針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞上樣數(shù)，為什么不建議捕獲到的細(xì)胞數(shù)量越高越好？一味地追求高數(shù)量的細(xì)胞捕獲可能會(huì)存在一些問(wèn)題。例如在上機(jī)細(xì)胞懸液濃度固定時(shí)，如果目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000，上樣細(xì)胞懸液體積勢(shì)必增加，在細(xì)胞懸液質(zhì)量不是很理想（細(xì)胞活性<90%、碎片率>5%、結(jié)團(tuán)率均>5%）的情況下，引入的背景信號(hào)會(huì)增加，分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括：cell、non-cell無(wú)法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低。當(dāng)cell和non-cell無(wú)法有效區(qū)分時(shí)，會(huì)使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽(yáng)性和假陰性結(jié)果！當(dāng)目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)很大時(shí)，多細(xì)胞率會(huì)增加，數(shù)據(jù)分析時(shí)，此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測(cè)數(shù)和UMI檢測(cè)數(shù)是正常cell的N倍（N是一個(gè)GEM包裹的細(xì)胞數(shù)），導(dǎo)致所有細(xì)胞的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)（單個(gè)細(xì)胞基因檢測(cè)中位數(shù)、單個(gè)細(xì)胞UMI檢測(cè)中位數(shù)）虛高。此部分“cell”雖然可以通過(guò)設(shè)置數(shù)據(jù)分析閾值進(jìn)行過(guò)濾，但是容易會(huì)有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測(cè)細(xì)胞的人為去除！助力探索生命時(shí)空多維度的動(dòng)態(tài)變化的生物學(xué)信息；助力醫(yī)療健康時(shí)代！杭州single cell RNA單細(xì)胞平臺(tái)
針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析時(shí)的reads數(shù)、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過(guò)程中：以捕獲5000個(gè)細(xì)胞、100G的測(cè)序量為標(biāo)準(zhǔn)，每個(gè)細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右；每個(gè)細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類型，例如成熟的B，T，粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中，由于該類型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少，導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等，他們的基因表達(dá)數(shù)較高，甚至可以超過(guò)1W，這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此，我們對(duì)細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時(shí)，需要考察實(shí)際組織的細(xì)胞組成。北京single cell 單細(xì)胞測(cè)序烈冰測(cè)序服務(wù)已助力300余篇國(guó)際期刊研究文章發(fā)表。
單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)再樣本細(xì)胞上機(jī)分選簽，需要對(duì)細(xì)胞數(shù)量、細(xì)胞活性進(jìn)準(zhǔn)判斷，這對(duì)Single Cell分選標(biāo)記、建庫(kù)、下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用。如若細(xì)胞計(jì)數(shù)偏高，將會(huì)影響建庫(kù)的成功率；計(jì)數(shù)偏低，則會(huì)提高雙細(xì)胞的比例；而細(xì)胞活率過(guò)低，就會(huì)使測(cè)序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣，因此把好單細(xì)胞懸液質(zhì)量這一關(guān)尤為重要。而在鋪板過(guò)程中，由于不同操作人員手法具有不可避免的差異，不同的液體流速將直接影響單細(xì)胞的入孔效果。因此烈冰生物BD Rhapsody單細(xì)胞分選平臺(tái)配套了專門定制的電動(dòng)移液器，其具有Prime Treat、Cell Load、Bead Load、Wash、Lysis、Retrieval多種操作模式，來(lái)對(duì)應(yīng)各種不同的操作。通過(guò)已經(jīng)設(shè)定的程序來(lái)控制液體的流速，大幅度降低人為操作習(xí)慣帶來(lái)的差異，保證實(shí)驗(yàn)操作的一致性。
