單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果動(dòng)輒上百G數(shù)據(jù)量，龐大的數(shù)據(jù)對(duì)于分析平臺(tái)和分析能力有著很高的要求，首先針對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié)：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列，不可避免的會(huì)出現(xiàn)低質(zhì)量的測(cè)序結(jié)果，存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質(zhì)量評(píng)估就會(huì)變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過測(cè)序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來表征，即堿基測(cè)序結(jié)果的錯(cuò)誤率在1%/0.1%以下的比例。理想的測(cè)序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性，為后續(xù)細(xì)胞類型鑒定和功能分析打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。單細(xì)胞測(cè)序是高通量測(cè)序下的又一重大技術(shù)突破。溫州單細(xì)胞測(cè)序商業(yè)化服務(wù)
樣本制備后的保存為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化，在對(duì)細(xì)胞進(jìn)行清洗和計(jì)數(shù)后，單細(xì)胞懸液應(yīng)當(dāng)保存于冰上，直至用于后續(xù)的上機(jī)和文庫(kù)制備步驟。在理想狀況下，一旦制備好樣本，應(yīng)當(dāng)在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟。然而，您還有必要了解各類細(xì)胞的不同性質(zhì)，因?yàn)檫@可能會(huì)影響細(xì)胞應(yīng)在冰上保存的時(shí)間，以及它們?cè)谥苽浜蠖嗑帽銘?yīng)當(dāng)被盡快使用。例如，有些細(xì)胞（如PBMC）如果在冰上放置一段時(shí)間，它們就開始形成團(tuán)塊。這些團(tuán)塊很難解離，增加了堵塞的風(fēng)險(xiǎn)，而且每個(gè)團(tuán)塊被當(dāng)成單細(xì)胞計(jì)數(shù)，又降低了細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性。此外，有些細(xì)胞更加粘稠，形成團(tuán)塊的速度更快。對(duì)于這些細(xì)胞，必須盡量減少制備和使用之間的時(shí)間差濟(jì)南單細(xì)胞測(cè)序價(jià)格高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次突破性的改變，一次對(duì)幾十萬到幾百萬條核酸序列進(jìn)行測(cè)定。
二代測(cè)序技術(shù)在測(cè)序方法上取得了重大突破，基于“邊合成邊測(cè)序”（sequencingbysynthesis）和大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù)（massiveparallelanalysis,MPS），使測(cè)序通量和讀取速度得到極大提升，例如IlluminaSolexa測(cè)序儀。Illumina的測(cè)序原理可以簡(jiǎn)化為四步：樣品文庫(kù)構(gòu)建、簇生成、測(cè)序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長(zhǎng)限制，樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段，并在3和5端接上3種序列：1）Index，用于區(qū)分樣品來源；2）Adapter，用于結(jié)合測(cè)序通道上的位點(diǎn)；3）Primerbindingsite，用于結(jié)合PCR引物啟動(dòng)擴(kuò)增反應(yīng)。
烈冰生信團(tuán)隊(duì)傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺(tái)，針對(duì)龐大的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)，能夠?qū)崿F(xiàn)細(xì)胞類型鑒定的快、精、準(zhǔn)：一鍵導(dǎo)入genelist構(gòu)建個(gè)性化基因列表；輕松一點(diǎn)即可展示Marker基因的Featureplot；任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細(xì)胞類型；一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖：輕松獲得并下載基因表達(dá)的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖，還可以通過調(diào)節(jié)寬、高和系數(shù)比例來調(diào)節(jié)美觀。平臺(tái)上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板，幫助烈冰生信分析團(tuán)隊(duì)和自主分析用戶實(shí)現(xiàn)分析工具和模板的快速調(diào)用和一站式全流程自動(dòng)化分析，節(jié)省工作時(shí)間并提升整體工作效率截至2021年10月，烈冰助力發(fā)表單細(xì)胞測(cè)序文章近20篇。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是在單細(xì)胞水平上高通量測(cè)序分析基因表達(dá)譜的技術(shù)，突破傳統(tǒng)高通量測(cè)序的局限性，組織解離后，單個(gè)樣本一次上機(jī)能捕獲500-20000個(gè)細(xì)胞，基于每個(gè)細(xì)胞分別建庫(kù)測(cè)序，獲得單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài)，并鑒定細(xì)胞的類型，可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進(jìn)行比較，反映細(xì)胞間的異質(zhì)性。而2021年橫空出世的10XGenomicsChromiumX平臺(tái)實(shí)現(xiàn)了單塊chip上的百萬級(jí)別通量的細(xì)胞捕獲，系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)16個(gè)通道同時(shí)運(yùn)行，每個(gè)通道可捕獲2000-20000個(gè)細(xì)胞（不混樣），并支持原ChromiumController體統(tǒng)外的多種細(xì)胞捕獲百萬級(jí)別通量實(shí)驗(yàn)，可準(zhǔn)確鑒別稀有細(xì)胞類型和適配大規(guī)模單細(xì)胞研究。烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測(cè)序服務(wù)。合肥二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序
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針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié)：主要是對(duì)細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、測(cè)序質(zhì)量進(jìn)行整體描述。過濾標(biāo)準(zhǔn)：由于細(xì)胞破碎后游離RNA會(huì)釋放到環(huán)境或孔中，并且測(cè)序中也會(huì)存在一些死細(xì)胞，導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此，我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來過濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞。以10×Genomics為例，細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過分析UMICounts-Barcode曲線斜率拐點(diǎn)，當(dāng)存在多個(gè)斜率拐點(diǎn)的時(shí)候，結(jié)合預(yù)期UMI=500時(shí)的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過濾。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時(shí)候，選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn)；否則，選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。溫州單細(xì)胞測(cè)序商業(yè)化服務(wù)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司致力于醫(yī)藥健康，是一家服務(wù)型的公司。公司業(yè)務(wù)分為單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序等，目前不斷進(jìn)行創(chuàng)新和服務(wù)改進(jìn)，為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù)。公司注重以質(zhì)量為中心，以服務(wù)為理念，秉持誠(chéng)信為本的理念，打造醫(yī)藥健康良好品牌。在社會(huì)各界的鼎力支持下，持續(xù)創(chuàng)新，不斷鑄造高質(zhì)量服務(wù)體驗(yàn)，為客戶成功提供堅(jiān)實(shí)有力的支持。