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BstDNAPolymerase,LargeFragment(嗜熱脂肪芽孢桿菌DNA聚合酶大片段)是一種經(jīng)過改造的酶,它來(lái)源于嗜熱脂肪芽孢桿菌(Bacillusstearothermophilus)DNA聚合酶I,通過重組技術(shù)在大腸桿菌中表達(dá)并純化獲得。這種酶具有5'→3'的DNA聚合酶活性,但不具有5'→3'的核酸外切酶活性,因此它在等溫?cái)U(kuò)增反應(yīng)中非常有用,如環(huán)介導(dǎo)的等溫?cái)U(kuò)增(LAMP)和滾環(huán)擴(kuò)增(RCA)等。以下是BstDNAPolymerase,LargeFragment的一些關(guān)鍵特點(diǎn)和應(yīng)用:1.**等溫?cái)U(kuò)增**:BstDNAPolymerase,LargeFragment具有很強(qiáng)的鏈置換能力,適用于多種等溫?cái)U(kuò)增反應(yīng),這些反應(yīng)通常在50-68°C之間進(jìn)行,比較好反應(yīng)溫度為65°C。2.**快速測(cè)序**:由于其高聚合酶活性,BstDNAPolymerase,LargeFragment可以用于快速測(cè)序,特別是對(duì)于高GC含量的DNA模板或微量(納克量級(jí))DNA模板的測(cè)序。3.**全基因組擴(kuò)增**:BstDNAPolymerase,LargeFragment也可用于全基因組擴(kuò)增(WGA),這是一種在不需要熱循環(huán)儀的情況下擴(kuò)增整個(gè)基因組DNA的技術(shù)。4.**高dUTP耐受性**:與BstDNAPolymerase2.0相比,BstDNAPolymerase,LargeFragment在進(jìn)行等溫?cái)U(kuò)增時(shí)不具有將dUTP摻入合成的DNA鏈的能力,這使得它在某些應(yīng)用中更具優(yōu)勢(shì)。CRISPR/Cas12a 是一種單一的RNA引導(dǎo)的核酸內(nèi)切酶,通過CRISPR/Cas9系統(tǒng)為靶向基因組工程提供了新的機(jī)會(huì)。Recombinant Mouse tPAProtein,hFc Tag
在質(zhì)粒DNA提取過程中,確保DNA的完整性和活性至關(guān)重要,這通常涉及以下幾個(gè)關(guān)鍵因素:1.**溫和的裂解條件**:選擇適當(dāng)?shù)牧呀夥椒▽?duì)于保持DNA的完整性至關(guān)重要。對(duì)于大于15kb的質(zhì)粒DNA,應(yīng)采用溫和的裂解方法,如將細(xì)菌懸浮于等滲的葡萄糖溶液中,加入溶菌酶和EDTA破壞細(xì)胞壁和細(xì)胞膜,以減少對(duì)質(zhì)粒DNA的機(jī)械剪切力,從而保護(hù)其完整性。2.**避免過度裂解**:在質(zhì)粒提取過程中,并非裂解時(shí)間越長(zhǎng)越好。過長(zhǎng)的裂解時(shí)間可能會(huì)造成基因組DNA片段的污染,影響質(zhì)粒的純度。3.**適當(dāng)?shù)南礈旌拖疵?*:在純化過程中,適當(dāng)?shù)南礈炜梢匀コ鞍踪|(zhì)和其他雜質(zhì),但過度洗滌可能會(huì)導(dǎo)致DNA的損失。洗脫步驟中,確保洗脫液完全浸潤(rùn)柱膜,以保證結(jié)合在柱膜上的質(zhì)粒得以充分洗脫,避免因洗脫體積過小而影響質(zhì)粒得率。4.**避免DNA的降解**:在提取過程中,添加核酸酶抑制劑可以防止DNA被核酸酶降解。同時(shí),避免長(zhǎng)時(shí)間將DNA暴露在室溫下,以及避免多次凍融循環(huán),這些都有助于保護(hù)DNA的完整性。5.**低溫操作**:盡量在低溫條件下進(jìn)行提取操作,以減少核酸酶的活性,從而保護(hù)DNA的完整性。
