西安二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化

10× Genomics官方建議，當(dāng)單細(xì)胞懸液活性低于70%時(shí)應(yīng)做去除死細(xì)胞操作，并推薦使用MACS? Dead Cell Removal Kit(Miltenyi Biotec)。需要注意到，去除死細(xì)胞的操作會(huì)損失一定的細(xì)胞數(shù)量，10× Genomics和Miltenyi Biotec都沒有給出單細(xì)胞懸液含有多少細(xì)胞數(shù)量才建議做去除死細(xì)胞的操作?；诹冶嗄陠渭?xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)經(jīng)驗(yàn)，建議當(dāng)細(xì)胞懸液進(jìn)行質(zhì)量和活性檢測(cè)后，考慮對(duì)細(xì)胞活性在50%-70%的懸液進(jìn)行去除死細(xì)胞的操作。而太低活性的懸液（小于30%），懸液中細(xì)胞大量死亡，可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細(xì)胞比例和狀態(tài)，失真嚴(yán)重，建議重新收集樣本進(jìn)行新的實(shí)驗(yàn)，保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性?；驕y(cè)序相關(guān)產(chǎn)品和技術(shù)已由實(shí)驗(yàn)室研究逐漸演變到臨床應(yīng)用，是下一個(gè)改變世界的技術(shù)。西安二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化

為什么需要單細(xì)胞分辨率？ 生物學(xué)就像宇宙一樣。它非常復(fù)雜，有許多獨(dú)特的單體，也就是細(xì)胞。這些細(xì)胞相互作用并扮演不同的角色，在更大的體系中構(gòu)建并驅(qū)動(dòng)多個(gè)過程。就像伽利略探索宇宙的努力一樣，發(fā)現(xiàn)和定義這些細(xì)胞也需要高分辨率的工具，才能解開促成生物學(xué)復(fù)雜性的基因表達(dá)異質(zhì)性。單細(xì)胞測(cè)序能夠在以一個(gè)細(xì)胞為功能單位中開展生物學(xué)研究，闡明具體細(xì)節(jié)，構(gòu)建出一幅更大、更精細(xì)的圖譜，說明導(dǎo)致產(chǎn)生某種外在表型的不同類型的分子和細(xì)胞之間是如何相互作用的：患者為什么會(huì)復(fù)發(fā)？是什么讓這種疫苗能夠有效防止傳染等等諸多問題。淄博單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)機(jī)構(gòu)經(jīng)驗(yàn)豐富的實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)，為獲得示組織內(nèi)真實(shí)表達(dá)水平的高質(zhì)量冷凍切片提供硬件和技術(shù)保障。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是在單細(xì)胞水平上高通量測(cè)序分析基因表達(dá)譜的技術(shù)，突破傳統(tǒng)高通量測(cè)序的局限性，組織解離后，單個(gè)樣本一次上機(jī)能捕獲500-20000個(gè)細(xì)胞， 基于每個(gè)細(xì)胞分別建庫(kù)測(cè)序，獲得單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài)，并鑒定細(xì)胞的類型，可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進(jìn)行比較，反映細(xì)胞間的異質(zhì)性。而2021年橫空出世的10X Genomics Chromium X平臺(tái)實(shí)現(xiàn)了單塊chip上的百萬級(jí)別通量的細(xì)胞捕獲，系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)16個(gè)通道同時(shí)運(yùn)行，每個(gè)通道可捕獲2000-20000個(gè)細(xì)胞（不混樣），并支持原Chromium Controller體統(tǒng)外的多種細(xì)胞捕獲百萬級(jí)別通量實(shí)驗(yàn)，可準(zhǔn)確鑒別稀有細(xì)胞類型和適配大規(guī)模單細(xì)胞研究。

