GC-MS非靶向代謝組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法，2021年11月，上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬新華醫(yī)院馮麗萍教授課題組在Science of the Total Environment期刊發(fā)表了題為“Transcriptomics integrated with metabolomics reveals the effect of Bisphenol F (BPF) exposure on intestinal inflflammation ”的研究成果，通過GC-MS非靶向代謝組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法，發(fā)現(xiàn)了BPF暴露的腸道毒性的特征，探究了可能的發(fā)病機(jī)理。中文標(biāo)題：轉(zhuǎn)錄組學(xué)結(jié)合代謝組學(xué)揭示了雙酚F(BPF)暴露對(duì)腸道炎癥的影響研究對(duì)象：人結(jié)腸粘膜上皮細(xì)胞系(NCM460)發(fā)表期刊：ScienceoftheTotalEnvironment影響因子：7.963發(fā)表時(shí)間：2021年11月合作單位：上海交通大學(xué)附屬新華醫(yī)院運(yùn)用生物技術(shù)：GC-MS非靶向代謝組學(xué)（由鹿明生物提供技術(shù)支持）、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、qRT-PCR專注代謝組學(xué)研究 歐易生物。上海代謝組學(xué)和脂質(zhì)組學(xué)
非靶向代謝組學(xué)研究:利用番茄的自然變異確定番茄復(fù)合體中果實(shí)多酚的途徑結(jié)構(gòu)和代謝調(diào)控ExploitingNaturalVariationinTomatotoDefinePathwayStructureandMetabolicRegulationofFruitPolyphenolicsintheLycopersicumComplex研究對(duì)象：番茄組織發(fā)表期刊：MolecularPlant影響因子：13.164組學(xué)技術(shù)：LC-MS靶向代謝組學(xué)、GC-MS非靶代謝組(雙平臺(tái)代謝組學(xué)),本研究通過表征構(gòu)成八種不同番茄多酚代謝網(wǎng)絡(luò)的潛在生物合成和修飾反應(yīng)，闡明了八種番茄復(fù)合體多酚生物合成的整個(gè)生物合成框架，并對(duì)相關(guān)代謝物和結(jié)構(gòu)基因進(jìn)行了詳細(xì)注釋，并運(yùn)用LC-MS/GC-MS雙平臺(tái)代謝組學(xué)方法為輔助育種提供幫助。此外，番茄果實(shí)成熟過程中的代謝變化為今后基于遺傳的代謝工程設(shè)計(jì)提供了研究方向，并為研究其他重要植物物種中特定的代謝物的功能提供了理論依據(jù)。上海代謝組學(xué)和脂質(zhì)組學(xué)代謝組學(xué)研究技術(shù)與應(yīng)用、代謝組學(xué)數(shù)據(jù)庫。
代謝組學(xué)數(shù)據(jù)提供了COVID-19患者各階段循環(huán)代謝物特征的綜合觀點(diǎn)，并確定了葡萄糖代謝和尿素循環(huán)的代謝重編程是COVID-19的潛在病理機(jī)制。在****病程的不同階段，靶向宿主代謝可能是一種可行的方法。非靶向代謝組學(xué)分析中，發(fā)現(xiàn)隊(duì)列中的樣品共鑒定出2466個(gè)代謝物峰，負(fù)離子模式631個(gè)、正離子模式下的1835個(gè)；通過篩選，鑒定出240種代謝物。輕癥組的代謝物與正常組部分重合，而重癥組和恢復(fù)組很容易區(qū)分(圖1B)。240個(gè)代謝物中有193個(gè)與COVID-19***相關(guān)(圖1C)?；鹕綀D顯示了不同組代謝物與正常組相比上調(diào)下調(diào)的情況(圖1D)；與正常組對(duì)比，***上調(diào)的代謝物：輕癥組有48個(gè)，嚴(yán)重組有59個(gè)，恢復(fù)組有64個(gè)；***下調(diào)的代謝物：輕癥組有33個(gè)，重癥組有29個(gè)，恢復(fù)組有34個(gè)。使用靶向代謝組學(xué)分析；首先根據(jù)發(fā)現(xiàn)隊(duì)列中59名受試者的血清代謝物(4個(gè)樣本因體積小而被排除)；定量到了199種代謝物。根據(jù)不同組的濃度，將199個(gè)代謝物分為16個(gè)簇；然后根據(jù)恢復(fù)組的代謝物是否恢復(fù)到正常水平將這些簇分為三組。
