測(cè)序技術(shù)平臺(tái)分析轉(zhuǎn)錄組的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平情況，更能挖掘未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本信息，精確地識(shí)別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性（SP...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)的作用：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以對(duì)所有轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)水平。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者，蛋白組是一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的表達(dá)數(shù)據(jù)對(duì)生物樣本進(jìn)行研究，可以從整體上解釋生物學(xué)問題，探究生物體生理和疾病機(jī)理等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤發(fā)生機(jī)制研究：利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)可檢測(cè)瘤細(xì)胞惡化過程中的RNA（編碼RNA及非編碼RNA）的變化，有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機(jī)制。circRNA主要存在于細(xì)胞質(zhì)或外泌體中，具有組織特異性、疾病特異性、時(shí)序特異性及高穩(wěn)定性等特征。江蘇RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)費(fèi)用全長轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序：由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)的作用：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以對(duì)所有轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)水平。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者，蛋白組是一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的表達(dá)數(shù)據(jù)對(duì)生物樣本進(jìn)行研究，可以從整體上解釋生物學(xué)問題，探究生物體生理和疾病機(jī)理等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤發(fā)生機(jī)制研究：利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)可檢測(cè)瘤細(xì)胞惡化過程中的RNA（編碼RNA及非編碼RNA）的變化，有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機(jī)制。宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域。湖北高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)什么是轉(zhuǎn)錄組測(cè)序？轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合，包括：mRNA...

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì)：相比基因芯片和標(biāo)記的堿基序列的測(cè)序方法，RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比，RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測(cè)量基因的表達(dá)水平情況，還可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄組和拼接亞型，并為選擇性拼接亞型提供定量分析。轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)，是一門在真整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科，從RNA水平研究基因的表達(dá)情況。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是通過二代測(cè)序平臺(tái)快速全方面地獲得某一物種特定細(xì)胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉(zhuǎn)錄本及基因序列，可以用來研究基因表達(dá)量、基因功能、結(jié)構(gòu)、可變剪接和預(yù)測(cè)新的轉(zhuǎn)錄本等等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)無需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探...

宏轉(zhuǎn)錄組分析：從以G為單位的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進(jìn)行宏轉(zhuǎn)錄組研究必須經(jīng)歷的一步。現(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上分析組學(xué)數(shù)據(jù)的工具五花八門。能否從眾多組學(xué)工具中選擇出適合分析宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件，能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉(zhuǎn)錄組分析pipline，直接關(guān)乎到后期數(shù)據(jù)分析的進(jìn)行。這種技術(shù)不只具有宏基因組技術(shù)的全部優(yōu)點(diǎn)，可以檢測(cè)環(huán)境中的活性微生物、活性轉(zhuǎn)錄本以及活性功能進(jìn)行研究，還可以比較不同環(huán)境下的差異表達(dá)基因和差異功能途徑，揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機(jī)制，探索環(huán)境與微生物之間的互作機(jī)理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)能準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域。杭州單細(xì)胞...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子，如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話，難度較大，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險(xiǎn)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標(biāo)，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個(gè)到幾千個(gè)都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個(gè)位數(shù)或者上萬，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標(biāo)基因？對(duì)不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對(duì)象；根據(jù)前人的文獻(xiàn)報(bào)道，挑選相關(guān)差異基因，不要局限在自己研究的物種上。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于表達(dá)差異...

全長轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的優(yōu)勢(shì)：1、全方面鑒定可變剪切；2、發(fā)現(xiàn)更多新基因；3、有效改善基因組注釋；4、鑒定更多的LncRNA；5、準(zhǔn)確定位融合基因。研究思路：由于全長轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是基于第三代測(cè)序技術(shù)，因而其成本依然較高，如果全部研究項(xiàng)目均基于全長轉(zhuǎn)錄組，通常來說很難承擔(dān)，因此，全長轉(zhuǎn)錄組測(cè)序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相結(jié)合。宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)是什么？宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)也稱為環(huán)境轉(zhuǎn)錄組學(xué)，指從整體水平上研究某一特定環(huán)境、特定時(shí)期菌群群體全部基因轉(zhuǎn)錄情況以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律，以揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機(jī)制，探索環(huán)境與微生物之間的相互作用機(jī)理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。南京外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)分析...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢(shì)?（1）可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度，同時(shí)不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號(hào)帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題；（2）靈敏度高，可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本；（3）可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析，無需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針，因此無需了解物種基因信息，能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序必須做生物學(xué)重復(fù)么？貴陽RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組關(guān)鍵步驟：單細(xì)胞的分離和捕獲：溫和分離，稀有細(xì)胞。轉(zhuǎn)錄本的捕獲和擴(kuò)增：RNA測(cè)序需要0.1-1.0...