基于10X Next GEM技術(shù)，單細(xì)胞測(cè)序一次實(shí)驗(yàn)可以同時(shí)檢測(cè)近萬個(gè)細(xì)胞，可在一個(gè)樣本中同時(shí)獲3'端mRNA表達(dá)譜、如需和免疫組庫(kù)（TCR和BCR）的數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合時(shí)，即某些研究還需結(jié)合基因的表達(dá)譜和V(D)J數(shù)據(jù)進(jìn)行復(fù)雜組織樣本的是影響免疫應(yīng)答分析，監(jiān)測(cè)免疫療法的效果，研究疾病發(fā)生、發(fā)展的分子機(jī)制，可進(jìn)行單細(xì)胞免疫組庫(kù)測(cè)序： 烈冰單細(xì)胞免疫組庫(kù)平臺(tái)具備：1000+項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，一次實(shí)驗(yàn)可同時(shí)獲取1000-20000個(gè)細(xì)胞的文庫(kù)構(gòu)建，獲得轉(zhuǎn)錄組和免疫組數(shù)據(jù)； 具備完善的免疫組庫(kù)測(cè)序和實(shí)驗(yàn)質(zhì)控流程，獲取V(D)J全長(zhǎng)序列的配對(duì)信息；豐富的免疫組庫(kù)測(cè)序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)，實(shí)現(xiàn)專屬個(gè)性化數(shù)據(jù)分析服務(wù)，搭配單細(xì)胞分析云平臺(tái)，一鍵導(dǎo)出交互性的動(dòng)態(tài)結(jié)果報(bào)告。助力探索生命時(shí)空多維度的動(dòng)態(tài)變化的生物學(xué)信息；助力醫(yī)療健康時(shí)代！

針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞上樣數(shù)，為什么不建議捕獲到的細(xì)胞數(shù)量越高越好？一味地追求高數(shù)量的細(xì)胞捕獲可能會(huì)存在一些問題。例如在上機(jī)細(xì)胞懸液濃度固定時(shí)，如果目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000，上樣細(xì)胞懸液體積勢(shì)必增加，在細(xì)胞懸液質(zhì)量不是很理想（細(xì)胞活性<90%、碎片率>5%、結(jié)團(tuán)率均>5%）的情況下，引入的背景信號(hào)會(huì)增加，分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括：cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低。當(dāng)cell和non-cell無法有效區(qū)分時(shí)，會(huì)使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽(yáng)性和假陰性結(jié)果！當(dāng)目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)很大時(shí)，多細(xì)胞率會(huì)增加，數(shù)據(jù)分析時(shí)，此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測(cè)數(shù)和UMI檢測(cè)數(shù)是正常cell的N倍（N是一個(gè)GEM包裹的細(xì)胞數(shù)），導(dǎo)致所有細(xì)胞的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)（單個(gè)細(xì)胞基因檢測(cè)中位數(shù)、單個(gè)細(xì)胞UMI檢測(cè)中位數(shù)）虛高。此部分“cell”雖然可以通過設(shè)置數(shù)據(jù)分析閾值進(jìn)行過濾，但是容易會(huì)有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測(cè)細(xì)胞的人為去除！單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)，烈冰提供高性價(jià)比服務(wù)方案。淄博單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)機(jī)構(gòu)

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機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激，其細(xì)胞會(huì)從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”；當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí)，往往會(huì)經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組，導(dǎo)致一些基因被沉默，一些基因被重新“喚醒”，但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的；scRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們?cè)诓恍枰兓那闆r下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時(shí)序分析，即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況，構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育，但這里的時(shí)間并不是真時(shí)間，而是一個(gè)虛擬的時(shí)間，是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個(gè)樣本中，也會(huì)存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此，不論測(cè)定了多少樣本，我們都可以采用擬時(shí)序分析對(duì)樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。西安二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家服務(wù)型類企業(yè)，積極探索行業(yè)發(fā)展，努力實(shí)現(xiàn)產(chǎn)品創(chuàng)新。公司是一家有限責(zé)任公司（自然）企業(yè)，以誠(chéng)信務(wù)實(shí)的創(chuàng)業(yè)精神、專業(yè)的管理團(tuán)隊(duì)、踏實(shí)的職工隊(duì)伍，努力為廣大用戶提供***的產(chǎn)品。以滿足顧客要求為己任；以顧客永遠(yuǎn)滿意為標(biāo)準(zhǔn)；以保持行業(yè)優(yōu)先為目標(biāo)，提供***的單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序。烈冰生物自成立以來，一直堅(jiān)持走正規(guī)化、專業(yè)化路線，得到了廣大客戶及社會(huì)各界的普遍認(rèn)可與大力支持。