數(shù)字聚合酶鏈式反應(digitalpolymerchainreaction,dPCR)技術因具有高靈敏度、受基質(zhì)干擾少等優(yōu)勢而被廣用于轉(zhuǎn)基因食品檢測。本研究綜述了數(shù)字PCR技術的原理、系統(tǒng)各部件的優(yōu)劣勢,梳理了數(shù)字PCR技術在轉(zhuǎn)基因檢測與溯源技術(標準物質(zhì))方面的進展和發(fā)展趨勢,以期為轉(zhuǎn)基因食品檢測領域提供參考依據(jù)。dPCR的擴增過程大致上可以分為3步:樣品的分散、樣品的熱循環(huán)擴增和樣品的檢測。對于數(shù)字PCR儀器系統(tǒng),各個部件之間仍然有較大的改進空間,要發(fā)揮部件之間的協(xié)同作用是很重要的,而且有持續(xù)研究的價值。表1中總結(jié)了部分常見的數(shù)字PCR系統(tǒng)的類型,以及相對在硬件、便攜性、性價比和自動化程度上的比較。臻準推出新款數(shù)字PCR產(chǎn)品:AccuONE2.0數(shù)字PCR系統(tǒng)。廣州一體化數(shù)字PCR性能特點
全自動樣本制備系統(tǒng)DMX-1000配備氣流發(fā)生裝置和氣壓控制裝置,能夠?qū)崿F(xiàn)高精度壓力控制,結(jié)合**產(chǎn)品液滴生成芯片和微流控乳液滴生成技術,DMX-1000可以在70秒內(nèi)快速、穩(wěn)定、高效地生成大小均一的微乳液滴。微滴數(shù)量可達2萬-60萬個,粒徑范圍30-120μm,性能穩(wěn)定。除此之外,銳訊還提供微流控芯片的定制服務,以滿足不同的液滴數(shù)目和尺寸要求。平板式快速擴增儀TC-1000,不再使用傳統(tǒng)的96孔板,而是特制的液滴擴增芯片;不再是傳統(tǒng)的“燒開水”加熱模式,代之以平板式單液滴層均勻受熱的方式。在這樣的改進之下,TC-1000完成40個PCR循環(huán)只需約45分鐘(TC-2.0升級版更是把時間縮短到了25分鐘?。?,大幅縮短了等待時間,提升了實驗進度。這對實驗人員而言,無疑是莫大的福利——高效完成工作,不加班——愛工作,也愛生活。賽默飛數(shù)字PCR原理通過不同cluster的位置進行突變位點的判斷時存在誤判的現(xiàn)象。
數(shù)字PCR實驗步驟包括:1)試劑配制:將10xdPCRBuffer、dPCR酶、引物和探針、無核酸酶水混合成dPCR預混液,并分裝到8聯(lián)排管中或96孔板中;將各待測樣本的核酸模板、陽性對照、陰性對照分別加入相應的8聯(lián)排管中或96孔板中;2)芯片進樣:在小海龜BioDigital·青全自動樣品處理系統(tǒng)上進行芯片上反應液進樣和液滴生成;3)芯片擴增:在小海龜BioDigital·青PCR擴增儀上進行芯片上PCR擴增反應;4)芯片閱讀:在小海龜BioDigital·青生物芯片閱讀儀上進行芯片上熒光信號閱讀;5)數(shù)據(jù)分析:使用生物芯片數(shù)據(jù)分析·青軟件進行數(shù)據(jù)分析和報告導出;
