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在PCR實(shí)驗(yàn)中,為了避免引物與已知序列的交叉反應(yīng),從而確保實(shí)驗(yàn)的特異性,以下是一些關(guān)鍵的引物設(shè)計(jì)原則和策略:1.**選擇高保守性區(qū)域**:引物比較好設(shè)計(jì)在模板cDNA的保守區(qū)內(nèi),這樣可以確保引物與目標(biāo)序列的特異性結(jié)合。通過(guò)比較不同物種的同一基因序列,可以確定基因的保守區(qū)。2.**避免引物與非目標(biāo)序列的同源性**:設(shè)計(jì)引物時(shí),應(yīng)避免與基因組中的重復(fù)序列、假基因或高同源性區(qū)域設(shè)計(jì)引物??梢酝ㄟ^(guò)BLAST等工具對(duì)引物進(jìn)行同源性分析,確保引物只與目標(biāo)序列結(jié)合。3.**引物長(zhǎng)度和GC含量**:引物長(zhǎng)度一般在15-30堿基之間,常用的是18-27bp。GC含量一般為40%-60%,以45-55%為宜。過(guò)高或過(guò)低的GC含量都不利于引發(fā)反應(yīng),上下游引物的GC含量和Tm值應(yīng)保持接近。4.**避免引物的3'端錯(cuò)配**:引物3'端的堿基應(yīng)嚴(yán)格要求配對(duì),特別是倒數(shù)第二個(gè)堿基,以避免因末端堿基不配對(duì)而導(dǎo)致PCR失敗。引物3'端比較好不要選擇A,比較好選擇T,因?yàn)楫?dāng)末位鏈為T(mén)時(shí),錯(cuò)配的引發(fā)效率降低。5.**避免引物自身及引物之間的互補(bǔ)序列**:引物自身不應(yīng)存在互補(bǔ)序列,否則引物自身會(huì)折疊成發(fā)夾結(jié)構(gòu),影響引物與模板的復(fù)性結(jié)合。前后引物之間也不應(yīng)具有互補(bǔ)性,尤其應(yīng)避免3'端的互補(bǔ)重疊以防止引物二聚體的形成。FnCas12a在完成特異性切割后,還能非特異性地切割其他單鏈DNA,這一特性被用于開(kāi)發(fā)了多種核酸檢測(cè)技術(shù)。Recombinant Human B7-H4 Protein,His-Avi Tag
CUT&RUN和ChIC是兩種用于研究蛋白質(zhì)-DNA相互作用的技術(shù),它們有一些關(guān)鍵的區(qū)別:1.**技術(shù)原理**:-**ChIC(ChromatinImmunocleavage)**:ChIC技術(shù)利用抗體將感興趣的蛋白與ProteinA-MNase相結(jié)合來(lái)進(jìn)行DNA切割。ChIC的優(yōu)勢(shì)在于使用TF特異性抗體系住MNase,并只在結(jié)合位點(diǎn)裂解。-**CUT&RUN(CleavageUnderTargetsandReleaseUsingNuclease)**:CUT&RUN技術(shù)則是在核的輕微MNase處理后釋放單核小體和TF-DNA復(fù)合物,留下寡核小體。CUT&RUN通過(guò)在冰上進(jìn)行簡(jiǎn)短的消化反應(yīng),在TF結(jié)合的MNase擴(kuò)散到周邊的基因組和裂解可接近的染色質(zhì)之前在上清中恢復(fù)TF-DNA復(fù)合物。2.**操作步驟和簡(jiǎn)便性**:-**ChIC**:ChIC可能需要甲醛固定操作,這可能重新引入了ChIP-seq的一些問(wèn)題,如交聯(lián)導(dǎo)致的DNA和蛋白質(zhì)的化學(xué)修飾。-**CUT&RUN**:CUT&RUN簡(jiǎn)化了操作步驟,使用磁珠固定細(xì)胞核,適用于新鮮和冷凍組織樣本,縮短了生成DNA測(cè)序文庫(kù)的時(shí)間(1-2天)。3.**背景信號(hào)和信噪比**:-**ChIC**:ChIC產(chǎn)生的背景信號(hào)可能較高,因?yàn)樗赡苌婕暗椒翘禺愋缘腄NA切割。
