機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激，其細(xì)胞會(huì)從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”；當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí)，往往會(huì)經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組，導(dǎo)致一些基因被沉默，一些基因被重新“喚醒”，但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的；scRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們?cè)诓恍枰兓那闆r下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時(shí)序分析，即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況，構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育，但這里的時(shí)間并不是真時(shí)間，而是一個(gè)虛擬的時(shí)間，是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個(gè)樣本中，也會(huì)存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此，不論測(cè)定了多少樣本，我們都可以采用擬時(shí)序分析對(duì)樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。全線搭建BD Rahpsody單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)。上海BD Rhapsody單細(xì)胞服務(wù)機(jī)構(gòu)
基因和基因產(chǎn)物并不是單獨(dú)運(yùn)作的，而是參與了相互關(guān)聯(lián)的復(fù)雜通路、網(wǎng)絡(luò)和分子系統(tǒng)，這些合在一起實(shí)現(xiàn)了細(xì)胞、組織和生物體的運(yùn)作。定義這些系統(tǒng)并確定它們的特征和相互作用，對(duì)于了解生物系統(tǒng)如何運(yùn)作至關(guān)重要?！睘榱送苿?dòng)科學(xué)發(fā)現(xiàn)，科學(xué)家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛在生物復(fù)雜性的研究工具。對(duì)于越來(lái)越多的研究人員來(lái)說(shuō)，單細(xì)胞RNA測(cè)序和單細(xì)胞多組學(xué)——即在單細(xì)胞分辨率下對(duì)基因表達(dá)及其他基于DNA、RNA或蛋白質(zhì)的分析物進(jìn)行定量分析的基因組方法——在幫助解決他們面臨的生物學(xué)問(wèn)題上已證實(shí)是行之有效的。陜西BD VDJ單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)深度的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)解讀助力醫(yī)療健康大時(shí)代。
關(guān)于BD Rhapsody單細(xì)胞平臺(tái)的樣本類(lèi)型和樣本制備 ：在上機(jī)前需要注意細(xì)胞消化后的細(xì)胞團(tuán)塊，獲得分離良好的細(xì)胞懸液、且細(xì)胞活力高（＞70%）；此外，了解您所研究細(xì)胞的大小范圍也很重要。細(xì)胞大小通常與細(xì)胞表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量有關(guān)。各種尺寸不同的細(xì)胞（一般直徑不大于50μm）均可與我們基因表達(dá)解決方案中使用的BD Rhapsody平臺(tái)兼容。一般來(lái)說(shuō)，細(xì)胞制備方案將根據(jù)組織來(lái)源和細(xì)胞類(lèi)型而變化。每種組織類(lèi)型都是獨(dú)特的，因此，必須在開(kāi)始任何單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)之前優(yōu)化樣本制備，烈冰多年樣本解離消化經(jīng)驗(yàn)，累積10+物種、50+組織的消化protocol，若您的樣本為組織，且尚未成功將組織樣本消化成單細(xì)胞懸液，烈冰將盡可能提供技術(shù)及實(shí)驗(yàn)上的幫助。
烈冰科技作為國(guó)內(nèi)率先同時(shí)擁有10X Genomics和BD Rhapsody雙分選平臺(tái)的測(cè)序服務(wù)商及云計(jì)算服務(wù)供應(yīng)商，經(jīng)過(guò)多年實(shí)戰(zhàn)，擁有豐富的單細(xì)胞懸液制備和分選經(jīng)驗(yàn)，實(shí)測(cè)BD Rhapsody對(duì)能夠高效捕獲粒細(xì)胞。針對(duì)不同的分選平臺(tái)、建庫(kù)方法，實(shí)戰(zhàn)總結(jié)搭建出不同的數(shù)據(jù)預(yù)處理工作流程；烈冰科技NovelBrain?生物大數(shù)據(jù)平臺(tái)能有效支撐生命科學(xué)研究、醫(yī)療健康等領(lǐng)域?qū)Υ髷?shù)據(jù)分析的需求。高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)平臺(tái)，包括NovaSeq 6000、10X Chromium X、BD FACSMelody、PANNORAMIC數(shù)字切片掃描儀等，配合一支來(lái)自海內(nèi)外名校、多學(xué)科交叉型的高素質(zhì)綜合團(tuán)隊(duì)，為您的科學(xué)研究保駕護(hù)航。十二年測(cè)序經(jīng)驗(yàn)，烈冰生物單細(xì)胞多組學(xué)領(lǐng)域的佼佼者。
針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析時(shí)的reads數(shù)、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過(guò)程中：以捕獲5000個(gè)細(xì)胞、100G的測(cè)序量為標(biāo)準(zhǔn)，每個(gè)細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右；每個(gè)細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類(lèi)型，例如成熟的B，T，粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中，由于該類(lèi)型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少，導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等，他們的基因表達(dá)數(shù)較高，甚至可以超過(guò)1W，這就導(dǎo)致該類(lèi)樣本基因中位數(shù)非常高。因此，我們對(duì)細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時(shí)，需要考察實(shí)際組織的細(xì)胞組成。搭配BD FACSMelody流式分選儀，全線搭建BD Rahpsody單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)。廣州BD單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)服務(wù)
單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)，烈冰提供高性價(jià)比服務(wù)方案。上海BD Rhapsody單細(xì)胞服務(wù)機(jī)構(gòu)
針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié)：主要是對(duì)細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、測(cè)序質(zhì)量進(jìn)行整體描述。過(guò)濾標(biāo)準(zhǔn)：由于細(xì)胞破碎后游離RNA會(huì)釋放到環(huán)境或孔中，并且測(cè)序中也會(huì)存在一些死細(xì)胞，導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此，我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來(lái)過(guò)濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞。以10× Genomics為例，細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過(guò)分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點(diǎn)，當(dāng)存在多個(gè)斜率拐點(diǎn)的時(shí)候，結(jié)合預(yù)期UMI=500時(shí)的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過(guò)濾。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時(shí)候，選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn)；否則，選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。上海BD Rhapsody單細(xì)胞服務(wù)機(jī)構(gòu)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司位于江月路999號(hào)奇亞特中心22幢。公司業(yè)務(wù)涵蓋單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序等，價(jià)格合理，品質(zhì)有保證。公司將不斷增強(qiáng)企業(yè)重點(diǎn)競(jìng)爭(zhēng)力，努力學(xué)習(xí)行業(yè)知識(shí)，遵守行業(yè)規(guī)范，植根于醫(yī)藥健康行業(yè)的發(fā)展。烈冰生物立足于全國(guó)市場(chǎng)，依托強(qiáng)大的研發(fā)實(shí)力，融合前沿的技術(shù)理念，飛快響應(yīng)客戶的變化需求。