RNA-Seq，是基于新一代測(cè)序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進(jìn)行mRNA富集，然后反轉(zhuǎn)錄為cDNA后進(jìn)行的新一代高通量測(cè)序，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的拼接組裝，從而可得到一個(gè)個(gè)的轉(zhuǎn)錄本，進(jìn)而可以形成對(duì)該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達(dá)狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較分析，則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達(dá)水平的變化，針對(duì)關(guān)鍵基因則可以進(jìn)行代謝通路（Pathway）的構(gòu)建。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和分析。深圳全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析鑒定RNA-...

什么是轉(zhuǎn)錄組測(cè)序？轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狹義上指所有mRNA的組合。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，主要包括mRNA和ncRNA。轉(zhuǎn)錄組具有時(shí)間特異性、組織特異性、空間特異性等特點(diǎn)。普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序適用于哪些情況？普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于兩大類：一是不同的生長階段或者發(fā)育過程；二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序適用于哪些情況？湖北外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)（t...

全長轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序：由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測(cè)序技術(shù)具有測(cè)序讀長的限制，因此在進(jìn)行測(cè)序之前，需要先將樣本的mRNA打碎為小片段，之后再通過與參考基因組比對(duì)或拼接的方式識(shí)別轉(zhuǎn)錄本，這就會(huì)造成一定的錯(cuò)誤比例，同時(shí)在也很難區(qū)分單堿基水平的差異。全長轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的優(yōu)勢(shì)：1、全方面鑒定可變剪切；2、發(fā)現(xiàn)更多新基因；3、有效改善基因組注釋；4、鑒定更多的LncRNA；5、準(zhǔn)確定位融合基因。研究思路：由于全長轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是基于第三代測(cè)序技術(shù)，因而其成本依然較高，如果全部研究項(xiàng)目均基于全長轉(zhuǎn)錄組，通常來說很難承擔(dān)，因此，全長轉(zhuǎn)錄組測(cè)序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相結(jié)合。以DNA為模板合成RNA的轉(zhuǎn)錄過程是基因表...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)（Transcriptome）廣義上指某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，包括信使RNA(mRNA)、核糖體RNA(rRNA)、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA)；狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組具有很強(qiáng)的時(shí)間和空間特性，是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn)，掌握了生物個(gè)體基因轉(zhuǎn)錄水平的變化，可深入了解其生命活動(dòng)特征和調(diào)控機(jī)制。通過新一代高通量測(cè)序，能夠全方面快速地獲得某一物種特定組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本的基因序列信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？山東RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和分析。一...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)，基因組學(xué)，蛋白質(zhì)組學(xué)的區(qū)別：蛋白組學(xué)針對(duì)的是全體蛋白，組要以2D-Gel和質(zhì)譜為主，分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似，將蛋白用特定的物料化學(xué)手段分解成小肽段，在通過質(zhì)量反推蛋白序列，之后進(jìn)行搜索，標(biāo)識(shí)已知未知的蛋白序列。轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的是某個(gè)時(shí)間點(diǎn)的mRNA總和，可以用芯片，也可以用測(cè)序。芯片是用已知的基因探針，測(cè)序則有可能發(fā)現(xiàn)新的mRNA?；蚪M學(xué)研究的主要是基因組DNA，使用方法目前以二代測(cè)序?yàn)橹鳎瑢⒒蚪M拆成小片段后再用生物信息學(xué)算法進(jìn)行迭代組裝。當(dāng)然這只是第1步，隨后還有繁瑣的基因注釋等數(shù)據(jù)分析工作。普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于不同的環(huán)境、藥物、病...

