上海single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-07-13

樣本制備后的保存 為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化,在對(duì)細(xì)胞進(jìn)行清洗和計(jì)數(shù)后,單細(xì)胞懸液應(yīng)當(dāng)保存于冰上,直至用于后續(xù)的上機(jī)和文庫(kù)制備步驟。在理想狀況下,一旦制備好樣本,應(yīng)當(dāng)在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟。然而,您還有必要了解各類細(xì)胞的不同性質(zhì),因?yàn)檫@可能會(huì)影響細(xì)胞應(yīng)在冰上保存的時(shí)間,以及它們?cè)谥苽浜蠖嗑帽銘?yīng)當(dāng)被盡快使用。例如,有些細(xì)胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時(shí)間,它們就開始形成團(tuán)塊。這些團(tuán)塊很難解離,增加了堵塞的風(fēng)險(xiǎn),而且每個(gè)團(tuán)塊被當(dāng)成單細(xì)胞計(jì)數(shù),又降低了細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性。此外,有些細(xì)胞更加粘稠,形成團(tuán)塊的速度更快。對(duì)于這些細(xì)胞,必須盡量減少制備和使用之間的時(shí)間差。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)提供了單個(gè)細(xì)胞水平下的科學(xué)研究視角。上海single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序

作為單細(xì)胞測(cè)序的又一個(gè)重要里程碑,BD Rhapsody單細(xì)胞捕獲平臺(tái)整合了儀器、試劑盒和基礎(chǔ)信息學(xué)軟件,能精確對(duì)接illumina測(cè)序儀,因此可實(shí)現(xiàn)大量大細(xì)胞的快速高效標(biāo)記、測(cè)序和分析,獲得單細(xì)胞水平的基因表達(dá)譜和差異情況,并通過(guò)對(duì)復(fù)雜細(xì)胞群體進(jìn)行深入細(xì)致分析,繪制大規(guī)模單細(xì)胞表達(dá)圖譜。 以量化細(xì)胞內(nèi)的群體異質(zhì)性,并逐個(gè)鑒定細(xì)胞類型、細(xì)胞狀態(tài)和動(dòng)態(tài)細(xì)胞躍遷。除了有望鑒定新的細(xì)胞亞型和稀有細(xì)胞群體,單細(xì)胞技術(shù)還能更好地了解轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)和基因調(diào)控關(guān)系。single cell RNA單細(xì)胞烈冰科技成立10余年,為科研學(xué)者提供專注的測(cè)序數(shù)據(jù)分析服務(wù)。

單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果動(dòng)輒上百G數(shù)據(jù)量,龐大的數(shù)據(jù)對(duì)于分析平臺(tái)和分析能力有著很高的要求,首先針對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié):?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列,不可避免的會(huì)出現(xiàn)低質(zhì)量的測(cè)序結(jié)果,存在各種情況的序列污染。因此序列過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估就會(huì)變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過(guò)測(cè)序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來(lái)表征,即堿基測(cè)序結(jié)果的錯(cuò)誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測(cè)序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性,為后續(xù)細(xì)胞類型鑒定和功能分析打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。

烈冰生物單細(xì)胞測(cè)序服務(wù),為您提供可視化質(zhì)控系統(tǒng),保證每次實(shí)驗(yàn)的可靠性:BD Rhapsody 掃描儀具有直接成像功能,可在工作流程的不同階段進(jìn)行質(zhì)量控制,如細(xì)胞捕獲率和細(xì)胞多態(tài)率(雙細(xì)胞率)。成像儀指標(biāo)可以確認(rèn)起始細(xì)胞樣本的質(zhì)量,并確認(rèn)微孔板工作流程中每個(gè)步驟的成功完成狀態(tài) ;在細(xì)胞裂解前的步驟中評(píng)估細(xì)胞活性;并對(duì)通過(guò)測(cè)序確定的細(xì)胞回收量進(jìn)行可靠估算。利用這些信息,在進(jìn)行高成本的下游測(cè)序之前,用戶可根據(jù)需要改變方向并解決實(shí)驗(yàn)中遇到的問(wèn)題。這些指標(biāo)允許用戶對(duì)不同工作日間的或者不同研究中心間的工作流程性能進(jìn)行跟蹤。烈冰BD Rahpsody單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái),助力您的深入科學(xué)探究。

根據(jù)烈冰多年單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)經(jīng)驗(yàn),為什么不建議您一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲:?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行,而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,通過(guò)降維(pca),無(wú)監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時(shí)需要考慮到每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個(gè)細(xì)胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會(huì)出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過(guò)多時(shí),無(wú)論是假陰性和假陽(yáng)性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),都會(huì)對(duì)正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個(gè)時(shí),數(shù)據(jù)量在100G左右時(shí),可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。從樣本處理到終端數(shù)據(jù)分析,只要您需要,烈冰提供全流程的無(wú)憂服務(wù)。珠海BD VDJ單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

附加流式分選細(xì)胞表面Marker,對(duì)于較低分辨率的標(biāo)志物也能有效鑒定,助力高要求測(cè)序項(xiàng)目。上海single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序

烈冰生物BD Rhapsody單細(xì)胞分析系統(tǒng),可平行分析成千上萬(wàn)個(gè)單細(xì)胞內(nèi)數(shù)千個(gè)基因的表達(dá)水平,單細(xì)胞RNA-seq正在改變我們對(duì)細(xì)胞的理解。而烈冰作為多平臺(tái)的技術(shù)服務(wù)提供商,基于BD 在生物學(xué)領(lǐng)域40年的專業(yè)技術(shù),滿足您的實(shí)驗(yàn)需求,在單細(xì)胞水平理解細(xì)胞形態(tài)和功能。BD單細(xì)胞測(cè)序分析系統(tǒng)克服了傳統(tǒng)檢測(cè)的局限性,如微陣列和大量細(xì)胞RNA-seq,這些技術(shù)檢測(cè)通過(guò)實(shí)現(xiàn)對(duì)各個(gè)細(xì)胞之間的微妙差異的觀察,依賴于對(duì)多個(gè)細(xì)胞的平行檢測(cè)。用戶可以鑒定和表征新型和罕見細(xì)胞類型,其進(jìn)一步幫助理解從免疫學(xué)到疾病發(fā)展的多個(gè)領(lǐng)域內(nèi)的生物學(xué)過(guò)程。上海single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序

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