BLESS:利用生物素標(biāo)簽對DSBs進(jìn)行原位標(biāo)記,后經(jīng)PCR擴(kuò)增實(shí)現(xiàn)對于生物素標(biāo)記片段的富集,并通過二代測序?qū)崿F(xiàn)脫靶位點(diǎn)檢測。直接檢測細(xì)胞中的切割位點(diǎn),靈敏度與細(xì)胞、組織密切相關(guān)。LAM-HTGTS,片段化的gDNA經(jīng)過LAM-PCR引入接頭,然后進(jìn)行全基因組易位測序。高通量的全基因組范圍檢測,可準(zhǔn)確檢測DSBs引發(fā)的重排。GUIDE-Seq,將dsODN s標(biāo)簽整合到DSBs位點(diǎn),通過二代測序檢測這些標(biāo)簽所在的基因組區(qū)域,從而確定脫靶突變的位置。廣使用的細(xì)胞內(nèi)檢測方法。能檢測低頻脫靶突變。Digenome-Seq,片段化的gDNA與CRISPR/RNP混合孵育,進(jìn)行全基因組測序檢測脫靶。全基因組測序,直接檢測切割位點(diǎn),能檢測低頻脫靶突變。脫靶檢測實(shí)驗(yàn)室,推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。杭州高精度脫靶檢測報告
改進(jìn)Cas變體使用SpCas9和SaCas9 變體:已研發(fā)出諸如SpCas9-Nickase、dCas9 、dCas9–FokI、xCas9、Cas9-NG、evoCas9、SpCas9 – HFI、eSpCas9和Hypa-Cas9等多種Cas變體,可降低脫靶效應(yīng)。改進(jìn)的Cas9同源物具有更廣的PAM功能和特異性:實(shí)驗(yàn)表明Cpf1、CRISPR-Cpf1-RNP可降低脫靶效應(yīng)。CRISPR 遞送方法:基于病毒的遞送方法:腺病毒 (AdV) 顯示出整合到靶細(xì)胞基因組中的微弱潛力,這一特征有利于限制脫靶效應(yīng)。然而,AdVs 會引發(fā)免疫反應(yīng),目前還不能完全排除它與宿主基因組整合的可能性。非病毒遞送方法:當(dāng)sgRNA和Cas9以RNP復(fù)合物形式傳遞時,電穿孔顯示植物原生質(zhì)體中的脫靶突變數(shù)量很低。通過脂質(zhì)體介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染傳遞RNP復(fù)合物顯示,與質(zhì)粒DNA轉(zhuǎn)染相比,脫靶突變的發(fā)生率較小。寧波基因編輯脫靶檢測安評基因療法脫靶檢測,推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。
基因zhiliao產(chǎn)品特有的可能會引起遲發(fā)性不良反應(yīng)的風(fēng)險因素包括:基因組整合活性基因zhiliao產(chǎn)品可能會采用修飾宿主基因組的技術(shù),并有可能在宿主細(xì)胞或組織中持續(xù)存在。很多基因zhiliao載體的基因整合不會指向基因組的特定位點(diǎn),可能在整合位點(diǎn)處產(chǎn)生插入突變、或jihuo整合位點(diǎn)附近的原基因等,進(jìn)而破壞重要基因功能或增加惡性liu的風(fēng)險,例如,國外已有多項(xiàng)研究報告在接受了使用γ-逆轉(zhuǎn)錄病毒載體轉(zhuǎn)導(dǎo)的基因修飾細(xì)胞zhiliao的受試者中發(fā)生白血病。因此,對于存在此類風(fēng)險的產(chǎn)品,有必要進(jìn)行長期隨訪臨床研究以評估出現(xiàn)遲發(fā)不良反應(yīng)的風(fēng)險。
CAR或TCR修飾的免疫細(xì)胞對于嵌合抗原受體(Chimericantigenreceptor,CAR)或T細(xì)胞受體(Tcellreceptor,TCR)修飾的免疫細(xì)胞,應(yīng)盡可能采用多種方法評估其靶點(diǎn)相關(guān)毒性和脫靶毒性風(fēng)險。對于靶點(diǎn)相關(guān)毒性,應(yīng)采用體外方法深入分析靶點(diǎn)在人體qiguan、組織和細(xì)胞中的表達(dá)分布情況,基因表達(dá)分析庫和文獻(xiàn)調(diào)研也可能會有助于闡明靶點(diǎn)在不同病理生理狀態(tài)下的表達(dá)是否存在差異。應(yīng)采用表達(dá)和不表達(dá)靶抗原的細(xì)胞作為靶細(xì)胞進(jìn)行體外試驗(yàn),確認(rèn)CAR或TCR修飾的免疫細(xì)胞可特異性的識別和殺傷靶細(xì)胞。對于CAR修飾的免疫細(xì)胞,應(yīng)采用多種體外方法評估其胞外抗原識別區(qū)的脫靶風(fēng)險?;蚓庉嬛委熯^程中安全性評價,即脫靶效應(yīng)的檢測。
CIRCLE-seq和CHANGE-seq與SITE-seq同期發(fā)表的CIRCLE-seq一定程度上解決了SITE-seq的一些問題。CIRCLE-seq的第一步是將純化后的基因組DNA隨機(jī)打斷成300bp左右的片段,然后首尾相連成環(huán)狀DNA,這種方法很好地避免了DNA隨機(jī)斷裂造成的背景噪聲。實(shí)驗(yàn)的第二步是用Cas9切割環(huán)狀DNA,再連上接頭并進(jìn)行雙端測序,這樣就可以在一次測序中同時獲取切割位點(diǎn)的兩側(cè)序列,彌補(bǔ)了SITE-seq的另一個缺點(diǎn)。CIRCLE-seq從總體上來說要優(yōu)于SITE-seq,但是將基因組DNA隨機(jī)打斷后成環(huán)的效率并不高,所以同一作者在3年后發(fā)表了CHANGE-seq,用Tn5一步法打斷基因組并加接頭,提高了成環(huán)效率,降低了起始基因組DNA的用量。高精度脫靶檢測,推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。蘇州種子脫靶檢測評估
可以與靶基因之外的其他基因作用而非特異性阻斷基因表達(dá),即產(chǎn)生非靶基因的沉默效應(yīng)。杭州高精度脫靶檢測報告
基于已有科學(xué)經(jīng)驗(yàn)和既往非臨床/臨床研究結(jié)果,如果認(rèn)為基因修飾細(xì)胞所采用的載體系統(tǒng)可將外源基因整合到細(xì)胞基因組中并可在體內(nèi)長期存續(xù),需綜合分析以上風(fēng)險因素,評估潛在的插入突變、致瘤/致性風(fēng)險。非臨床研究,應(yīng)采用具有代表性的基因轉(zhuǎn)導(dǎo)細(xì)胞進(jìn)行基因整合位點(diǎn)分析,分析細(xì)胞的克隆組成以及在關(guān)注基因(如liu相關(guān)調(diào)控基因)附近有無優(yōu)先整合跡象,含有關(guān)注整合位點(diǎn)的細(xì)胞有無優(yōu)先異常增殖。對于嵌合抗原受體(Chimericantigenreceptor,CAR)或T細(xì)胞受體(Tcellreceptor,TCR)修飾的免疫細(xì)胞,應(yīng)盡可能采用多種方法評估其靶點(diǎn)相關(guān)毒性和脫靶毒性風(fēng)險。杭州高精度脫靶檢測報告