吉林10X Chromium X單細胞測序服務公司

來源: 發(fā)布時間:2022-06-11

從單細胞測序描述性分析轉(zhuǎn)向復雜樣本中不同細胞類型的功能解析,越來越需要一種多組學的細胞生物學視角。通過單細胞多組學——即對不同組學的數(shù)據(jù)集進行分析和整合——科學家能夠從同一個單細胞來源中檢測多種細胞特征。這些特征包括全轉(zhuǎn)錄組基因表達、細胞表面蛋白表達、免疫組庫序列(包括T細胞和B細胞受體)以及用于了解表觀基因組調(diào)控的開放染色質(zhì)區(qū)域。隨著單個實驗可提供更多信息豐富的數(shù)據(jù),研究人員的獲益更多,包括保留珍貴樣本、提高生產(chǎn)力、減少因批次效應引起的錯誤,并節(jié)省更多的高科技資源(從資助基金到人員時間)。十二年測序經(jīng)驗,烈冰生物單細胞多組學領域的佼佼者。吉林10X Chromium X單細胞測序服務公司

機體為響應各種應激,其細胞會從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”;當細胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時,往往會經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組,導致一些基因被沉默,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態(tài)細胞進行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態(tài)。擬時序分析,即根據(jù)不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況,構(gòu)建細胞譜系發(fā)育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細胞與細胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細胞形態(tài)。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉(zhuǎn)化和變化進行描述。天津10X Genomics單細胞測序平臺單細胞測序是高通量測序下的又一重大技術(shù)突破。

10X Genomics和Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,一列縱向孔道輸入細胞,凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術(shù),將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。

烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!此外,烈冰生信團隊根據(jù)豐富的實戰(zhàn)經(jīng)驗為用戶量身打造了一款單細胞測序結(jié)果解讀的神兵利器——單細胞瀏覽器(Single Cell Browser),不但可以將海量復雜的結(jié)果文件可視化,還是可以實現(xiàn)三維立體化展示的軟件。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,專業(yè)的生物學意義交給專業(yè)的您,詳情請咨詢烈冰生物。烈冰單細胞測序,助力您的深入科學探究。

二代測序技術(shù)在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencing by synthesis)和大規(guī)模平行測序技術(shù)(massive parallel analysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如Illumina Solexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構(gòu)建、簇生成、測序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3'和5'端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來源;2)Adapter,用于結(jié)合測序通道上的位點;3)Primer binding site,用于結(jié)合PCR引物啟動擴增反應。烈冰科技成立10余年,為科研學者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務。天津高通量測序單細胞測序百萬通量平臺

烈冰生物全轉(zhuǎn)錄組測序通過雙文庫構(gòu)建,實現(xiàn)多種RNA的一網(wǎng)打盡。吉林10X Chromium X單細胞測序服務公司

10X Genomics 是一種基于 drop 的微流控技術(shù),液體在配套芯片中的微管道中流動,因此細胞直徑會受到芯片中微管道直徑的限制,微流體通道的直徑約為 50 ~ 60 um,因此捕獲細胞的直徑不能超過 40um。當細胞直徑過大時,容易出現(xiàn)管道堵塞,造成GEM生成失敗,對于神經(jīng)科學研究和心血管疾病研究的老師而言,準備采用單細胞技術(shù)用于課題研究的時候,往往會遇到一個尷尬的問題,就是目標細胞,例如神經(jīng)元細胞、成熟心肌細胞由于體積過大,不適用于 10X 單細胞技術(shù)。其中神經(jīng)元細胞的直徑很大,直接超過了芯片中管道的直徑,雖然心肌細胞直徑低于 50um,但是成熟心肌細胞的長度很長,有可能堵塞通道造成實驗失敗,這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細胞文章,主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了,主要還是因為未發(fā)育成熟的心肌細胞比較小,不會出現(xiàn)堵塞管道的風險。因此可以考慮組織解離后過 40um 濾網(wǎng),過濾掉大細胞,避免出現(xiàn)管道堵塞、實驗失敗的風險。此種方案的缺點是大細胞被過濾掉,丟失相關(guān)細胞數(shù)據(jù);另外組織解離獲得高質(zhì)量細胞懸液以后,繼續(xù)做細胞裂解抽細胞核,開展細胞核測序。具體可訪問烈冰官網(wǎng)給我們留言,烈小冰將安排專業(yè)技術(shù)為您詳細解答。吉林10X Chromium X單細胞測序服務公司

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