細胞計數(shù)和活力評估在評估樣本質(zhì)量時,需要在細胞清洗和過濾之后測定細胞活力,這一點至關(guān)重要。測定細胞活力有許多種方法,烈冰多年單細胞測序經(jīng)驗發(fā)現(xiàn)臺盼藍法在鑒定活細胞與死細胞的比例時效果很好。細胞計數(shù)的準(zhǔn)確性以及目標(biāo)回收量和實際回收量之間的一致性,取決于我們了解樣本中有多少個細胞。一旦過濾和清洗完成,可采用細胞計數(shù)設(shè)備(如血球計數(shù)器或自動細胞計數(shù)儀)進行定量。這些設(shè)備不但能提供準(zhǔn)確的細胞計數(shù),還能計算出向微流體芯片上樣適量細胞所需的細胞懸液體積。單細胞測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關(guān)系,一度成為高通量測序技術(shù)的“天花板”。南京10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析
單細胞多組學(xué)帶來的突破 單細胞測序方法不但改進了實驗過程,還幫助科學(xué)家在健康和疾病研究的關(guān)鍵領(lǐng)域取得新進展。那些過去從轉(zhuǎn)錄平均值或單項參數(shù)讀取中無法獲得的新發(fā)現(xiàn)正在改變我們對傳染病、神經(jīng)退行性疾病等疾病的認識。從鑒定新的細胞類型和狀態(tài),到揭開疾病用藥應(yīng)答和耐藥的潛在機制,單細胞測序正在推動突破性的研究,有望改變生物學(xué)和醫(yī)療。無論是無法解釋的疾病,還是人體或自然界中尚未探索的系統(tǒng),曾經(jīng)模糊的東西正變得越來越清晰。隨著我們邁向科學(xué)的未來,我們手頭的工具就像伽利略的望遠鏡一樣能夠提高焦距和放大倍數(shù),而定義科學(xué)未來的知識新深度是十年前的人們所無法想象的。烈冰生物單細胞測序商業(yè)化服務(wù)強勢發(fā)文!烈冰單細胞測序助力揭示愈傷組織能再生的機制。
單細胞測序龐大的數(shù)據(jù)烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺,可實現(xiàn)零代碼操作、簡單方便:單細胞瀏覽器的操作簡單,不需要命令行操作。簡單拖拽、設(shè)置參數(shù)即可運行,即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運用自如;可視化展示海量結(jié)果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),UMI數(shù)量、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對應(yīng)的細胞數(shù)量、基因表達量、RNA表達量、樣本細胞分布、線粒體RNA表達量等;3D立體展示,文章動圖先人一步:單細胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進行三維立體展示,更加直觀立體的觀察細胞分布和聚類情況。
Fluidigm C1平臺作為應(yīng)用于單細胞測序(Single Cell RNA Sequencing)領(lǐng)域的商業(yè)化分選技術(shù),基于富魯達(Fluidigm?)的微流控技術(shù),大約在幾個小時中可以捕獲96個左右的細胞,進行各類的Single-Cell測序建庫。當(dāng)然,通量還是比較小。但不可否認的是,現(xiàn)在很多非RNA類Single Cell測序,仍然在采用這樣的技術(shù),如Single Cell DNA-Seq,Single Cell ATAC-Seq等,都是采用此技術(shù)進行單細胞分選后再分別用不同試劑盒建庫。所以可以說,至少在10X和BD,或者其他企業(yè)推出有效的Single DNA測序技術(shù)之前,C1仍然會是市場上的重要組成部分。烈冰專精單細胞多組學(xué)測序領(lǐng)域。
針對單細胞測序的細胞上樣數(shù),為什么不建議捕獲到的細胞數(shù)量越高越好?一味地追求高數(shù)量的細胞捕獲可能會存在一些問題。例如在上機細胞懸液濃度固定時,如果目標(biāo)細胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000,上樣細胞懸液體積勢必增加,在細胞懸液質(zhì)量不是很理想(細胞活性<90%、碎片率>5%、結(jié)團率均>5%)的情況下,引入的背景信號會增加,分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括:cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低。當(dāng)cell和non-cell無法有效區(qū)分時,會使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果!當(dāng)目標(biāo)細胞捕獲數(shù)很大時,多細胞率會增加,數(shù)據(jù)分析時,此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測數(shù)和UMI檢測數(shù)是正常cell的N倍(N是一個GEM包裹的細胞數(shù)),導(dǎo)致所有細胞的統(tǒng)計數(shù)據(jù)(單個細胞基因檢測中位數(shù)、單個細胞UMI檢測中位數(shù))虛高。此部分“cell”雖然可以通過設(shè)置數(shù)據(jù)分析閾值進行過濾,但是容易會有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測細胞的人為去除!單細胞測序技術(shù)遍地開花,烈冰服務(wù)讓您的醫(yī)學(xué)研究如虎添翼。廣州高通量測序單細胞測序多組學(xué)測序
助力探索生命時空多維度的動態(tài)變化的生物學(xué)信息;助力醫(yī)療健康時代!南京10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析
Single Cell Sequencing技術(shù),即利用優(yōu)化后的高通量測序技術(shù)(NGS,Next Generation Sequencing)分析每一個單個細胞的序列信息,從而更高分辨率地揭示細胞間的細胞差異以及其在微環(huán)境中的功能情況。那么問題來了,如何獲得單個細胞?如果無法獲得單個細胞這一切都是不成立的;如何獲得大批量的單個細胞?單個組織細胞群體通常在百萬級別以上,如果被檢測的測序細胞數(shù)量過小精確度不足;如何低成本地獲得大批量單個細胞?單細胞測序成本非常高,尤其是需要測2000~3000個以上的細胞的時候,如果單個細胞的分選成本也很高,技術(shù)根本無法普及。所以,正因為這些問題的存在使得高通量測序在單個細胞測序應(yīng)用中的普及度一直不足,直到幾個突破性技術(shù)的誕生。南京10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析
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