在比較BstDNA聚合酶和TaqDNA聚合酶對(duì)于復(fù)雜DNA片段擴(kuò)增的適用性時(shí),以下是一些關(guān)鍵點(diǎn):1.**TaqDNA聚合酶**:-TaqDNA聚合酶因其高熱穩(wěn)定性和擴(kuò)增效率而被應(yīng)用于常規(guī)PCR。它擴(kuò)增速度為30-60秒/kb,缺乏3'→5'核酸外切酶活性,無(wú)校正功能,易產(chǎn)生錯(cuò)配堿基。-對(duì)于結(jié)構(gòu)復(fù)雜的模板,如GC含量高、有二級(jí)結(jié)構(gòu)等,TaqPlus可以用于擴(kuò)增,能有效地?cái)U(kuò)增10kb以下的片段。-有產(chǎn)品如TitaniumTaqDNA聚合酶,它是通過基因工程改造的Taq酶,缺失了5'-3'外切酶活性,具備更強(qiáng)大的擴(kuò)增性能,適合擴(kuò)增高度復(fù)雜的DNA混合物。2.**BstDNA聚合酶**:-BstDNA聚合酶具有高適溫度,能夠適應(yīng)更加苛刻的擴(kuò)增條件,同時(shí)消除DNA二級(jí)結(jié)構(gòu),因而能夠準(zhǔn)確并且均勻地?cái)U(kuò)增全基因組序列。-BstDNA聚合酶大片段能夠優(yōu)先擴(kuò)增短片段的DNA,并且能夠確保擴(kuò)增得到的DNA覆蓋了整個(gè)基因組,連貫并且無(wú)偏地?cái)U(kuò)增所有的遺傳位點(diǎn)。-翌圣生物HieffCanace®PlusHigh-FidelityDNAPolymerase基于PfuDNA聚合酶改造而成,其保真性是Taq酶的83倍,Pfu酶的9倍,擴(kuò)增速度高達(dá)10秒/kb,擴(kuò)增目的片段長(zhǎng)達(dá)13kb,具有極強(qiáng)的擴(kuò)增效率的模板適應(yīng)性,非常適合復(fù)雜模板的高保真擴(kuò)增。
牛痘DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶I(VacciniaVirusDNATopoisomeraseI)在實(shí)驗(yàn)室中的使用主要涉及以下幾個(gè)步驟:1.**DNA載體連接**:-牛痘DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶I可以用于DNA載體連接,特別是在TOPO克隆載體制備中。它能夠識(shí)別并切割雙鏈DNA末端[5’C(T)CCTT],并與DNA形成共價(jià)連接形成穩(wěn)定復(fù)合物,遇到DNA的5’-OH基團(tuán)后,重新連接形成完整DNA鏈。2.**接頭連接**:-在NGS建庫(kù)中,牛痘DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶I可用于接頭連接。這包括將含有特定序列的接頭A和接頭B與酶一起孵育,以實(shí)現(xiàn)DNA片段的連接。3.**操作步驟**:-**質(zhì)粒解旋**:將超螺旋質(zhì)粒DNA與牛痘DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶I混合,在37°C下孵育5-15分鐘,以實(shí)現(xiàn)質(zhì)粒的解旋。-**接頭連接**:將接頭A(含CCCTT序列)和接頭B(含5’OH)與牛痘DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶I混合,在37°C下孵育5-15分鐘,以實(shí)現(xiàn)接頭的連接。4.**注意事項(xiàng)**:-雙鏈接頭A通常5’端做NH2封閉修飾,以防止自連接;接頭A的CCCTT后通常包含5-12bp尾巴,再長(zhǎng)的尾巴會(huì)導(dǎo)致連接效率大幅下降。-雙鏈接頭B的5’端必須包含-OH。-由于該酶應(yīng)用廣,在不同的實(shí)驗(yàn)中使用策略不同,需要靈活運(yùn)用,并根據(jù)具體文獻(xiàn)進(jìn)行調(diào)整。
牛痘DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶I是TOPO克隆技術(shù)的關(guān)鍵組分,該技術(shù)允許快速、簡(jiǎn)便地將PCR產(chǎn)物克隆到質(zhì)粒載體中。
