二代測序應(yīng)用于蛋白組測序的常見方式①? 基于轉(zhuǎn)錄組測序間接推斷蛋白信息 原理:由于蛋白質(zhì)是由mRNA翻譯而來,先利用二代測序技術(shù)對轉(zhuǎn)錄組(主要是mRNA)進(jìn)行高通量測序,獲得基因轉(zhuǎn)錄水平的信息?;谥行姆▌t中mRNA和蛋白質(zhì)的對應(yīng)關(guān)系,在一定程度上可以推測出相應(yīng)蛋白質(zhì)可能的表達(dá)情況。例如,通過分析mRNA的表達(dá)量高低,預(yù)估對應(yīng)蛋白質(zhì)的豐度趨勢。如果某個(gè)基因的mRNA在樣本中表達(dá)量很高,那么大概率其翻譯產(chǎn)生的蛋白質(zhì)在細(xì)胞內(nèi)的含量也相對較高,但這只是初步推斷,因?yàn)檫€存在翻譯后調(diào)控等影響因素。 應(yīng)用案例:在研究某種植物在不同生長階段的蛋白表達(dá)變化時(shí),先進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,發(fā)現(xiàn)與光合...
二代測序在代謝組研究中的應(yīng)用途徑② 調(diào)控元件測序輔助代謝組分析 原理:除了對編碼基因的轉(zhuǎn)錄組測序外,二代測序還可用于分析非編碼RNA(如miRNA、lncRNA等)以及基因的調(diào)控元件(如啟動(dòng)子、增強(qiáng)子等)。miRNA可以通過與靶mRNA結(jié)合抑制其翻譯或促使其降解,間接調(diào)控代謝相關(guān)基因的表達(dá),從而影響代謝組的構(gòu)成。啟動(dòng)子等調(diào)控元件的甲基化狀態(tài)等表觀遺傳變化也會(huì)改變基因的轉(zhuǎn)錄活性,**終對代謝過程產(chǎn)生作用。 案例:在**代謝研究中,通過對**組織和正常組織的miRNA測序,發(fā)現(xiàn)特定miRNA在**組織中表達(dá)異常。進(jìn)一步研究表明該miRNA可靶向調(diào)控參與葡萄糖代謝的關(guān)鍵酶基因,...
一代、二代、三代測序的區(qū)別分別是什么? 一代測序是上世紀(jì)70年代由Sanger和Coulson開創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。 二代測序技術(shù)(NGS)是為了改進(jìn)一代測序通量過低的問題而出現(xiàn)的,能夠同時(shí)對上百萬甚至數(shù)十億個(gè)DNA分子進(jìn)行測序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測序的目標(biāo)。 三代測序主要有兩種技術(shù)PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測序技術(shù),這兩種技術(shù)的測序讀長都可以達(dá)到幾-kb的級別,遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于二代測序技術(shù)。 二代測序可以檢測基因嗎?江蘇二代測序提供 二代測序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異② 遺傳病患者及...
一代、二代、三代測序的技術(shù)原理和技術(shù)特點(diǎn)分別是什么? 技術(shù)原理: 一代—雙脫氧終止法 二代—橋式PCR+4色熒光可逆終止+激光掃描成像 三代—PacBio SMRT測序技術(shù) 技術(shù)特點(diǎn): 一代—只能檢測序列一致的PCR產(chǎn)物;讀長可以較長,比如Sanger可以達(dá)到幾百bp;通量低,一次只能檢測少量的序列;成本低; 二代—可以并行測序;需要放大信號才能檢測;通量大,可以產(chǎn)生上G的reads;讀長較短,一-般是固定的,比如50、100、150、250等;成本較高 三代:可以并行測序;不需要放大信號,對單個(gè)分子進(jìn)行測序;通量大,比如SequelII平臺...