磁珠法PCR/DNA純化試劑盒與傳統(tǒng)純化方法相比具有以下優(yōu)勢(shì):1.**操作簡(jiǎn)便快捷**:磁珠法純化過(guò)程通??梢栽?5分鐘內(nèi)完成,包括結(jié)合、洗滌和洗脫步驟,無(wú)需復(fù)雜的離心或抽濾操作。2.**高純度和高回收率**:磁珠法純化得到的DNA純度高,通?;厥章士梢赃_(dá)到90%以上,適用于100bp以上的DNA片段的純化,對(duì)達(dá)到10kb片段DNA的純化也能保持較好的效果。3.**適用性廣**:磁珠法PCR/DNA純化試劑盒適用于多種樣本類(lèi)型,包括PCR產(chǎn)物、酶切產(chǎn)物、連接產(chǎn)物等,也適用于低濃度樣品的濃縮。4.**安全性高**:操作過(guò)程中不涉及酚/氯仿等有毒試劑,更加環(huán)保和安全。5.**靈活性**:可以根據(jù)實(shí)際狀況靈活調(diào)節(jié)磁珠用量,適應(yīng)不同體積和濃度的樣品處理。6.**自動(dòng)化和高通量**:磁珠法純化試劑盒適合手工操作,也可用于自動(dòng)化工作站或核酸自動(dòng)提取儀,實(shí)現(xiàn)高通量操作。7.**溫和的條件**:磁珠法條件溫和,對(duì)DNA的損傷小,適合后續(xù)的多種分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn),如酶切、連接、轉(zhuǎn)化細(xì)菌、測(cè)序、PCR、雜交等。8.DNA片段適應(yīng)性**:適用于從150bp到50kb的DNA片段的純化,能夠滿(mǎn)足大多數(shù)分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)的需求。
核酸內(nèi)切酶VIII(EndonucleaseVIII)是一種來(lái)自大腸桿菌的DNA損傷修復(fù)酶,具有以下特點(diǎn):1.**雙功能活性**:核酸內(nèi)切酶VIII具有N-糖基化酶(N-glycosylase)活性和AP裂解酶(AP-lyase)活性。2.**釋放受損嘧啶堿基**:N-糖基化酶活性可以釋放雙鏈DNA上受損的嘧啶堿基,如胸腺嘧啶乙二醇和尿嘧啶乙二醇,生成一個(gè)脫嘌呤(apurinic,AP)位點(diǎn)。3.**切割A(yù)P位點(diǎn)**:AP裂解酶活性可以切割A(yù)P位點(diǎn)的3'和5'端,產(chǎn)生一個(gè)具有3'和5'磷酸的堿基缺口(Gap)。4.**識(shí)別并切除受損堿基**:核酸內(nèi)切酶VIII可以識(shí)別并切除多種受損堿基,包括尿素、5,6-二羥基胸腺嘧啶、胸腺嘧啶乙二醇、5-羥基-5-甲內(nèi)酰脲、尿嘧啶乙二醇、6-羥基-5,6-二氫胸腺嘧啶和甲基羥丙二酰脲。5.**與EndonucleaseIII的區(qū)別**:雖然核酸內(nèi)切酶VIII與核酸內(nèi)切酶III相似,但核酸內(nèi)切酶VIII具有β和δ裂解酶活性,而核酸內(nèi)切酶III具有β裂解酶活性。6.**應(yīng)用領(lǐng)域**:核酸內(nèi)切酶VIII可以應(yīng)用于單細(xì)胞凝膠電泳、NGS建庫(kù)中DNA損傷修復(fù)、酶法合成DNA中釋放DNA鏈、堿洗脫,搭配尿嘧啶-DNA糖基化酶(UDG)進(jìn)行含U片段的克隆等。
