廈門單細胞測序

來源: 發(fā)布時間:2022-08-06

針對單細胞測序的細胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié):主要是對細胞數(shù)量、基因表達量、測序質(zhì)量進行整體描述。過濾標準:由于細胞破碎后游離RNA會釋放到環(huán)境或孔中,并且測序中也會存在一些死細胞,導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此,我們需要設(shè)定一定的標準來過濾掉假細胞或死細胞。以10×Genomics為例,細胞數(shù)量判斷主要通過分析UMICounts-Barcode曲線斜率拐點,當(dāng)存在多個斜率拐點的時候,結(jié)合預(yù)期UMI=500時的細胞數(shù)量進行過濾。當(dāng)斜率拐點低于UMI=500的時候,選擇UMI=500作為細胞的判斷的標準;否則,選擇和預(yù)期細胞數(shù)量接近的拐點作為細胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。十二年測序經(jīng)驗,烈冰生物單細胞多組學(xué)領(lǐng)域的佼佼者。廈門單細胞測序

10×Genomics單細胞方案要求使用具有較高活性的單細胞懸液。在實際實驗中,我們發(fā)現(xiàn)因為樣本類型和制備單細胞懸液方法的不同,容易出現(xiàn)單細胞懸液中死亡細胞的比例較高的情況。去除單細胞懸液中的死細胞和其他污染物對獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)是至關(guān)重要的。這是因為,死亡的細胞易裂解導(dǎo)致其中的RNA釋放出來。這種cell-freeRNA會導(dǎo)致檢測的背景噪聲,并會影響單細胞數(shù)據(jù)的質(zhì)量。因此當(dāng)樣本活性較差時,對細胞懸液中細胞活性檢測后,需要進行一般死細胞去除的工作(一般懸液活性小于70%時考慮此操作),以保證較高的上機捕獲細胞的質(zhì)量。廈門單細胞測序單細胞測序數(shù)據(jù)分析,認準烈冰NovelBrain生物信息數(shù)據(jù)分析平臺。

為什么需要單細胞分辨率?生物學(xué)就像宇宙一樣。它非常復(fù)雜,有許多獨特的單體,也就是細胞。這些細胞相互作用并扮演不同的角色,在更大的體系中構(gòu)建并驅(qū)動多個過程。就像伽利略探索宇宙的努力一樣,發(fā)現(xiàn)和定義這些細胞也需要高分辨率的工具,才能解開促成生物學(xué)復(fù)雜性的基因表達異質(zhì)性。單細胞測序能夠在以一個細胞為功能單位中開展生物學(xué)研究,闡明具體細節(jié),構(gòu)建出一幅更大、更精細的圖譜,說明導(dǎo)致產(chǎn)生某種外在表型的不同類型的分子和細胞之間是如何相互作用的:患者為什么會復(fù)發(fā)?是什么讓這種疫苗能夠有效防止傳染等等諸多問題。

細胞計數(shù)和活力評估在評估樣本質(zhì)量時,需要在細胞清洗和過濾之后測定細胞活力,這一點至關(guān)重要。測定細胞活力有許多種方法,烈冰多年單細胞測序經(jīng)驗發(fā)現(xiàn)臺盼藍法在鑒定活細胞與死細胞的比例時效果很好。細胞計數(shù)的準確性以及目標回收量和實際回收量之間的一致性,取決于我們了解樣本中有多少個細胞。一旦過濾和清洗完成,可采用細胞計數(shù)設(shè)備(如血球計數(shù)器或自動細胞計數(shù)儀)進行定量。這些設(shè)備不但能提供準確的細胞計數(shù),還能計算出向微流體芯片上樣適量細胞所需的細胞懸液體積。烈冰開展了單細胞轉(zhuǎn)錄組、單細胞多組學(xué)以及空間轉(zhuǎn)錄組等多種產(chǎn)品在內(nèi)的全套科研解決方案。

烈冰生物搭建近10臺10XGemomics平臺,目前為全國范圍內(nèi)的高校、醫(yī)院和研究所等單位的科研學(xué)者提供鼓舞,10X微流體“雙十字”交叉系統(tǒng)為8或16通道系統(tǒng),每個通道上限可捕獲20000細胞,16通道一次可檢測細胞范圍為百萬級別的細胞水平。此外,單個細胞捕獲效率高達65%,可準確鑒別稀有細胞類型,利于稀有樣本或小細胞量類型樣本研究;細胞可適性高,對細胞大?。ㄖ睆匠^40um細胞需要制備成細胞核)及類型無限制。細胞捕獲周期較短,能夠?qū)崿F(xiàn)自動分離,無需人工操作,1天內(nèi)可完成從細胞懸液到cDNA文庫構(gòu)建的所有的測序準備工作。烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測序服務(wù)。廈門單細胞測序

烈冰科技已建立了多種國際和國內(nèi)主流的高通量測序?qū)嶒炂脚_。廈門單細胞測序

10X Genomics單細胞轉(zhuǎn)錄組測序是利用單細胞水平上的高通量測序分析基因表達譜的技術(shù),也是目前國內(nèi)和國際上公認的單細胞測序大規(guī)模實驗平臺技術(shù),該平臺基于動態(tài)微流控原理,突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性,組織解離后,單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細胞, 基于每個細胞分別建庫測序,獲得單個細胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達狀態(tài),并鑒定細胞的類型,可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較,反映細胞間的異質(zhì)性,提供足夠靈活的定制測定法以滿足多種實驗需要,并有效縮短實驗是時間和降低測序成本。廈門單細胞測序

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