二代測序——微生物基因組應(yīng)用領(lǐng)域 環(huán)境領(lǐng)域 環(huán)境微生物監(jiān)測:對土壤、水體等環(huán)境中的微生物群落進(jìn)行監(jiān)測。通過二代測序微生物基因組,可以了解環(huán)境微生物的多樣性和功能。例如,在監(jiān)測土壤污染修復(fù)過程中,對土壤微生物基因組進(jìn)行測序,可以發(fā)現(xiàn)能夠降解污染物的微生物種類和相關(guān)功能基因,評估修復(fù)效果。 生態(tài)系統(tǒng)功能研究:研究微生物在生態(tài)系統(tǒng)中的功能,如碳、氮循環(huán)等。微生物基因組中的功能基因參與了這些生態(tài)過程。例如,通過測序可以找到參與氮固定的微生物基因,了解在不同生態(tài)系統(tǒng)(如農(nóng)田、森林等)中這些基因的分布和活性,從而更好地理解生態(tài)系統(tǒng)的氮循環(huán)機(jī)制。 二代測序產(chǎn)出的數(shù)據(jù)量有多少?貴州嘉安健...
關(guān)于二代測序的簡介:二代測序技術(shù)(Next-GenerationSeguencing,NGS)也稱為高通量測序技術(shù),是一種能夠同時(shí)對數(shù)百萬甚至數(shù)十億個(gè)DNA片段進(jìn)行測序的方法。與傳統(tǒng)的桑格測序相比二代測序技術(shù)具有高通量、高準(zhǔn)確性、高靈敏度和低成本等優(yōu)勢。二代測序技術(shù)在大幅提高了測序速度的同時(shí),大幅度的降低了測序成本,保持了高準(zhǔn)確性,以前完成一個(gè)人類基因組的測序需要3年時(shí)間,而使用二代測序技術(shù)則需要1周,但其序列讀長方面比起一代測序技術(shù)則要短很多,大多只100bp-150bp。二代測序可以應(yīng)用在哪些方面?云南二代測序分析 二代測序——實(shí)驗(yàn)流程類問題 二代測序的實(shí)驗(yàn)流程包括哪些步驟:首先是...
二代測序——質(zhì)量控制類問題 如何評估二代測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量:主要通過一些質(zhì)量指標(biāo)來評估,如Q值(質(zhì)量值)分布,用于衡量每個(gè)堿基的測序質(zhì)量;堿基含量分布,檢查四種堿基的比例是否正常;GC含量分布,看是否與預(yù)期的基因組GC含量相符;序列重復(fù)度,評估數(shù)據(jù)中重復(fù)序列的比例;比對率,即測序數(shù)據(jù)與參考基因組比對上的比例等。影響二代測序質(zhì)量的因素有哪些:樣本質(zhì)量是關(guān)鍵因素之一,如DNA的純度、完整性和濃度等會(huì)影響文庫構(gòu)建和測序結(jié)果;文庫構(gòu)建過程中的操作不當(dāng),如片段化過度、接頭連接效率低等;測序儀器的性能和運(yùn)行狀態(tài),包括試劑的質(zhì)量、測序芯片的質(zhì)量、儀器的校準(zhǔn)等;生物信息學(xué)分析過程中的參數(shù)設(shè)置和算法選擇也...
二代測序——實(shí)驗(yàn)流程類問題 二代測序的實(shí)驗(yàn)流程包括哪些步驟:首先是樣本準(zhǔn)備,提取高質(zhì)量的DNA或RNA,并進(jìn)行片段化處理;然后進(jìn)行文庫構(gòu)建,在片段兩端連接特定接頭;接著進(jìn)行文庫質(zhì)量檢測和定量,合格的文庫上機(jī)測序;***對測序得到的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,包括數(shù)據(jù)過濾、比對、變異檢測等。文庫構(gòu)建的關(guān)鍵步驟和注意事項(xiàng)有哪些:關(guān)鍵步驟包括DNA片段化的程度控制、接頭連接的效率和特異性、文庫的純化和定量等。需要注意避免樣本的污染,確保片段化的均勻性,優(yōu)化接頭連接反應(yīng)條件,以及準(zhǔn)確地進(jìn)行文庫定量,以保證文庫的質(zhì)量和測序結(jié)果的準(zhǔn)確性。 二代測序常用于產(chǎn)前的檢測或診斷。浙江嘉安健達(dá)二代測序原理...
