湖州單細胞測序數(shù)據(jù)分析培訓班

來源: 發(fā)布時間:2022-06-20

烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺,針對龐大的單細胞測序數(shù)據(jù),能夠?qū)崿F(xiàn)細胞類型鑒定的快、精、準:一鍵導入gene list構建個性化基因列表;輕松一點即可展示Marker基因的Feature plot;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細胞類型;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖,還可以通過調(diào)節(jié)寬、高和系數(shù)比例來調(diào)節(jié)美觀。平臺上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,幫助烈冰生信分析團隊和自主分析用戶實現(xiàn)分析工具和模板的快速調(diào)用和一站式全流程自動化分析,節(jié)省工作時間并提升整體工作效率。高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。湖州單細胞測序數(shù)據(jù)分析培訓班

高通量測序技術(High-throughput sequencing)又稱“下一代”測序技術(“Next-generation” sequencing),以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定,因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(next generation sequencing)足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進行細致全貌的 分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deep sequencing)。而烈冰科技具有專業(yè)生物背景和十二年科研服務經(jīng)驗,已助力Nature,immunity等在內(nèi)的300+篇CNS文章發(fā)表。長沙10X Chromium X單細胞測序技術支持烈冰斥巨資引進Novaseq6000,開啟更大通量測序新紀元。

作為單細胞測序的一個重要里程碑,10x genomic公司于2016年2月推出10x Chromium Single Cell Gene Expression Solution,此平臺整合了儀器、試劑盒和信息學軟件,能精確對接illumina測序儀,因此可實現(xiàn)大量大細胞的快速高效標記、測序和分析,獲得單細胞水平的基因表達譜和差異情況,并通過對復雜細胞群體進行深入細致分析,繪制大規(guī)模單細胞表達圖譜。 以量化細胞內(nèi)的群體異質(zhì)性,并逐個鑒定細胞類型、細胞狀態(tài)和動態(tài)細胞躍遷。除了有望鑒定新的細胞亞型和稀有細胞群體,單細胞技術還能更好地了解轉(zhuǎn)錄動態(tài)和基因調(diào)控關系。

10X Genomics 是一種基于 drop 的微流控技術,液體在配套芯片中的微管道中流動,因此細胞直徑會受到芯片中微管道直徑的限制,微流體通道的直徑約為 50 ~ 60 um,因此捕獲細胞的直徑不能超過 40um。當細胞直徑過大時,容易出現(xiàn)管道堵塞,造成GEM生成失敗,對于神經(jīng)科學研究和心血管疾病研究的老師而言,準備采用單細胞技術用于課題研究的時候,往往會遇到一個尷尬的問題,就是目標細胞,例如神經(jīng)元細胞、成熟心肌細胞由于體積過大,不適用于 10X 單細胞技術。其中神經(jīng)元細胞的直徑很大,直接超過了芯片中管道的直徑,雖然心肌細胞直徑低于 50um,但是成熟心肌細胞的長度很長,有可能堵塞通道造成實驗失敗,這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細胞文章,主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了,主要還是因為未發(fā)育成熟的心肌細胞比較小,不會出現(xiàn)堵塞管道的風險。因此可以考慮組織解離后過 40um 濾網(wǎng),過濾掉大細胞,避免出現(xiàn)管道堵塞、實驗失敗的風險。此種方案的缺點是大細胞被過濾掉,丟失相關細胞數(shù)據(jù);另外組織解離獲得高質(zhì)量細胞懸液以后,繼續(xù)做細胞裂解抽細胞核,開展細胞核測序。具體可訪問烈冰官網(wǎng)給我們留言,烈小冰將安排專業(yè)技術為您詳細解答。單細胞測序平臺,烈冰提供高性價比服務方案。

RNA測序(RNA-seq)或芯片分析等大量樣本的轉(zhuǎn)錄組學方法作為一類強大的工具,可提供混合樣本的基因表達平均數(shù)據(jù),幫助科學家開始揭示這種異質(zhì)性。隨后,技術創(chuàng)新的飛躍在單細胞技術上達到新高度——使得科學家能夠定義細胞類型特異的基因表達,從過去的平均數(shù)據(jù)中分辨出真正驅(qū)動其表達模式的細胞異質(zhì)性。這讓研究人員能夠更詳細地表征組織異質(zhì)性,鑒定稀有細胞類型,并逐個細胞地仔細分析其分子機制。當獲得了對其研究的生物系統(tǒng)更為真實的圖譜后,研究人員就有了更為堅實可靠的知識基礎,并能在這個基礎上規(guī)劃下一步實驗,以獲取更深入的可行動見解。烈冰科技成立10余年,為科研學者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務。烈冰科技單細胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

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針對單細胞測序的細胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié):主要是對細胞數(shù)量、基因表達量、測序質(zhì)量進行整體描述。過濾標準:由于細胞破碎后游離RNA會釋放到環(huán)境或孔中,并且測序中也會存在一些死細胞,導致數(shù)據(jù)存在background值。因此,我們需要設定一定的標準來過濾掉假細胞或死細胞。以10× Genomics為例,細胞數(shù)量判斷主要通過分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點,當存在多個斜率拐點的時候,結合預期UMI=500時的細胞數(shù)量進行過濾。當斜率拐點低于UMI=500的時候,選擇UMI=500作為細胞的判斷的標準;否則,選擇和預期細胞數(shù)量接近的拐點作為細胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。湖州單細胞測序數(shù)據(jù)分析培訓班

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