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和分析。一般來說在研究所會(huì)委托公司測(cè)序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping，差異基因表達(dá)分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達(dá)情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達(dá)變化。同一組織，不同物種：研究基因的進(jìn)化關(guān)系。RNA-Seq，是基于新一代測(cè)序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進(jìn)行mRNA富集，然后反轉(zhuǎn)錄為 cDNA后進(jìn)行的新一代高通量測(cè)序，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的拼接組裝，從而可得...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標(biāo)，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個(gè)到幾千個(gè)都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個(gè)位數(shù)或者上萬，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標(biāo)基因？對(duì)不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對(duì)象；根據(jù)前人的文獻(xiàn)報(bào)道，挑選相關(guān)差異基因，不要局限在自己研究的物種上。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)： Anydeplete技術(shù)首先通過隨機(jī)引物進(jìn)行一鏈合成，一鏈合成引入核苷酸類似物，用于酶切打斷，二鏈合成同樣引入核苷酸類似物用于保證鏈特異性。然后兩端加上接頭，接頭一條鏈也帶有核苷酸...

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法：SMART擴(kuò)增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴(kuò)增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù)，就是設(shè)計(jì)了2個(gè)特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個(gè)簡并堿基構(gòu)成，但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個(gè)堿基是A、C、G而非T的簡并堿基，而倒數(shù)第1個(gè)為簡并堿基，這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個(gè)連接處，而不會(huì)結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶，這個(gè)酶有個(gè)特點(diǎn)，就是...

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)成環(huán)機(jī)制：circRNA環(huán)化方式分為內(nèi)含子環(huán)化和外顯子環(huán)化。目前主流的成環(huán)機(jī)制可歸類為：依賴于剪切體的索尾插接環(huán)化。在mRNA前體上，通過連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′供體的位點(diǎn)連接到上游的3′受體的位點(diǎn)，索尾插接形成環(huán)化，然后通過剪切形成circRNA。順式作用元件促進(jìn)circRNA形成。部分circRNA外顯子兩側(cè)的內(nèi)含子中含有反向互補(bǔ)序列，首先在剪切位點(diǎn)上并排形成RNA雙鏈體，再通過可變剪切形成帶內(nèi)含子和不帶內(nèi)含子兩種不同的circRNA?；蛘咄怙@子內(nèi)部以及兩側(cè)的內(nèi)含子可以競(jìng)爭(zhēng)進(jìn)行RNA配對(duì)，然后通過可變剪切形成不同類型的circRNA。以DNA為...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于表達(dá)差異的研究。SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)定性分析轉(zhuǎn)錄組測(cè)序推薦的測(cè)序數(shù)據(jù)量？轉(zhuǎn)錄組測(cè)序所...

轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）：轉(zhuǎn)錄組即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）主要通過高通量測(cè)序研究特定組織或細(xì)胞在某個(gè)時(shí)期轉(zhuǎn)錄出來的mRNA的表達(dá)量，進(jìn)而對(duì)相關(guān)基因和表型的關(guān)系進(jìn)行分析。本質(zhì)上講RNA-seq就是在用一種新的方法實(shí)現(xiàn)“基因決定性狀”的經(jīng)典思路。在RNA-seq之前用于研究基因組表達(dá)分析的主要技術(shù)是基因芯片，不過由于高通量測(cè)序成本的下降，RNA-seq的運(yùn)用愈來愈普遍。狹義上轉(zhuǎn)錄組學(xué)的指所有mRNA的組合。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究內(nèi)容轉(zhuǎn)錄組學(xué)的概念：轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或細(xì)胞在某一發(fā)育階段或功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤轉(zhuǎn)移機(jī)制研究：circRNA是一種非編碼RNA，可以多種方式參與生物學(xué)功能，如細(xì)胞增殖、細(xì)胞周期、侵襲和轉(zhuǎn)移等。近年來研究發(fā)現(xiàn)，環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結(jié)合蛋白參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復(fù)、凋亡、增殖、細(xì)胞轉(zhuǎn)運(yùn)，以及介導(dǎo)瘤耐藥的細(xì)胞內(nèi)酶，進(jìn)而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用。轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用領(lǐng)域：農(nóng)林領(lǐng)域：生長發(fā)育機(jī)制，抗逆脅迫機(jī)制，育種，物種保護(hù)研究等；畜牧業(yè)：生長發(fā)育機(jī)制，致病機(jī)理研究，肉類及乳制品品質(zhì)研究等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于炎癥發(fā)生機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)。南京宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和分析。一...