一代、二代、三代測序的區(qū)別分別是什么? 一代測序是上世紀(jì)70年代由Sanger和Coulson開創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。 二代測序技術(shù)(NGS)是為了改進(jìn)一代測序通量過低的問題而出現(xiàn)的,能夠同時(shí)對上百萬甚至數(shù)十億個(gè)DNA分子進(jìn)行測序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測序的目標(biāo)。 三代測序主要有兩種技術(shù)PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測序技術(shù),這兩種技術(shù)的測序讀長都可以達(dá)到幾-kb的級別,遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于二代測序技術(shù)。 二代測序常用于醫(yī)學(xué)篩查或診斷。吉林嘉安健達(dá)二代測序檢測 chip-seq的技術(shù)優(yōu)勢與局限性 優(yōu)勢:...
二代測序——應(yīng)用領(lǐng)域類問題 二代測序在**研究中的應(yīng)用有哪些:可用于**的早期篩查,通過檢測血液中的循環(huán)**DNA;進(jìn)行**的診斷分型,確定**的基因突變特征;評估***效果,監(jiān)測***過程中腫瘤細(xì)胞的基因變化;預(yù)測**的預(yù)后,分析與預(yù)后相關(guān)的基因標(biāo)志物;還可用于尋找**的新靶點(diǎn),為靶向***藥物的研發(fā)提供依據(jù)。二代測序在遺傳病診斷中的優(yōu)勢和局限性:優(yōu)勢在于能夠快速、***地檢測基因組中的變異,包括單核苷酸變異、小插入缺失、拷貝數(shù)變異等,提高了遺傳病的診斷率。局限性在于對于復(fù)雜基因組區(qū)域的檢測可能存在困難,如高度重復(fù)序列區(qū)域;檢測到的變異需要進(jìn)一步的功能驗(yàn)證和臨床解讀,部分變異的致病...
二代測序——質(zhì)量控制類問題 如何評估二代測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量:主要通過一些質(zhì)量指標(biāo)來評估,如Q值(質(zhì)量值)分布,用于衡量每個(gè)堿基的測序質(zhì)量;堿基含量分布,檢查四種堿基的比例是否正常;GC含量分布,看是否與預(yù)期的基因組GC含量相符;序列重復(fù)度,評估數(shù)據(jù)中重復(fù)序列的比例;比對率,即測序數(shù)據(jù)與參考基因組比對上的比例等。影響二代測序質(zhì)量的因素有哪些:樣本質(zhì)量是關(guān)鍵因素之一,如DNA的純度、完整性和濃度等會(huì)影響文庫構(gòu)建和測序結(jié)果;文庫構(gòu)建過程中的操作不當(dāng),如片段化過度、接頭連接效率低等;測序儀器的性能和運(yùn)行狀態(tài),包括試劑的質(zhì)量、測序芯片的質(zhì)量、儀器的校準(zhǔn)等;生物信息學(xué)分析過程中的參數(shù)設(shè)置和算法選擇也...
二代測序的建庫步驟⑥ 六、文庫質(zhì)量檢測 定量檢測:使用熒光定量PCR(qPCR)或其他核酸定量方法(如Qubit)來確定文庫的濃度。Qubit是一種基于熒光染料與核酸特異性結(jié)合的定量方法,它可以準(zhǔn)確地測量DNA或RNA的濃度,并且對不同大小的核酸片段有較好的定量準(zhǔn)確性。通過定量檢測,可以了解文庫的產(chǎn)量,為后續(xù)的測序上樣量提供參考。 片段大小檢測:利用瓊脂糖凝膠電泳或生物分析儀(如Agilent2100Bioanalyzer)來檢測文庫片段大小。瓊脂糖凝膠電泳是一種傳統(tǒng)的方法,通過將文庫樣品在瓊脂糖凝膠中進(jìn)行電泳,根據(jù)DNA片段在電場中的遷移速度來判斷片段大小。生物分析儀則...
