據(jù)不完全統(tǒng)計(jì),截至2022年6月,烈冰生物助力發(fā)表單細(xì)胞文章近40篇,從平臺應(yīng)用比例來看,應(yīng)用10X Genomics和BD Rhapsody兩大平臺發(fā)文比例各占50%左右,研究類型涵蓋疾病發(fā)展,靶點(diǎn)探索,免疫研究,神經(jīng)發(fā)育,干細(xì)胞分化,植物發(fā)育,退行病變,糖尿病,COVID-19等等研究;從發(fā)表期刊水平來看,烈冰生物聯(lián)合發(fā)表的單細(xì)胞文章,CNS一區(qū)期刊占比在30%以上,其中包括immunity三篇,Nature子刊3篇(Nature cell biology,Nature Plants,Nature communication),風(fēng)濕類領(lǐng)域ARD期刊1篇,CUT 1篇,Advanced Science多篇,IF大于10分以上文章占比高達(dá)68.5%,烈冰專屬單細(xì)胞測序服務(wù)團(tuán)隊(duì),將與您攜手譜寫下一篇“高分”新文章。單細(xì)胞測序技術(shù)提供了單個細(xì)胞水平下的科學(xué)研究視角。杭州single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)測序
針對單細(xì)胞測序的細(xì)胞上樣數(shù),為什么不建議捕獲到的細(xì)胞數(shù)量越高越好?一味地追求高數(shù)量的細(xì)胞捕獲可能會存在一些問題。例如在上機(jī)細(xì)胞懸液濃度固定時,如果目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000,上樣細(xì)胞懸液體積勢必增加,在細(xì)胞懸液質(zhì)量不是很理想(細(xì)胞活性<90%、碎片率>5%、結(jié)團(tuán)率均>5%)的情況下,引入的背景信號會增加,分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括:cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低。當(dāng)cell和non-cell無法有效區(qū)分時,會使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果!當(dāng)目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)很大時,多細(xì)胞率會增加,數(shù)據(jù)分析時,此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測數(shù)和UMI檢測數(shù)是正常cell的N倍(N是一個GEM包裹的細(xì)胞數(shù)),導(dǎo)致所有細(xì)胞的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)(單個細(xì)胞基因檢測中位數(shù)、單個細(xì)胞UMI檢測中位數(shù))虛高。此部分“cell”雖然可以通過設(shè)置數(shù)據(jù)分析閾值進(jìn)行過濾,但是容易會有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測細(xì)胞的人為去除!杭州BD單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺烈冰對于一個細(xì)胞群體中的每個細(xì)胞單獨(dú)進(jìn)行建庫測序分析。
單細(xì)胞獲得困難,不同組織要求不盡相同難以搞定? 烈冰2000+項(xiàng)目消化經(jīng)驗(yàn),100+組織類型解離protocol,精心設(shè)計(jì)不同組織實(shí)驗(yàn)的解離、細(xì)胞懸浮實(shí)驗(yàn)體系,確保單細(xì)胞的獲得。 凍存樣本無法實(shí)驗(yàn),珍貴樣本無法使用? 烈冰采用國際認(rèn)可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細(xì)胞過濾技術(shù),確保凍存組織使用。 珍貴樣本,細(xì)胞數(shù)量太少,消化背景雜無法做單細(xì)胞? 采用國際認(rèn)可的10X Genomics,BD Rhapsody雙平臺模式,根據(jù)樣本實(shí)際情況和用戶需求提供客觀有效的實(shí)驗(yàn)方案,細(xì)胞量少,背景雜也能做單細(xì)胞。 單細(xì)胞RNA分類精度不足,部分細(xì)胞無法細(xì)分? 烈冰同時采用單細(xì)胞蛋白質(zhì)組與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),真正做到從上游到下游的全流程檢測,確保超高的細(xì)胞分類精度。
單細(xì)胞測序結(jié)果動輒上百G數(shù)據(jù)量,龐大的數(shù)據(jù)對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,首先針對下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié):單細(xì)胞測序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列,不可避免的會出現(xiàn)低質(zhì)量的測序結(jié)果,存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質(zhì)量評估就會變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過測序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來表征,即堿基測序結(jié)果的錯誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性,為后續(xù)細(xì)胞類型鑒定和功能分析打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。從樣本處理到終端數(shù)據(jù)分析,只要您需要,烈冰提供全流程的無憂服務(wù)。
烈冰與國內(nèi)高校、研究所、醫(yī)院和藥企單位開展深度合作,服務(wù)于600+臨床與研究機(jī)構(gòu),1000+客戶和5000+重要科研項(xiàng)目,助力并聯(lián)合發(fā)表300+篇CNS等國際學(xué)術(shù)期刊(不完全統(tǒng)計(jì)),在單細(xì)胞領(lǐng)域,烈冰助力用戶發(fā)表單細(xì)胞文獻(xiàn)30+篇,總IF>300+,IF>10+以上文章占比65%以上,包含Immunity、Nature Cell Biology、Nature Plants 、Advanced Science等生物領(lǐng)域國際主流學(xué)術(shù)期刊,已發(fā)表文章研究領(lǐng)域涵蓋包括COVID-19研究、疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移機(jī)制,免疫研究、腦神經(jīng)、白血病、胚胎發(fā)育、糖尿病、退行性疾病和植物領(lǐng)域研究等。單細(xì)胞測序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)用推廣,為從多維度揭示疾病發(fā)展提供了強(qiáng)有力的工具。無錫BD單細(xì)胞測序
搭配BD FACSMelody流式分選儀,全線搭建BD Rahpsody單細(xì)胞測序平臺。杭州single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)測序
烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程!此外,烈冰生信團(tuán)隊(duì)根據(jù)豐富的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)為用戶量身打造了一款單細(xì)胞測序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器(Single Cell Browser),不但可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化,還是可以實(shí)現(xiàn)三維立體化展示的軟件。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,專業(yè)的生物學(xué)意義交給專業(yè)的您,詳情請咨詢烈冰生物。杭州single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)測序
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司位于江月路999號奇亞特中心22幢,交通便利,環(huán)境優(yōu)美,是一家服務(wù)型企業(yè)。公司致力于為客戶提供安全、質(zhì)量有保證的良好產(chǎn)品及服務(wù),是一家有限責(zé)任公司(自然)企業(yè)。公司擁有專業(yè)的技術(shù)團(tuán)隊(duì),具有單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序等多項(xiàng)業(yè)務(wù)。烈冰生物將以真誠的服務(wù)、創(chuàng)新的理念、***的產(chǎn)品,為彼此贏得全新的未來!