基因和基因產(chǎn)物并不是單獨運(yùn)作的，而是參與了相互關(guān)聯(lián)的復(fù)雜通路、網(wǎng)絡(luò)和分子系統(tǒng)，這些合在一起實現(xiàn)了細(xì)胞、組織和生物體的運(yùn)作。定義這些系統(tǒng)并確定它們的特征和相互作用，對于了解生物系統(tǒng)如何運(yùn)作至關(guān)重要?！睘榱送苿涌茖W(xué)發(fā)現(xiàn)，科學(xué)家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛在生物復(fù)雜性的研究工具。對于越來越多的研究人員來說，單細(xì)胞RNA測序和單細(xì)胞多組學(xué)——即在單細(xì)胞分辨率下對基因表達(dá)及其他基于DNA、RNA或蛋白質(zhì)的分析物進(jìn)行定量分析的基因組方法——在幫助解決他們面臨的生物學(xué)問題上已證實是行之有效的。烈冰專注單細(xì)胞多組學(xué)測序領(lǐng)域。江蘇BD單細(xì)胞服務(wù)機(jī)構(gòu)
樣本制備后的保存 為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化，在對細(xì)胞進(jìn)行清洗和計數(shù)后，單細(xì)胞懸液應(yīng)當(dāng)保存于冰上，直至用于后續(xù)的上機(jī)和文庫制備步驟。在理想狀況下，一旦制備好樣本，應(yīng)當(dāng)在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟。然而，您還有必要了解各類細(xì)胞的不同性質(zhì)，因為這可能會影響細(xì)胞應(yīng)在冰上保存的時間，以及它們在制備后多久便應(yīng)當(dāng)被盡快使用。例如，有些細(xì)胞（如PBMC）如果在冰上放置一段時間，它們就開始形成團(tuán)塊。這些團(tuán)塊很難解離，增加了堵塞的風(fēng)險，而且每個團(tuán)塊被當(dāng)成單細(xì)胞計數(shù)，又降低了細(xì)胞計數(shù)的準(zhǔn)確性。此外，有些細(xì)胞更加粘稠，形成團(tuán)塊的速度更快。對于這些細(xì)胞，必須盡量減少制備和使用之間的時間差。蘇州BD Rhapsody單細(xì)胞平臺豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗，烈冰配套全程個性化、定制化地數(shù)據(jù)分析服務(wù)。
單細(xì)胞測序?qū)嶒炘贅颖炯?xì)胞上機(jī)分選簽，需要對細(xì)胞數(shù)量、細(xì)胞活性進(jìn)準(zhǔn)判斷，這對Single Cell分選標(biāo)記、建庫、下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用。如若細(xì)胞計數(shù)偏高，將會影響建庫的成功率；計數(shù)偏低，則會提高雙細(xì)胞的比例；而細(xì)胞活率過低，就會使測序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣，因此把好單細(xì)胞懸液質(zhì)量這一關(guān)尤為重要。而在鋪板過程中，由于不同操作人員手法具有不可避免的差異，不同的液體流速將直接影響單細(xì)胞的入孔效果。因此烈冰生物BD Rhapsody單細(xì)胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器，其具有Prime Treat、Cell Load、Bead Load、Wash、Lysis、Retrieval多種操作模式，來對應(yīng)各種不同的操作。通過已經(jīng)設(shè)定的程序來控制液體的流速，大幅度降低人為操作習(xí)慣帶來的差異，保證實驗操作的一致性。
您的珍貴樣本，還可以放心依賴烈冰生物BD Rhapsody單細(xì)胞捕獲系統(tǒng)，BD RhapsodyTM單細(xì)胞捕獲系統(tǒng)采用微孔技術(shù)，對細(xì)胞的捕獲沒有偏好性，實現(xiàn)高達(dá)80%的微孔板捕獲率，由于單個微孔板中容納了22萬+個微孔，而現(xiàn)階段單細(xì)胞測序?qū)嶒灱夹g(shù)通常要求單個樣本捕獲3000-5000，至高達(dá)10000個細(xì)胞，即可滿足科研探索需求，因此這種“泊松分布”的原理類似于上樣細(xì)胞的無限稀釋過程，但22萬+微孔的存在，也對大體量細(xì)胞數(shù)目的科學(xué)研究有很好的包容性，細(xì)胞通量分為可擴(kuò)展至100-40000個細(xì)胞的捕獲（單個微孔板），滿足您的多重需求。對于消化背景雜，樣本初始數(shù)量少，關(guān)注粒細(xì)胞的項目，推薦您使用烈冰BD 單細(xì)胞測序平臺。
針對單細(xì)胞測序的細(xì)胞上樣數(shù)，為什么不建議捕獲到的細(xì)胞數(shù)量越高越好？一味地追求高數(shù)量的細(xì)胞捕獲可能會存在一些問題。例如在上機(jī)細(xì)胞懸液濃度固定時，如果目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000，上樣細(xì)胞懸液體積勢必增加，在細(xì)胞懸液質(zhì)量不是很理想（細(xì)胞活性<90%、碎片率>5%、結(jié)團(tuán)率均>5%）的情況下，引入的背景信號會增加，分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括：cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低。當(dāng)cell和non-cell無法有效區(qū)分時，會使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果！當(dāng)目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)很大時，多細(xì)胞率會增加，數(shù)據(jù)分析時，此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測數(shù)和UMI檢測數(shù)是正常cell的N倍（N是一個GEM包裹的細(xì)胞數(shù)），導(dǎo)致所有細(xì)胞的統(tǒng)計數(shù)據(jù)（單個細(xì)胞基因檢測中位數(shù)、單個細(xì)胞UMI檢測中位數(shù)）虛高。此部分“cell”雖然可以通過設(shè)置數(shù)據(jù)分析閾值進(jìn)行過濾，但是容易會有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測細(xì)胞的人為去除！單細(xì)胞多組學(xué)測序可識別重要的轉(zhuǎn)錄因子，進(jìn)行譜系和發(fā)育追蹤。廣州單細(xì)胞平臺
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科研的魅力之處，在于無窮盡的探尋生命的本底，通過單細(xì)胞測序，我們對組織的分子基礎(chǔ)的研究也從初級到深層，并在單細(xì)胞層面逐漸達(dá)成一致，那么不禁要問一句，組織的空間位置到底重不重要？空間異質(zhì)性是功能的關(guān)鍵特征，細(xì)胞的位置信息更能反應(yīng)細(xì)胞命運(yùn)調(diào)控機(jī)制和細(xì)胞譜系發(fā)生過程。因此時間和空間即像組織的AB面，而不可否認(rèn)的是，此時空間坐標(biāo)的記錄，像一個還未長大的娃娃，雖未觸及分子基礎(chǔ)研究的深層，但仍在努力攀登探尋生命本底的下一個高峰。江蘇BD單細(xì)胞服務(wù)機(jī)構(gòu)
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