二代測序—全外顯子測序的原理是什么? 全外顯子測序主要是利用序列捕獲技術(shù),將基因組 DNA 中的外顯子區(qū)域富集起來,然后通過高通量測序技術(shù)(如第二代測序技術(shù) Illumina 測序平臺)對富集后的外顯子 DN**段進(jìn)行測序。其大致步驟包括 DNA 提取、片段化、文庫構(gòu)建、外顯子捕獲、測序和數(shù)據(jù)分析等。例如,在文庫構(gòu)建過程中,將提取的基因組 DN**段化后,在片段兩端連接上特定的接頭序列,這些接頭序列可以用于后續(xù)的擴(kuò)增和測序反應(yīng)。然后通過與外顯子區(qū)域互補(bǔ)的寡核苷酸探針,將外顯子片段從全基因組 DNA 文庫中 “捕獲” 出來,經(jīng)過清洗去除未結(jié)合的 DN**段后,對捕獲的外顯子文庫進(jìn)行大規(guī)...
二代測序——微生物基因組應(yīng)用領(lǐng)域 工業(yè)領(lǐng)域 微生物菌株改良:在發(fā)酵工業(yè)中,通過對工業(yè)微生物(如酵母菌、乳酸菌等)基因組測序,找到與發(fā)酵性能相關(guān)的基因。例如,通過基因編輯技術(shù)改造釀酒酵母基因組中與酒精發(fā)酵效率相關(guān)的基因,提高酒精產(chǎn)量。同時(shí),也可以通過比較不同優(yōu)良菌株的基因組,挖掘新的優(yōu)良基因用于菌株改良。 生物制藥:對于生產(chǎn)***、酶等生物制品的微生物,基因組測序可以幫助優(yōu)化生產(chǎn)過程。例如,通過測序可以發(fā)現(xiàn)微生物基因組中與***合成相關(guān)的基因簇,了解基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制,從而提高***的產(chǎn)量和質(zhì)量。 二代測序的使用場景都有哪些?湖北二代測序 二代測序——甲基化的作用和檢測方法...
一代、二代、三代測序的技術(shù)原理和技術(shù)特點(diǎn)分別是什么? 技術(shù)原理: 一代—雙脫氧終止法 二代—橋式PCR+4色熒光可逆終止+激光掃描成像 三代—PacBio SMRT測序技術(shù) 技術(shù)特點(diǎn): 一代—只能檢測序列一致的PCR產(chǎn)物;讀長可以較長,比如Sanger可以達(dá)到幾百bp;通量低,一次只能檢測少量的序列;成本低; 二代—可以并行測序;需要放大信號才能檢測;通量大,可以產(chǎn)生上G的reads;讀長較短,一-般是固定的,比如50、100、150、250等;成本較高 三代:可以并行測序;不需要放大信號,對單個(gè)分子進(jìn)行測序;通量大,比如SequelII平臺...
一代、二代、三代測序的區(qū)別分別是什么? 一代測序是上世紀(jì)70年代由Sanger和Coulson開創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。 二代測序技術(shù)(NGS)是為了改進(jìn)一代測序通量過低的問題而出現(xiàn)的,能夠同時(shí)對上百萬甚至數(shù)十億個(gè)DNA分子進(jìn)行測序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測序的目標(biāo)。 三代測序主要有兩種技術(shù)PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測序技術(shù),這兩種技術(shù)的測序讀長都可以達(dá)到幾-kb的級別,遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于二代測序技術(shù)。 RNA測序也是二代測序。蘇州二代測序分析 二代測序的建庫步驟⑥ 六、文庫質(zhì)量檢測 定量檢測:...
轉(zhuǎn)錄組測序的主要測序?qū)ο蟀ㄒ韵聨最悾ㄉ希? 信使RNA(mRNA) mRNA是編碼蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)錄本,在轉(zhuǎn)錄組測序中,可通過對mRNA的測序和分析,了解基因的表達(dá)水平、可變剪接情況以及基因結(jié)構(gòu)變異等,從而揭示基因在特定細(xì)胞或組織中的功能和調(diào)控機(jī)制。 非編碼RNA 核糖體RNA(rRNA):雖然rRNA在細(xì)胞中的含量豐富,但在轉(zhuǎn)錄組測序中,通常會(huì)在前期實(shí)驗(yàn)中通過特定的方法將其去除,以減少其對其他RNA測序的干擾。不過在某些特殊研究中,如對rRNA的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制或其與其他分子的相互作用研究時(shí),也可能會(huì)專門針對rRNA進(jìn)行測序。 轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(tRNA):tRNA在蛋白...
