陜西10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序百萬(wàn)通量平臺(tái)

單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果動(dòng)輒上百G數(shù)據(jù)量，龐大的數(shù)據(jù)對(duì)于分析平臺(tái)和分析能力有著很高的要求，首先針對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié)：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列，不可避免的會(huì)出現(xiàn)低質(zhì)量的測(cè)序結(jié)果，存在各種情況的序列污染。因此序列過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估就會(huì)變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過(guò)測(cè)序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來(lái)表征，即堿基測(cè)序結(jié)果的錯(cuò)誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測(cè)序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性，為后續(xù)細(xì)胞類型鑒定和功能分析打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。烈冰單細(xì)胞測(cè)序，助力您的深入科學(xué)探究。陜西10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序百萬(wàn)通量平臺(tái)

10× Genomics官方建議，當(dāng)單細(xì)胞懸液活性低于70%時(shí)應(yīng)做去除死細(xì)胞操作，并推薦使用MACS? Dead Cell Removal Kit(Miltenyi Biotec)。需要注意到，去除死細(xì)胞的操作會(huì)損失一定的細(xì)胞數(shù)量，10× Genomics和Miltenyi Biotec都沒(méi)有給出單細(xì)胞懸液含有多少細(xì)胞數(shù)量才建議做去除死細(xì)胞的操作?；诹冶嗄陠渭?xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)經(jīng)驗(yàn)，建議當(dāng)細(xì)胞懸液進(jìn)行質(zhì)量和活性檢測(cè)后，考慮對(duì)細(xì)胞活性在50%-70%的懸液進(jìn)行去除死細(xì)胞的操作。而太低活性的懸液（小于30%），懸液中細(xì)胞大量死亡，可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細(xì)胞比例和狀態(tài)，失真嚴(yán)重，建議重新收集樣本進(jìn)行新的實(shí)驗(yàn)，保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性。南京二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序價(jià)格附加流式分選細(xì)胞表面Marker，對(duì)于較低分辨率的標(biāo)志物也能有效鑒定，助力高要求測(cè)序項(xiàng)目。

單細(xì)胞測(cè)序龐大的數(shù)據(jù)烈冰生信團(tuán)隊(duì)傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺(tái)，可實(shí)現(xiàn)零代碼操作、簡(jiǎn)單方便：?jiǎn)渭?xì)胞瀏覽器的操作簡(jiǎn)單，不需要命令行操作。簡(jiǎn)單拖拽、設(shè)置參數(shù)即可運(yùn)行，即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運(yùn)用自如；可視化展示海量結(jié)果文件：可視化展示Cluster的基因數(shù)，UMI數(shù)量、線粒體RNA占比信息；以及不同Cluster對(duì)應(yīng)的細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、RNA表達(dá)量、樣本細(xì)胞分布、線粒體RNA表達(dá)量等；3D立體展示，文章動(dòng)圖先人一步：?jiǎn)渭?xì)胞瀏覽器針對(duì)t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進(jìn)行三維立體展示，更加直觀立體的觀察細(xì)胞分布和聚類情況。

關(guān)于單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)樣本制備，這與流式細(xì)胞術(shù)用戶熟悉的步驟完全一致，也就是通過(guò)酶促或機(jī)械消化、細(xì)胞分選或其他細(xì)胞分離技術(shù)從整個(gè)樣本中制備生成活的單細(xì)胞懸液。隨后是細(xì)胞計(jì)數(shù)和質(zhì)量控制步驟，以確保您的樣本有適當(dāng)濃度的活細(xì)胞，并且不含細(xì)胞團(tuán)塊和死細(xì)胞碎片。如有必要，您還可以使用抗體對(duì)樣本進(jìn)行染色，標(biāo)記細(xì)胞表面蛋白或其他生物分析物，或者通過(guò)FACS來(lái)富集感興趣的細(xì)胞類型。解離樣本時(shí)采取的具體步驟將根據(jù)您的起始材料和實(shí)驗(yàn)?zāi)繕?biāo)而定。也許需要額外的制備步驟，具體取決于組織質(zhì)量、樣本豐度、細(xì)胞大小，以及是否需要提取出細(xì)胞核進(jìn)行染色質(zhì)可接近性分析。無(wú)論具體的考慮因素如何，所有樣本類型都遵循同一個(gè)基本原則，那就是生成高質(zhì)量的單細(xì)胞懸液。全線搭建10X Genomics Chromium Controller單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)。

科技的發(fā)展讓單細(xì)胞測(cè)序已經(jīng)應(yīng)用于疾病發(fā)展過(guò)程中的關(guān)鍵過(guò)程和事件，如前病變向惡性的轉(zhuǎn)化、惡性向轉(zhuǎn)移性的發(fā)展，以及對(duì)多種用藥的反應(yīng)。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)作為一個(gè)需要將組織解離成為單細(xì)胞懸液，或者是采用細(xì)胞核捕獲的策略捕獲單細(xì)胞核，進(jìn)而對(duì)于每一個(gè)單細(xì)胞或者細(xì)胞核進(jìn)行測(cè)序得到結(jié)果的技術(shù)，其空間定位信息是丟失的。這就衍生出了一個(gè)問(wèn)題就是如果單細(xì)胞A與B并不出現(xiàn)在一個(gè)組織區(qū)域中他們會(huì)互相影響或者轉(zhuǎn)化么？免疫研究中，兩個(gè)具有非常強(qiáng)的PDL1-PD1的配對(duì)關(guān)系的細(xì)胞在組織切片上風(fēng)馬牛不相及，這樣PDL1-PD1的關(guān)系會(huì)生效么？烈冰測(cè)序服務(wù)已助力300余篇國(guó)際期刊研究文章發(fā)表。溫州高通量測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序

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細(xì)胞中基因的表達(dá)是嚴(yán)格按照時(shí)間和空間順序發(fā)生，因此細(xì)胞類型和基因表達(dá)具有時(shí)間特異性和空間特異性。時(shí)間特異性可以通過(guò)收集不同時(shí)間點(diǎn)的樣本進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序來(lái)分析。但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（scRNA-Seq）在單細(xì)胞懸液制備的過(guò)程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu)，無(wú)法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個(gè)問(wèn)題，其以點(diǎn)陣形式記錄組織切片細(xì)胞的空間信息，在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上，獲得細(xì)胞/基因的空間表達(dá)特異性。陜西10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序百萬(wàn)通量平臺(tái)

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