青島單細胞測序數(shù)據(jù)分析

來源: 發(fā)布時間:2022-08-04

單細胞多組學提升見解基于測序的數(shù)據(jù)能夠?qū)⒄蔑@其強大之處,因為它能夠了解同一單細胞的多種生物分析指標。如果說單細胞基因表達提供了一種顏色的詳細信息,那么單細胞多組學提供了同一細節(jié)的全彩色圖譜,為您帶來樣本的真實視圖。烈冰2021年強勢引進的10xGenomicsChromium單細胞平臺能夠從同一單細胞中讀取細胞復(fù)雜性的多組學特征。與傳統(tǒng)方法不同,單細胞多組學簡化了您需要開展的實驗,也節(jié)省了您需要分析的樣本,而能獲得相同的結(jié)果。這不但節(jié)省了寶貴的樣本,還保證了更高的生物學準確性,因為您不需要匹配拆分樣本的數(shù)據(jù)集并通過計算來推斷各個組學之間的關(guān)系。烈冰科技已建立了多種國際和國內(nèi)主流的高通量測序?qū)嶒炂脚_。青島單細胞測序數(shù)據(jù)分析

烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺,針對龐大的單細胞測序數(shù)據(jù),能夠?qū)崿F(xiàn)細胞類型鑒定的快、精、準:一鍵導(dǎo)入genelist構(gòu)建個性化基因列表;輕松一點即可展示Marker基因的Featureplot;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細胞類型;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖,還可以通過調(diào)節(jié)寬、高和系數(shù)比例來調(diào)節(jié)美觀。平臺上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,幫助烈冰生信分析團隊和自主分析用戶實現(xiàn)分析工具和模板的快速調(diào)用和一站式全流程自動化分析,節(jié)省工作時間并提升整體工作效率西安10X單細胞測序平臺烈冰單細胞測序,助力您的深入科學探究。

烈冰生物搭建近10臺10XGemomics平臺,目前為全國范圍內(nèi)的高校、醫(yī)院和研究所等單位的科研學者提供鼓舞,10X微流體“雙十字”交叉系統(tǒng)為8或16通道系統(tǒng),每個通道上限可捕獲20000細胞,16通道一次可檢測細胞范圍為百萬級別的細胞水平。此外,單個細胞捕獲效率高達65%,可準確鑒別稀有細胞類型,利于稀有樣本或小細胞量類型樣本研究;細胞可適性高,對細胞大?。ㄖ睆匠^40um細胞需要制備成細胞核)及類型無限制。細胞捕獲周期較短,能夠?qū)崿F(xiàn)自動分離,無需人工操作,1天內(nèi)可完成從細胞懸液到cDNA文庫構(gòu)建的所有的測序準備工作。

10XGenomics是一種基于drop的微流控技術(shù),液體在配套芯片中的微管道中流動,因此細胞直徑會受到芯片中微管道直徑的限制,微流體通道的直徑約為50~60um,因此捕獲細胞的直徑不能超過40um。當細胞直徑過大時,容易出現(xiàn)管道堵塞,造成GEM生成失敗,對于神經(jīng)科學研究和心血管疾病研究的老師而言,準備采用單細胞技術(shù)用于課題研究的時候,往往會遇到一個尷尬的問題,就是目標細胞,例如神經(jīng)元細胞、成熟心肌細胞由于體積過大,不適用于10X單細胞技術(shù)。其中神經(jīng)元細胞的直徑很大,直接超過了芯片中管道的直徑,雖然心肌細胞直徑低于50um,但是成熟心肌細胞的長度很長,有可能堵塞通道造成實驗失敗,這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細胞文章,主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了,主要還是因為未發(fā)育成熟的心肌細胞比較小,不會出現(xiàn)堵塞管道的風險。因此可以考慮組織解離后過40um濾網(wǎng),過濾掉大細胞,避免出現(xiàn)管道堵塞、實驗失敗的風險。此種方案的缺點是大細胞被過濾掉,丟失相關(guān)細胞數(shù)據(jù);另外組織解離獲得高質(zhì)量細胞懸液以后,繼續(xù)做細胞裂解抽細胞核,開展細胞核測序。具體可訪問烈冰官網(wǎng)給我們留言,烈小冰將安排專業(yè)技術(shù)為您詳細解答。截至2021年10月,烈冰助力發(fā)表單細胞測序文章近20篇。

10X Genomics單細胞轉(zhuǎn)錄組測序是利用單細胞水平上的高通量測序分析基因表達譜的技術(shù),也是目前國內(nèi)和國際上公認的單細胞測序大規(guī)模實驗平臺技術(shù),該平臺基于動態(tài)微流控原理,突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性,組織解離后,單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細胞, 基于每個細胞分別建庫測序,獲得單個細胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達狀態(tài),并鑒定細胞的類型,可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較,反映細胞間的異質(zhì)性,提供足夠靈活的定制測定法以滿足多種實驗需要,并有效縮短實驗是時間和降低測序成本。單細胞科聯(lián)合空間轉(zhuǎn)錄組,展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達情況,揭示精細病理區(qū)域中“喚醒”的信號通路。吉林單細胞測序多組學測序

烈冰專精單細胞多組學測序領(lǐng)域。青島單細胞測序數(shù)據(jù)分析

針對樣本活性的問題,10×Genomics官方建議當單細胞懸液活性低于70%時應(yīng)做去除死細胞操作,但也需要注意到,去除死細胞的操作會損失一定的細胞數(shù)量,10×Genomics和MiltenyiBiotec都沒有給出單細胞懸液含有多少細胞數(shù)量才建議做去除死細胞的操作?;诹冶嗄陠渭毎麥y序?qū)嶒灲?jīng)驗,建議當細胞懸液進行質(zhì)量和活性檢測后,考慮對細胞活性在50%-70%的懸液進行去除死細胞的操作。而太低活性的懸液(小于30%),懸液中細胞大量死亡,可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細胞比例和狀態(tài),失真嚴重,建議重新收集樣本進行新的實驗,保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實驗結(jié)果的準確性。青島單細胞測序數(shù)據(jù)分析

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司總部位于江月路999號奇亞特中心22幢,是一家生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗),從事貨物及技術(shù)的進出口業(yè)務(wù),計算機、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準的項目,經(jīng)相關(guān)部門批準后方可開展經(jīng)營活動】的公司。烈冰生物深耕行業(yè)多年,始終以客戶的需求為向?qū)?,為客戶提供高質(zhì)量的單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學測序。烈冰生物始終以本分踏實的精神和必勝的信念,影響并帶動團隊取得成功。烈冰生物始終關(guān)注自身,在風云變化的時代,對自身的建設(shè)毫不懈怠,高度的專注與執(zhí)著使烈冰生物在行業(yè)的從容而自信。