一代、二代、三代測序的區(qū)別分別是什么? 一代測序是上世紀(jì)70年代由Sanger和Coulson開創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。 二代測序技術(shù)(NGS)是為了改進(jìn)一代測序通量過低的問題而出現(xiàn)的,能夠同時(shí)對上百萬甚至數(shù)十億個(gè)DNA分子進(jìn)行測序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測序的目標(biāo)。 三代測序主要有兩種技術(shù)PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測序技術(shù),這兩種技術(shù)的測序讀長都可以達(dá)到幾-kb的級別,遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于二代測序技術(shù)。 二代測序與Sanger測序相同嗎?北京嘉安健達(dá)二代測序運(yùn)用 ④二代測序一般多久出結(jié)果? 4、數(shù)據(jù)分...
二代測序——實(shí)驗(yàn)流程類問題 二代測序的實(shí)驗(yàn)流程包括哪些步驟:首先是樣本準(zhǔn)備,提取高質(zhì)量的DNA或RNA,并進(jìn)行片段化處理;然后進(jìn)行文庫構(gòu)建,在片段兩端連接特定接頭;接著進(jìn)行文庫質(zhì)量檢測和定量,合格的文庫上機(jī)測序;***對測序得到的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,包括數(shù)據(jù)過濾、比對、變異檢測等。文庫構(gòu)建的關(guān)鍵步驟和注意事項(xiàng)有哪些:關(guān)鍵步驟包括DNA片段化的程度控制、接頭連接的效率和特異性、文庫的純化和定量等。需要注意避免樣本的污染,確保片段化的均勻性,優(yōu)化接頭連接反應(yīng)條件,以及準(zhǔn)確地進(jìn)行文庫定量,以保證文庫的質(zhì)量和測序結(jié)果的準(zhǔn)確性。 二代測序是基于PCR和基因芯片發(fā)展而來的DNA測序技術(shù)。...
一代、二代、三代測序的區(qū)別分別是什么? 一代測序是上世紀(jì)70年代由Sanger和Coulson開創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。 二代測序技術(shù)(NGS)是為了改進(jìn)一代測序通量過低的問題而出現(xiàn)的,能夠同時(shí)對上百萬甚至數(shù)十億個(gè)DNA分子進(jìn)行測序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測序的目標(biāo)。 三代測序主要有兩種技術(shù)PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測序技術(shù),這兩種技術(shù)的測序讀長都可以達(dá)到幾-kb的級別,遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于二代測序技術(shù)。 二代測序的優(yōu)勢是高準(zhǔn)確性。江蘇哪里有二代測序價(jià)格 二代測序——RNA甲基化的概念、作用和檢測方法 ...
二代測序的建庫步驟② 二、片段化處理 物理方法:超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過超聲波的高頻振動(dòng)將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如,在一些文庫構(gòu)建中,將DNA樣本置于超聲破碎儀中,通過調(diào)整超聲功率和時(shí)間,可以將DNA片段化到幾百堿基對(bp)的長度范圍,一般在150-300bp左右,這符合二代測序的讀長要求。超聲破碎的優(yōu)點(diǎn)是片段大小比較均勻,但操作需要優(yōu)化超聲參數(shù),否則可能會(huì)導(dǎo)致過度破碎或片段大小不一致。 酶切方法:利用限制性內(nèi)切酶進(jìn)行片段化。限制性內(nèi)切酶能夠識別特定的DNA序列,并在這些序列處切割DNA。例如,用EcoRⅠ酶可以識別GAATTC序列并進(jìn)行切割。通...
一代、二代、三代測序的區(qū)別分別是什么? 一代測序是上世紀(jì)70年代由Sanger和Coulson開創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。 二代測序技術(shù)(NGS)是為了改進(jìn)一代測序通量過低的問題而出現(xiàn)的,能夠同時(shí)對上百萬甚至數(shù)十億個(gè)DNA分子進(jìn)行測序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測序的目標(biāo)。 三代測序主要有兩種技術(shù)PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測序技術(shù),這兩種技術(shù)的測序讀長都可以達(dá)到幾-kb的級別,遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于二代測序技術(shù)。 基因組重測序是二代測序嗎?北京嘉安健達(dá)二代測序原理 二代測序——轉(zhuǎn)錄組測序的實(shí)驗(yàn)流程(上) 樣本采...
