針對單細(xì)胞測序的細(xì)胞上樣數(shù),為什么不建議捕獲到的細(xì)胞數(shù)量越高越好?一味地追求高數(shù)量的細(xì)胞捕獲可能會存在一些問題。例如在上機(jī)細(xì)胞懸液濃度固定時(shí),如果目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000,上樣細(xì)胞懸液體積勢必增加,在細(xì)胞懸液質(zhì)量不是很理想(細(xì)胞活性<90%、碎片率>5%、結(jié)團(tuán)率均>5%)的情況下,引入的背景信號會增加,分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括:cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低。當(dāng)cell和non-cell無法有效區(qū)分時(shí),會使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果!當(dāng)目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)很大時(shí),多細(xì)胞率會增加,數(shù)據(jù)分析時(shí),此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測數(shù)和UMI檢測數(shù)是正常cell的N倍(N是一個(gè)GEM包裹的細(xì)胞數(shù)),導(dǎo)致所有細(xì)胞的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)(單個(gè)細(xì)胞基因檢測中位數(shù)、單個(gè)細(xì)胞UMI檢測中位數(shù))虛高。此部分“cell”雖然可以通過設(shè)置數(shù)據(jù)分析閾值進(jìn)行過濾,但是容易會有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測細(xì)胞的人為去除!全線搭建10X Genomics Chromium Controller單細(xì)胞測序平臺。武漢10X Chromium X單細(xì)胞測序服務(wù)公司
單細(xì)胞測序技術(shù)(Single Cell Sequencing)從一種新興的研究角度,借助已有的高通量測序手段,幫助研究者在樣本中細(xì)胞的異質(zhì)性、免疫微環(huán)境、發(fā)育學(xué)、免疫學(xué)以及其他領(lǐng)域中進(jìn)行單細(xì)胞層面的數(shù)據(jù)解析,解決了Bulk Population Sequencing所無法解決的問題。這樣一個(gè)新的研究領(lǐng)域必然也需要足夠可靠的實(shí)驗(yàn)手段來支撐。BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設(shè)備,保證了從單細(xì)胞懸液質(zhì)量評估到單細(xì)胞分選標(biāo)記過程中每一個(gè)實(shí)驗(yàn)步驟的準(zhǔn)確質(zhì)控。NovelBio單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)借助BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng),在實(shí)驗(yàn)實(shí)施層面對單細(xì)胞測序結(jié)果的可靠性提供了強(qiáng)有力的保證。繼單細(xì)胞懸液制備之后,又在另一道關(guān)鍵關(guān)卡提供了可靠的支持,幫助研究者在單細(xì)胞測序領(lǐng)域收獲更多的成果。北京10X Chromium X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析個(gè)性化制定測序項(xiàng)目方面,滿足從檢測基因到蛋白的多組學(xué)測序要求。
關(guān)于10X Genomics單細(xì)胞平臺的樣本類型和樣本制備 :10X平臺在上機(jī)前需要注意細(xì)胞消化后的細(xì)胞團(tuán)塊,獲得分離良好的細(xì)胞懸液、無細(xì)胞隨便、極少的細(xì)胞團(tuán)塊,且細(xì)胞活力高(>70%);此外,了解您所研究細(xì)胞的大小范圍也很重要。細(xì)胞大小通常與細(xì)胞表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量有關(guān)。各種尺寸不同的細(xì)胞(一般直徑不大于50μm)均可與我們基因表達(dá)解決方案中使用的10X Genomics平臺兼容。一般來說,細(xì)胞制備方案將根據(jù)組織來源和細(xì)胞類型而變化。每種組織類型都是獨(dú)特的,因此,必須在開始任何單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)之前優(yōu)化樣本制備,烈冰多年樣本解離消化經(jīng)驗(yàn),累積10+物種、50+組織的消化protocol,若您的樣本為組織,且尚未成功將組織樣本消化成單細(xì)胞懸液,烈冰將盡可能提供技術(shù)及實(shí)驗(yàn)上的幫助。
烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程!此外,烈冰生信團(tuán)隊(duì)根據(jù)豐富的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)為用戶量身打造了一款單細(xì)胞測序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器(Single Cell Browser),不但可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化,還是可以實(shí)現(xiàn)三維立體化展示的軟件。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,專業(yè)的生物學(xué)意義交給專業(yè)的您,詳情請咨詢烈冰生物。豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn),烈冰配套全程個(gè)性化、定制化地?cái)?shù)據(jù)分析服務(wù)。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序是在單細(xì)胞水平上高通量測序分析基因表達(dá)譜的技術(shù),突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性,組織解離后,單個(gè)樣本一次上機(jī)能捕獲500-20000個(gè)細(xì)胞, 基于每個(gè)細(xì)胞分別建庫測序,獲得單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài),并鑒定細(xì)胞的類型,可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進(jìn)行比較,反映細(xì)胞間的異質(zhì)性。而2021年橫空出世的10X Genomics Chromium X平臺實(shí)現(xiàn)了單塊chip上的百萬級別通量的細(xì)胞捕獲,系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)16個(gè)通道同時(shí)運(yùn)行,每個(gè)通道可捕獲2000-20000個(gè)細(xì)胞(不混樣),并支持原Chromium Controller體統(tǒng)外的多種細(xì)胞捕獲百萬級別通量實(shí)驗(yàn),可準(zhǔn)確鑒別稀有細(xì)胞類型和適配大規(guī)模單細(xì)胞研究。烈冰測序服務(wù)已助力300余篇國際期刊研究文章發(fā)表。廣州10X Genomics單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析可視化
經(jīng)驗(yàn)豐富的實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì),為獲得示組織內(nèi)真實(shí)表達(dá)水平的高質(zhì)量冷凍切片提供硬件和技術(shù)保障。武漢10X Chromium X單細(xì)胞測序服務(wù)公司
烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程!此外,烈冰生信團(tuán)隊(duì)根據(jù)豐富的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)為用戶量身打造了一款單細(xì)胞測序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器(Single Cell Browser),不但可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化,還是可以實(shí)現(xiàn)三維立體化展示的軟件。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,專業(yè)的生物學(xué)意義交給專業(yè)的您!武漢10X Chromium X單細(xì)胞測序服務(wù)公司
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗(yàn)),從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),計(jì)算機(jī)、軟件及耗材(除專控),軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動】的公司,致力于發(fā)展為創(chuàng)新務(wù)實(shí)、誠實(shí)可信的企業(yè)。烈冰生物擁有一支經(jīng)驗(yàn)豐富、技術(shù)創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團(tuán)隊(duì),以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序。烈冰生物不斷開拓創(chuàng)新,追求出色,以技術(shù)為先導(dǎo),以產(chǎn)品為平臺,以應(yīng)用為重點(diǎn),以服務(wù)為保證,不斷為客戶創(chuàng)造更高價(jià)值,提供更優(yōu)服務(wù)。烈冰生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康行業(yè)。滿足市場需求,提高產(chǎn)品價(jià)值,是我們前行的力量。