Cre重組酶在基因編輯中的操作主要涉及以下幾個(gè)步驟:1.**識(shí)別與結(jié)合**:-Cre重組酶首先識(shí)別并分別結(jié)合兩個(gè)LoxP序列的兩個(gè)反向重復(fù)序列,形成一個(gè)二聚體。2.**四聚體形成**:-兩個(gè)二聚體互相靠近,形成由四個(gè)Cre分子與兩個(gè)LoxP位點(diǎn)結(jié)合形成的四聚體復(fù)合物。3.**DNA切割與交換**:-Cre重組酶在每個(gè)LoxP位點(diǎn)的間隔序列中引導(dǎo)單鏈切割,產(chǎn)生帶有3’端羥基的斷裂。每個(gè)LoxP位點(diǎn)的兩個(gè)單鏈分別被切割。切割產(chǎn)生的自由3’端與對(duì)側(cè)的3’端進(jìn)行交換和重連,形成Holliday交叉結(jié)構(gòu)。4.**分子重組與解旋**:-Holliday交叉結(jié)構(gòu)通過Cre酶的作用被解旋并重組,形成新的重組產(chǎn)物。這個(gè)過程導(dǎo)致兩個(gè)LoxP位點(diǎn)之間的DNA序列被刪除、反轉(zhuǎn)或易位,具體效果取決于LoxP序列的排列方式(方向和位置)。5.**條件性基因編輯**:-通過建立特異性Cre小鼠,該小鼠中的Cre重組酶由特定啟動(dòng)子驅(qū)動(dòng),可在特定細(xì)胞或組織或全身表達(dá)Cre重組酶。與帶有Lox位點(diǎn)的Flox小鼠雜交,子代中可以獲得既帶有Cre又帶有Flox基因的小鼠,實(shí)現(xiàn)條件性基因打靶(表達(dá)或敲除靶基因)。Probe qPCR Mix (2×) 支持多重qPCR,即在單個(gè)反應(yīng)中同時(shí)檢測(cè)多個(gè)靶標(biāo)基因 。Recombinant Human CYTL1/C17 Protein,hFc Tag
Pfu DNA Polymerase 適合擴(kuò)增較長(zhǎng)的DNA片段,有助于在基因編輯中處理大的基因區(qū)域或復(fù)雜的基因結(jié)構(gòu)。Recombinant Mouse tPAProtein,hFc Tag
Lambda核酸外切酶(LambdaExonuclease,簡(jiǎn)稱λExonuclease)是一種具有特定特性和應(yīng)用的酶,以下是其主要特點(diǎn)和應(yīng)用:1.**特異性作用**:λExonuclease是一種5'→3'核酸外切酶,能選擇性地沿5'→3'方向消化5'端磷酸化的雙鏈DNA。2.**酶切活性**:對(duì)單鏈DNA和5'端未磷酸化修飾的DNA的酶切活性較低,不能從DNA的切刻或缺口處起始消化。3.**嗜磷酸性**:該酶具有非常強(qiáng)的嗜磷酸性,磷酸化的核酸鏈與非磷酸化的核酸鏈的切割效率相差達(dá)200倍以上。4.**切割效率**:Lambda核酸外切酶是一種具有高度持續(xù)性的堿性核酸外切酶,可以連續(xù)地將核酸切割成為單個(gè)堿基,切割比較高速率可以達(dá)到1000nt/S。5.**應(yīng)用領(lǐng)域**:-生成單鏈PCR產(chǎn)物用于DNA測(cè)序。-DNA單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)分析。-滾環(huán)擴(kuò)增。-從雙鏈DNA片段生成單鏈DNA。-PCR產(chǎn)物的克隆。-質(zhì)粒制備凈化。6.**酶活性定義**:Oneunitisdefinedastheamountofenzymerequiredtoproduce10nmolofacid-solubledeoxyribonucleotidefromdouble-strandedsubstrateinatotalreactionvolumeof50μlin30minutesat37oCin1XLambdaExonucleaseReactionBufferwith1μgsonicatedduplex[3H]-DNA。Recombinant Mouse tPAProtein,hFc Tag