烈冰生信團(tuán)隊(duì)傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺(tái)，針對(duì)龐大的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)，能夠?qū)崿F(xiàn)細(xì)胞類型鑒定的快、精、準(zhǔn)：一鍵導(dǎo)入gene list構(gòu)建個(gè)性化基因列表；輕松一點(diǎn)即可展示Marker基因的Feature plot；任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細(xì)胞類型；一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖：輕松獲得并下載基因表達(dá)的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖，還可以通過(guò)調(diào)節(jié)寬、高和系數(shù)比例來(lái)調(diào)節(jié)美觀。平臺(tái)上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板，幫助烈冰生信分析團(tuán)隊(duì)和自主分析用戶實(shí)現(xiàn)分析工具和模板的快速調(diào)用和一站式全流程自動(dòng)化分析，節(jié)省工作時(shí)間并提升整體工作效率。烈冰生物為您提供一站式全流程高通量BD 單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)。
什么時(shí)候要用到去死細(xì)胞的操作呢？跟進(jìn)烈冰生物多年單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)經(jīng)驗(yàn)來(lái)看，當(dāng)細(xì)胞懸液進(jìn)行質(zhì)量和活性檢測(cè)后，考慮對(duì)細(xì)胞活性在50%-70%的懸液進(jìn)行去除死細(xì)胞的操作。而太低活性的懸液（小于30%），懸液中細(xì)胞大量死亡，可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細(xì)胞比例和狀態(tài)，失真嚴(yán)重，建議重新收集樣本進(jìn)行新的實(shí)驗(yàn)，保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性。但需要注意到，去除死細(xì)胞的操作會(huì)損失一定的細(xì)胞數(shù)量，因此希望您在提供樣本時(shí)，盡可能提供足量的細(xì)胞，以備實(shí)驗(yàn)過(guò)程中可能存在的細(xì)胞死亡的問(wèn)題，BD Rhapsody單細(xì)胞捕獲平臺(tái)對(duì)樣本起始細(xì)胞量的要求較低，一般提供10萬(wàn)個(gè)細(xì)胞以上均可滿足需求，特殊樣本可詳細(xì)咨詢烈冰生物。個(gè)性化制定測(cè)序項(xiàng)目方面，滿足從檢測(cè)基因到蛋白的多組學(xué)測(cè)序要求。深圳單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)公司
高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次突破性的改變，一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條核酸序列進(jìn)行測(cè)定。杭州single cell RNA單細(xì)胞平臺(tái)
烈冰與國(guó)內(nèi)高校、研究所、醫(yī)院和藥企單位開(kāi)展深度合作，服務(wù)于600+臨床與研究機(jī)構(gòu)，1000+客戶和5000+重要科研項(xiàng)目，助力并聯(lián)合發(fā)表300+篇CNS等國(guó)際學(xué)術(shù)期刊（不完全統(tǒng)計(jì)），在單細(xì)胞領(lǐng)域，烈冰助力用戶發(fā)表單細(xì)胞文獻(xiàn)30+篇，總IF＞300+，IF＞10+以上文章占比65%以上，包含Immunity、Nature Cell Biology、Nature Plants 、Advanced Science等生物領(lǐng)域國(guó)際主流學(xué)術(shù)期刊，已發(fā)表文章研究領(lǐng)域涵蓋包括COVID-19研究、疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移機(jī)制，免疫研究、腦神經(jīng)、白血病、胚胎發(fā)育、糖尿病、退行性疾病和植物領(lǐng)域研究等。杭州single cell RNA單細(xì)胞平臺(tái)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢，市場(chǎng)營(yíng)銷策劃，市場(chǎng)信息咨詢與調(diào)查（不得從事社會(huì)調(diào)查、社會(huì)調(diào)研、民意調(diào)查、民意測(cè)驗(yàn)），從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù)，計(jì)算機(jī)、軟件及耗材（除?？兀?，軟件開(kāi)發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】的公司，是一家集研發(fā)、設(shè)計(jì)、生產(chǎn)和銷售為一體的專業(yè)化公司。烈冰生物作為生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢，市場(chǎng)營(yíng)銷策劃，市場(chǎng)信息咨詢與調(diào)查（不得從事社會(huì)調(diào)查、社會(huì)調(diào)研、民意調(diào)查、民意測(cè)驗(yàn)），從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù)，計(jì)算機(jī)、軟件及耗材（除?？兀?，軟件開(kāi)發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】的企業(yè)之一，為客戶提供良好的單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序。烈冰生物不斷開(kāi)拓創(chuàng)新，追求出色，以技術(shù)為先導(dǎo)，以產(chǎn)品為平臺(tái)，以應(yīng)用為重點(diǎn)，以服務(wù)為保證，不斷為客戶創(chuàng)造更高價(jià)值，提供更優(yōu)服務(wù)。烈冰生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康市場(chǎng)，以敏銳的市場(chǎng)洞察力，實(shí)現(xiàn)與客戶的成長(zhǎng)共贏。