西安10X Genomics單細胞測序平臺

來源: 發(fā)布時間:2022-06-21

關(guān)于單細胞測序?qū)嶒灅颖局苽?,這與流式細胞術(shù)用戶熟悉的步驟完全一致,也就是通過酶促或機械消化、細胞分選或其他細胞分離技術(shù)從整個樣本中制備生成活的單細胞懸液。隨后是細胞計數(shù)和質(zhì)量控制步驟,以確保您的樣本有適當濃度的活細胞,并且不含細胞團塊和死細胞碎片。如有必要,您還可以使用抗體對樣本進行染色,標記細胞表面蛋白或其他生物分析物,或者通過FACS來富集感興趣的細胞類型。解離樣本時采取的具體步驟將根據(jù)您的起始材料和實驗目標而定。也許需要額外的制備步驟,具體取決于組織質(zhì)量、樣本豐度、細胞大小,以及是否需要提取出細胞核進行染色質(zhì)可接近性分析。無論具體的考慮因素如何,所有樣本類型都遵循同一個基本原則,那就是生成高質(zhì)量的單細胞懸液。單細胞科聯(lián)合空間轉(zhuǎn)錄組,展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達情況,揭示精細病理區(qū)域中“喚醒”的信號通路。西安10X Genomics單細胞測序平臺

對于單細胞測序而言,常常需要先構(gòu)建細胞圖譜,在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項分析,并且數(shù)據(jù)分析時以細胞聚類(cell cluster)為討論對象,而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格,但是單細胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復雜度(增加樣本數(shù)),盡可能的構(gòu)建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此,單細胞測序?qū)嶒炘O(shè)計時首先需要保證生物學重復,不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細胞數(shù),單個樣本分別捕獲細胞時,后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準確性。廣州二代測序單細胞測序數(shù)據(jù)分析高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。

多樣本數(shù)據(jù)合并:Fraction of Reads Kept:合并樣本時,各樣本根據(jù)Mapped Barcoded Reads per Cell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,需要進行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數(shù)量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!

烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測序行業(yè),為科研學者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù),先后經(jīng)歷基因芯片時代、基因測序、轉(zhuǎn)錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭。2018年以來,單細胞測序進入發(fā)展的快車道,烈冰作為國內(nèi)首批引進單細胞實驗雙平臺的公司,依托自主研發(fā)的NovelBrain?生物大數(shù)據(jù)分析平臺,為用戶提供一站式全流程的單細胞測序服務(wù)和解決方案。4年的單細胞技術(shù)的積累,烈冰已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種,皮膚、腦、脂肪、心臟、花序等50+組織類型,100+細胞類型,1000+靶標基因,10000+樣本處理經(jīng)驗。烈冰生物為您提供多平臺一站式全流程單細胞測序服務(wù)。

烈冰生物成立于2010年,與時俱進,堅持為科研學者提供國際前沿的高通量測序?qū)嶒灪蜕疃鹊纳镄畔?shù)據(jù)分析服務(wù),已逐步發(fā)展為單細胞多組學檢測服務(wù)****。專注于“單細胞測序系列技術(shù)服務(wù)”的專精領(lǐng)域,在上海、北京、廣州、西安和江西等地擁有數(shù)千平辦公場所,并布局多中心產(chǎn)品研發(fā)生產(chǎn)基地和營銷、運營中心。2016年起連續(xù)被評為上海市****,60+項自主知識產(chǎn)權(quán),轉(zhuǎn)化率近80%。產(chǎn)品覆蓋從單細胞測序,核測序,單細胞多組學,空間轉(zhuǎn)錄組測序等多組學聯(lián)合的實驗+數(shù)據(jù)分析全流程服務(wù)平臺。為600+國內(nèi)高校和醫(yī)院、5000+深度合作學者用戶、10000+生命科學探索的重要科研項目在醫(yī)藥開發(fā)、科學研究、醫(yī)學及臨床研究,疾病分子標志物篩選、生命和神經(jīng)發(fā)育研究等提供多層次、多組學檢測服務(wù)和解決方案,助力300+CNS國際學術(shù)期刊文章發(fā)表,30+篇單細胞技術(shù)聯(lián)合(助力)發(fā)文,IF 10+文章占比>65%。烈冰生物成立于2010年,專注于單細胞測序領(lǐng)域科研服務(wù)。南昌二代測序單細胞測序

烈冰科技成立10余年,為科研學者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù)。西安10X Genomics單細胞測序平臺

針對單細胞測序數(shù)據(jù)分析時的reads數(shù)、基因表達量及細胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標準,每個細胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個細胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細胞類型,例如成熟的B,T,粒細胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細胞表達的基因數(shù)普遍較少,導致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細胞等,他們的基因表達數(shù)較高,甚至可以超過1W,這就導致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對細胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認時,需要考察實際組織的細胞組成。西安10X Genomics單細胞測序平臺

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗),從事貨物及技術(shù)的進出口業(yè)務(wù),計算機、軟件及耗材(除??兀浖_發(fā)【依法須經(jīng)批準的項目,經(jīng)相關(guān)部門批準后方可開展經(jīng)營活動】的公司,是一家集研發(fā)、設(shè)計、生產(chǎn)和銷售為一體的專業(yè)化公司。烈冰生物作為生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗),從事貨物及技術(shù)的進出口業(yè)務(wù),計算機、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準的項目,經(jīng)相關(guān)部門批準后方可開展經(jīng)營活動】的企業(yè)之一,為客戶提供良好的單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學測序。烈冰生物繼續(xù)堅定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,既要實現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,實現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。烈冰生物始終關(guān)注自身,在風云變化的時代,對自身的建設(shè)毫不懈怠,高度的專注與執(zhí)著使烈冰生物在行業(yè)的從容而自信。