二代測序——應(yīng)用領(lǐng)域類問題 二代測序在**研究中的應(yīng)用有哪些:可用于**的早期篩查,通過檢測血液中的循環(huán)**DNA;進(jìn)行**的診斷分型,確定**的基因突變特征;評估***效果,監(jiān)測***過程中腫瘤細(xì)胞的基因變化;預(yù)測**的預(yù)后,分析與預(yù)后相關(guān)的基因標(biāo)志物;還可用于尋找**的新靶點(diǎn),為靶向***藥物的研發(fā)提供依據(jù)。二代測序在遺傳病診斷中的優(yōu)勢和局限性:優(yōu)勢在于能夠快速、***地檢測基因組中的變異,包括單核苷酸變異、小插入缺失、拷貝數(shù)變異等,提高了遺傳病的診斷率。局限性在于對于復(fù)雜基因組區(qū)域的檢測可能存在困難,如高度重復(fù)序列區(qū)域;檢測到的變異需要進(jìn)一步的功能驗(yàn)證和臨床解讀,部分變異的致病...
二代測序——轉(zhuǎn)錄組測序的背景和基本原理 1、背景:在基因表達(dá)過程中,DNA 轉(zhuǎn)錄為 RNA,轉(zhuǎn)錄后的 RNA 會(huì)經(jīng)過一系列加工,包括剪接等過程形成成熟的 mRNA,然后進(jìn)行翻譯產(chǎn)生蛋白質(zhì)。轉(zhuǎn)錄組測序可以讓我們在全基因組范圍內(nèi)研究基因的表達(dá)情況,相比于傳統(tǒng)的基因表達(dá)研究方法(如芯片技術(shù)),它具有更高的分辨率和更廣的檢測范圍。 2、原理:首先從樣本(如細(xì)胞、組織)中提取總 RNA,然后將 RNA 反轉(zhuǎn)錄為 cDNA(互補(bǔ) DNA)。這些 cDNA 會(huì)構(gòu)建測序文庫,在文庫中加入特定的接頭序列,以便后續(xù)在測序平臺上進(jìn)行測序。測序過程中,測序儀會(huì)讀取 cDN**段的堿基序列信息。通過生物...
二代測序——轉(zhuǎn)錄組測序的背景和基本原理 1、背景:在基因表達(dá)過程中,DNA 轉(zhuǎn)錄為 RNA,轉(zhuǎn)錄后的 RNA 會(huì)經(jīng)過一系列加工,包括剪接等過程形成成熟的 mRNA,然后進(jìn)行翻譯產(chǎn)生蛋白質(zhì)。轉(zhuǎn)錄組測序可以讓我們在全基因組范圍內(nèi)研究基因的表達(dá)情況,相比于傳統(tǒng)的基因表達(dá)研究方法(如芯片技術(shù)),它具有更高的分辨率和更廣的檢測范圍。 2、原理:首先從樣本(如細(xì)胞、組織)中提取總 RNA,然后將 RNA 反轉(zhuǎn)錄為 cDNA(互補(bǔ) DNA)。這些 cDNA 會(huì)構(gòu)建測序文庫,在文庫中加入特定的接頭序列,以便后續(xù)在測序平臺上進(jìn)行測序。測序過程中,測序儀會(huì)讀取 cDN**段的堿基序列信息。通過生物...
