廣義上來說，目前一共有4種解析“空間性轉錄組”的策略：2.第一種是利用計算機算法，根據單細胞轉錄組數據來模擬重構組織的空間形態(tài)。例如Seurat，這是一個在單細胞數據分析中***用到的R包，我們可以利用scRNA-seq數據，加上對markegene進行原位測序的結果來重構組織的空間信息。3.第二種，激光顯微切割+二代測序（LCM+NGS）。這種技術對儀器和實驗人員的操作要求較高，而且獲取的通量也比較低，如果組織非常珍貴或者研究的內容十分精細，可以考慮這個。但是這種策略比較難被官方干運用。4.第三種策略，就是基于高分辨圖像的原位測序。**經典的是smFISH當然，這種方法的通量比較低。當然隨著技術的發(fā)現，剛發(fā)布的FISH-seq技術通過多輪雜交的方式，已經把測序通量提高到了10000+個轉錄本。5.***就是“基于空間條形碼（spatialbarcodes）的空間轉錄組技術。本文主要討論的也就是這種技術。后面主要討論的都是基于這種策略。 空間轉錄組細胞通訊分析方法簡介及實操。江西空間轉錄組使用
基于原位測序的空間轉錄組技術?；谠粶y序（ISS）的方法通過測序產生空間轉錄組信息，這種方法只依靠連接酶連接兩段DNA—一段已知序列的引物和一個探針與模板匹配，不匹配的探針就會被洗掉。2013年開發(fā)的ISS中，每個探針使用一個查詢堿基來測序基因條形碼。FISSEQ和后來的EXeq使用了SOLiD，每個探針使用兩個查詢堿基來測序環(huán)化和RCA擴增的cDNAs。在STARmap中，基因條形碼由SEDAL測序，其中還使用了兩個類似固體的查詢堿基來避免錯誤。BARseq還用基因條形碼放大了RCA探針。基于ISS技術的優(yōu)勢包括：單細胞分辨率、亞細胞轉錄物定位和可應用于更大的組織區(qū)域。缺點是：檢測效率較低。廣東空間轉錄組質量10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉錄組商業(yè)化解決方案。
盡管前傳時代的空間技術被迅速棄用，但其思想和方法是當今時代空間轉錄組學發(fā)展的基礎。在過去的 5 年中，隨著眾多新技術的出現和 10x 公司 Visium 技術解決方案的商業(yè)化普及，該領域得到了快速的發(fā)展。一、實驗技術有待改進。我們可以做更多的事情來改善實驗技術。例如 組織切片技術的發(fā)展、 smFISH 和 ISS 技術的實驗技術優(yōu)化、高效率的計算工具實現真正的 3D 空間轉錄組或者空間時序轉錄組等。二，數據庫的建立。盡管當前空間轉錄組的數據在快速地增長，但尚未有對應的數據庫來對這些數據進行匯總集成。
10x Genomics空間轉錄組技術的準確性高嗎？下圖是一個將10x Genomics空間轉錄組技術應用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結果，從10x Genomics空間轉錄組分析結果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達，和已知的研究結果一致性較高。開展10x Genomics空間轉錄組需要做哪些準備？空間轉錄組是一項十分前沿的技術，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區(qū)域的確認等一系列內容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導致整個項目失敗。通過空間轉錄組技術可獲取組織中具體的位置轉錄信息，為研究和診斷提供有效數據支撐。
歐易生物高級技術支持陳老師首先給大家介紹了空間轉錄組學的發(fā)展歷程、測序流程及原理。緊接著，歐易生物技術支持姚老師針對目前空間轉錄組學發(fā)表的一系列高分文章進行了方案設計的解析。姜老師給大家詳細介紹了空間轉錄組項目樣本準備、切片、貼片等實驗過程及注意事項，并帶領大家到實驗室實地觀摩了整個實驗過程，并就其中細節(jié)進行了講解。董老師針對空間轉錄組10x Space Ranger的分析原理及結果進行了詳細解析，并介紹了使用Seurat包進行數據挖掘的標準分析流程。空間轉錄組的組學板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序，記錄切片的轉錄本信息和空間位置信息 ?？臻g轉錄組做什么
空間轉錄組數據分析軟件開發(fā)語言統(tǒng)計情況。江西空間轉錄組使用
**近，空間轉錄組學研究炙手可熱。細胞及其在組織樣本中的相對位置之間的關系對于理解疾病病理可能至關重要?？臻g轉錄組學是一項開創(chuàng)性的技術，它使科學家能夠測量組織樣本中的所有基因活性，并繪制出發(fā)生該活性的位置的圖。該技術已經導致了新發(fā)現，這些新發(fā)現將有助于幫助科學家更好地了解生物過程和疾病。10x Genomics空間轉錄組技術可以應用于**、免疫、發(fā)育、神經和病理等研究方向。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。江西空間轉錄組使用
上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司是一家檢驗檢測服務。（依法須經批準的項目，經相關部門批準后方可開展經營活動，具體經營項目以相關部門批準文件或許可證件為準）一般項目：生物醫(yī)藥產品、生化產品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產品（除危險品化學品、監(jiān)控化學品、易制毒化學品）的研發(fā)、銷售，儀器儀表的銷售，并提供相關技術咨詢、技術服務，會務服務，企業(yè)管理咨詢。的公司，是一家集研發(fā)、設計、生產和銷售為一體的專業(yè)化公司。歐易生物擁有一支經驗豐富、技術創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團隊，以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供科研服務，科研檢測，學術研究，技術咨詢。歐易生物繼續(xù)堅定不移地走高質量發(fā)展道路，既要實現基本面穩(wěn)定增長，又要聚焦關鍵領域，實現轉型再突破。歐易生物始終關注醫(yī)藥健康行業(yè)。滿足市場需求，提高產品價值，是我們前行的力量。