數(shù)字PCR技術的出現(xiàn)不是為了完全取代原有分子診斷技術,而是更好的補充和完善現(xiàn)有技術平臺。數(shù)字PCR為不同應用場景下的多樣化核酸檢測需求提供了新的思路,尤其是在臨床檢測方面。國產(chǎn)數(shù)字PCR企業(yè)在商業(yè)化應用方面,也不斷“攻城略地”。數(shù)字PCR作為當下靈敏的核酸檢測技術,盡管目前國產(chǎn)數(shù)字PCR企業(yè)異軍突起,在臨床市場中實現(xiàn)了彎道超車,但未來仍然需要聚焦客戶需求,不斷夯實底層創(chuàng)新,同時在檢測成本、自動化、試劑盒申報注冊、出海國際化等方面不斷努力,提供更為的解決方案。國際局勢,波譎云詭。在百年未有之大變局,實現(xiàn)中華民族的偉大復興,需要國內(nèi)企業(yè)瞄準技術高地,以爭分奪秒的精神,解決技術"卡脖子"的難題,不斷攻堅克難,自主創(chuàng)新,在與國際品牌的同臺競技中,彰顯中國實力。數(shù)字PCR應用前景廣闊,可用于病原微生物檢測、基因檢測、無創(chuàng)產(chǎn)前篩查、測序結(jié)果驗證等領域。
產(chǎn)物越短,往往擴增效率越高。模板二級結(jié)構(gòu)(Templatesecondarystructure):PCR變性中和變性后的單鏈DNA不夠穩(wěn)定,容易自發(fā)折疊形成二級結(jié)構(gòu)。應避免可形成穩(wěn)定二級結(jié)構(gòu)的模板鏈區(qū)域,因為如果模板鏈形成的二級結(jié)構(gòu)在退火溫度下穩(wěn)定存在,定位在模板鏈二級結(jié)構(gòu)處的引物將無法同模板鏈相結(jié)合。使用mfold可預測引物待結(jié)合的區(qū)域是否存在復雜的二級結(jié)構(gòu)。設計引物時,盡量使引物定位在模板二級結(jié)構(gòu)以外的序列上。避免具有4個以上相同的連續(xù)堿基的區(qū)域(Avoid>4repeatsofsamebases):以避免延伸階段聚合酶“滑動(PolymeraseSlippage)”。選擇GC含量(GCContent)在50-60%之間的區(qū)域。如果高GC含量區(qū)域不可避免,可以嘗試提高退火溫度,并使用添加劑,例如甘油,數(shù)字PCR主要采用當前分析化學熱門研究領域的微流控或微滴化方法。廣州一體化數(shù)字PCR性能特點
模板 DNA 量越多,熒光達到域值的循環(huán)數(shù)越少,即 Ct 值越小。廣州一體化數(shù)字PCR性能特點
數(shù)字PCR技術是繼一代普通PCR、二代熒光定量PCR之后的第三代PCR技術。該技術將一個樣本分成幾到幾十萬份,分配到不同的反應單元,每個單元包含一個或多個拷貝的目標分子(DNA模板),在每個反應單元中分別對目標分子進行PCR擴增;擴增結(jié)束后,將有熒光信號的微滴判讀為1,沒有熒光信號的微滴判讀為0,終根據(jù)泊松分布原理以及陽性微滴的比例,計算出待檢靶分子的濃度或拷貝數(shù)。定量:不再依賴于Ct值和標準曲線,直接給出靶序列的起始濃度,實現(xiàn)真正意義上的定量。更高靈敏度與特異性:數(shù)字PCR可實現(xiàn)萬分之一稀有樣本的定量,可用于極微量核酸樣本檢測、復雜背景下的稀有突變檢測、表達量微小差異鑒定、單細胞基因表達等方面。數(shù)字PCR在分子診斷領域?qū)l(fā)揮巨大的作用,數(shù)字PCR適用于生物標志物研究、拷貝數(shù)變異分析、微生物檢測、轉(zhuǎn)基因生物檢測、mRNA和miRNA檢測、基因相對表達研究等,并對遺傳病、、產(chǎn)前診斷的研究提供了一種全新的技術思路與手段,具有廣的、不可替代的應用前景。廣州一體化數(shù)字PCR性能特點
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