BstDNA聚合酶在等溫?cái)U(kuò)增中的優(yōu)勢(shì)主要包括以下幾點(diǎn):1.**高靈敏度和擴(kuò)增效率**:BstDNA聚合酶具有鏈置換能力,能夠在恒溫條件下快速、高效、特異性地?cái)U(kuò)增模板。翌圣生物的BstPlusDNAPolymerase靈敏度超高,低至5copies目的基因可測(cè),且始終能比競(jìng)品更快達(dá)到閾值,擴(kuò)增速率更快。2.**高dUTP耐受性**:BstPlusDNAPolymerase具有較高的dUTP耐受性,在反應(yīng)體系中添加dUTP對(duì)BstPlusDNAPolymerase的靈敏度及擴(kuò)增效率無(wú)影響,這使得它在防污染系統(tǒng)中表現(xiàn)出色。3.**快速擴(kuò)增**:使用BstDNA聚合酶的等溫?cái)U(kuò)增技術(shù),如LAMP,可以在15-60分鐘內(nèi)實(shí)現(xiàn)109-1010倍的擴(kuò)增,顯示出快速的擴(kuò)增能力。4.**熱穩(wěn)定性**:BstDNA聚合酶具有較強(qiáng)的熱穩(wěn)定性,能在60-65℃的恒溫條件下保持活性,這使得它非常適合于不需要溫度循環(huán)的等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)。5.**簡(jiǎn)化的反應(yīng)設(shè)置**:Bst3.0DNAPolymerase優(yōu)化了Loop-MediatedIsothermalDNAAmplification(LAMP)反應(yīng),簡(jiǎn)化了反應(yīng)設(shè)置,可以實(shí)現(xiàn)單酶RT-LAMP反應(yīng)。6.**抗抑制劑能力強(qiáng)**:Bst3.0DNAPolymerase即使在高濃度的擴(kuò)增抑制劑中,包括dUTP,也能展現(xiàn)出強(qiáng)大的性能。
通過(guò)優(yōu)化crRNA的設(shè)計(jì),可以提高FnCas12a的特異性和靈敏度,例如在microRNA檢測(cè)中 。Recombinant Human B7-H4 Protein,His-Avi Tag
BstDNAPolymerase,LargeFragment(嗜熱脂肪芽孢桿菌DNA聚合酶大片段)是一種常用于分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)的酶,特別是在等溫DNA擴(kuò)增技術(shù)中。以下是一些關(guān)于BstDNAPolymerase,LargeFragment的關(guān)鍵信息:1.**來(lái)源**:這種酶來(lái)源于嗜熱脂肪芽孢桿菌(Bacillusstearothermophilus),是一種熱穩(wěn)定的DNA聚合酶。2.**活性**:BstDNAPolymerase,LargeFragment具有5'到3'的DNA聚合酶活性,并且具有鏈置換活性,這使得它能夠用于等溫?cái)U(kuò)增反應(yīng),如環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(LAMP)。3.**熱穩(wěn)定性**:由于其嗜熱特性,BstDNAPolymerase,LargeFragment能夠在較高的溫度下保持活性,通常在60-65°C。4.**應(yīng)用**:-**等溫?cái)U(kuò)增**:用于LAMP和其他等溫?cái)U(kuò)增技術(shù),這些技術(shù)不需要傳統(tǒng)的熱循環(huán)儀。-**全基因組擴(kuò)增**:用于快速擴(kuò)增少量DNA樣本,以進(jìn)行進(jìn)一步的分析。-**突變檢測(cè)**:在某些情況下,用于檢測(cè)特定基因的突變。5.**優(yōu)點(diǎn)**:-**高保真度**:與某些其他DNA聚合酶相比,BstDNAPolymerase,LargeFragment具有較高的保真度。-**快速擴(kuò)增**:等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)可以在短時(shí)間內(nèi)快速產(chǎn)生大量DNA。Recombinant Human B7-H4 Protein,His-Avi Tag