二代測序——轉(zhuǎn)錄組測序的應(yīng)用領(lǐng)域 1、基礎(chǔ)生物學(xué)研究:可以用于研究生物的發(fā)育過程。例如,在胚胎發(fā)育過程中,通過轉(zhuǎn)錄組測序可以了解不同階段胚胎細(xì)胞中基因的表達(dá)變化,揭示胚胎發(fā)育的分子機(jī)制。還可以用于物種進(jìn)化研究,比較不同物種間轉(zhuǎn)錄組的差異,推斷基因表達(dá)的進(jìn)化模式。 2、醫(yī)學(xué)研究和臨床診斷:在疾病研究方面,用于尋找疾病相關(guān)的生物標(biāo)志物。例如,在**研究中,通過對比**組織和正常組織的轉(zhuǎn)錄組,可以發(fā)現(xiàn)一些在**中特異性高表達(dá)或低表達(dá)的基因,這些基因有望成為**診斷、預(yù)后判斷的標(biāo)志物。同時(shí),也可以用于藥物研發(fā),通過轉(zhuǎn)錄組測序了解藥物作用后細(xì)胞基因表達(dá)的變化,評估藥物療效和毒性。 ...
二代測序——基因組測序該測幾個(gè)G?③ 基因組測序所需的測序量通常用數(shù)據(jù)量來衡量,一般以 G 為單位,不同的測序目的和基因組類型所需要的測序量有所不同。 微生物基因組測序細(xì)菌基因組: 細(xì)菌基因組 相對較小,一般在1M-10M之間,測序深度通常在50X-100X左右,數(shù)據(jù)量在0.05G-1G左右即可滿足基本的基因組組裝和變異檢測需求。 ***基因組:***基因組大小差異較大,從幾M到上百M(fèi)都有。對于較小的***基因組,測序深度在30X-50X左右,數(shù)據(jù)量在0.1G-5G之間;而對于較大的***基因組,可能需要適當(dāng)降低測序深度至10X-20X,數(shù)據(jù)量在1G-20G左...
不同二代測序技術(shù)平臺的速度 Illumina 測序平臺:這是目前市場上應(yīng)用較為***的二代測序平臺之一,其測序速度較快。例如 Illumina NovaSeq 系列,一次運(yùn)行可以在 1-3 天內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù),通量可達(dá)數(shù)億甚至數(shù)十億條讀長,能夠滿足大規(guī)模基因組學(xué)研究和臨床檢測的需求。 Roche 454 測序平臺:Roche 454 測序系統(tǒng)的測序速度也較快,其特點(diǎn)是測序片段比較長,高質(zhì)量的讀長能達(dá)到 400bp 左右,一次運(yùn)行可以在 24 小時(shí)左右完成對一定數(shù)量樣本的測序。 BGISEQ 系列:華大智造的 BGISEQ 系列測序儀在速度上也有出色表現(xiàn),如全球二代測序速度...
不同二代測序技術(shù)平臺的速度 Illumina 測序平臺:這是目前市場上應(yīng)用較為***的二代測序平臺之一,其測序速度較快。例如 Illumina NovaSeq 系列,一次運(yùn)行可以在 1-3 天內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù),通量可達(dá)數(shù)億甚至數(shù)十億條讀長,能夠滿足大規(guī)模基因組學(xué)研究和臨床檢測的需求。 Roche 454 測序平臺:Roche 454 測序系統(tǒng)的測序速度也較快,其特點(diǎn)是測序片段比較長,高質(zhì)量的讀長能達(dá)到 400bp 左右,一次運(yùn)行可以在 24 小時(shí)左右完成對一定數(shù)量樣本的測序。 BGISEQ 系列:華大智造的 BGISEQ 系列測序儀在速度上也有出色表現(xiàn),如全球二代測序速度...
關(guān)于二代測序的簡介: 二代測序技術(shù)(Next-Generation Seguencing,NGS)也稱為高通量測序技術(shù),是一種能夠同時(shí)對數(shù)百萬甚至數(shù)十億個(gè) DNA片段進(jìn)行測序的方法。與傳統(tǒng)的桑格測序相比二代測序技術(shù)具有高通量、高準(zhǔn)確性、高靈敏度和低成本等優(yōu)勢。 二代測序技術(shù)在大幅提高了測序速度的同時(shí),大幅度的降低了測序成本,保持了高準(zhǔn)確性,以前完成一個(gè)人類基因組的測序需要3年時(shí)間,而使用二代測序技術(shù)則需要1周,但其序列讀長方面比起一代測序技術(shù)則要短很多,大多只100bp-150bp。 二代測序與Sanger測序相同嗎?徐匯區(qū)二代測序價(jià)格 二代測序—全外顯子測序的局限性...