代謝組學(xué)研究：濃香型白酒（SFB）在窖泥窖內(nèi)發(fā)酵過程中，獲得了其特有的風(fēng)味。窖泥中的微生物是產(chǎn)生風(fēng)味酯的關(guān)鍵前提物。本篇為歐易/鹿明生物合作客戶四川省農(nóng)業(yè)科學(xué)院水稻高粱研究所（一作：劉茂柯）于2020年3月在微生物學(xué)專刊《mSystems》（IF=6.469）發(fā)表的題為“Structural and Functional Changes in Prokaryotic Communities in Artificial Pit Mud during Chinese Baijiu Production”的研究報(bào)道，該研究對(duì)釀造微生態(tài)系統(tǒng)進(jìn)行了***16S rRNA測(cè)序，蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)聯(lián)合分析。運(yùn)用多組學(xué)方法能夠更***地了解高質(zhì)量濃香白酒生產(chǎn)過程中人工窖泥微生物群落發(fā)生的代謝過程變化，這將有助于進(jìn)一步優(yōu)化人工窖泥培養(yǎng)技術(shù)和改善濃香白酒的質(zhì)量。**話代謝、代謝組學(xué)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、數(shù)據(jù)解讀分析、數(shù)據(jù)庫介紹及使用流程。
非靶代謝組學(xué)研究：2022年03月,歐易/鹿明生物合作客戶重慶醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院消化內(nèi)科周智航團(tuán)隊(duì)在International Journal of Biological Sciences期刊發(fā)表的題為 “Enhanced pentose phosphate pathway activity promotes pancreatic ductal adenocarcinoma progression via activating YAP/MMP1 axis under chronic acidosis”的研究成果，通過采用非靶代謝組學(xué)和基因表達(dá)芯片，發(fā)現(xiàn)了適應(yīng)酸性微環(huán)境的胰腺導(dǎo)管腺* (PDAC)細(xì)胞具有更強(qiáng)的轉(zhuǎn)移和增殖能力。
代謝組學(xué)顯示適應(yīng)酸性微環(huán)境的 PDAC 細(xì)胞中葡萄糖增加、糖酵解減少，而轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)現(xiàn)適應(yīng)酸性微環(huán)境細(xì)胞中的差異表達(dá)基因主要為細(xì)胞外基質(zhì)修飾和 Hippo 信號(hào)傳導(dǎo)相關(guān)基因。MMP1 在在適應(yīng)酸性微環(huán)境細(xì)胞中上調(diào)**為明顯，實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了其由 YAP/TAZ 通路介導(dǎo)，而被 AMPK抑制。該研究確認(rèn)了代謝重編程通過AMPK/ YAP /MMP1軸促進(jìn)適應(yīng)酸性微環(huán)境的 PDAC 細(xì)胞的增殖和轉(zhuǎn)移。 代謝組學(xué)——尋找代謝物與生理病理變化的相對(duì)關(guān)系研究方式。北京藥物代謝組學(xué)
代謝組學(xué)行業(yè)解決方案和技術(shù)服務(wù)流程。上海代謝組學(xué)和脂質(zhì)組學(xué)
非靶向代謝組學(xué)研究：通過在三個(gè)成熟階段收獲兩個(gè)東方甜瓜品種的果實(shí)作者使用非靶代謝組學(xué)聯(lián)合轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)現(xiàn)可溶性糖和有機(jī)酸在轉(zhuǎn)錄組水平和代謝組水平的差異現(xiàn)象。這項(xiàng)研究運(yùn)用多組學(xué)技術(shù)聯(lián)合揭示了兩個(gè)品種成熟過程中關(guān)鍵的代謝和轉(zhuǎn)錄特征。在本研究中，通過代謝和轉(zhuǎn)錄組分析的綜合分析，研究了控制兩個(gè)東方甜瓜品種'甜寶'和'小翠瓜'中糖和有機(jī)酸代謝的基因網(wǎng)絡(luò)。篩選了與糖和有機(jī)酸代謝相關(guān)的關(guān)鍵代謝物和候選基因，并討論了甜瓜品種甜度不同的可能解釋。研究結(jié)果提高了對(duì)決定甜瓜發(fā)育和成熟過程中糖和有機(jī)酸積累和代謝的分子機(jī)制的理解。上海代謝組學(xué)和脂質(zhì)組學(xué)
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