上海高通量測序單細胞測序數(shù)據(jù)分析

來源: 發(fā)布時間:2022-08-08

二代測序技術在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencingbysynthesis)和大規(guī)模平行測序技術(massiveparallelanalysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如IlluminaSolexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構建、簇生成、測序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3和5端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來源;2)Adapter,用于結合測序通道上的位點;3)Primerbindingsite,用于結合PCR引物啟動擴增反應。


單細胞測序平臺,烈冰提供高性價比服務方案。上海高通量測序單細胞測序數(shù)據(jù)分析

單細胞測序是指針對單個細胞進行全轉錄組測序分析,可精確地描述每一個細胞的狀態(tài),在異質性發(fā)育過程中具有特殊的應用價值。然而,單細胞測序無法給出固態(tài)異質化組織中細胞空間排布信息,對于揭示發(fā)育過程、病理微環(huán)境都存在很大的局限性??臻g轉錄組測序以點陣形式記錄病理切片細胞的空間信息并進行測序,可以精確指示點陣內的全部基因表達情況。空間轉錄組測序的加入,無疑讓單細胞測序如虎添翼,更精確地勾勒了組織水平的異質性。上海高通量測序單細胞測序數(shù)據(jù)分析烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測序服務。

多樣本數(shù)據(jù)合并:FractionofReadsKept:合并樣本時,各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,需要進行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數(shù)量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!

單細胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個共同過程,即分離RNA并將其轉化為cDNA進行分析。不過,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細胞中分離RNA,然后將其轉化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構建新一代測序文庫,從而測定整個轉錄組的基因表達。RT-qPCR則是從cDNA中擴增特定靶點,并通過熒光測定表達水平。RT-qPCR限于已知靶點,而RNA-seq可實現(xiàn)無偏倚的全轉錄組基因表達分析。然而,這兩者只能提供細胞群體內基因表達的平均情況。單細胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細胞分離到微孔或單個微反應容器中。然后用細胞特異性的條形碼標記RNA,確保來自每個細胞的cDNA可以追溯到起源細胞。與RNA-seq相似,帶有條形碼的cDNA也被用于構建新一代測序文庫,從而能夠對每個細胞的整個轉錄組進行基因表達測定。烈冰開展了單細胞轉錄組、單細胞多組學以及空間轉錄組等多種產(chǎn)品在內的全套科研解決方案。

作為單細胞測序的一個重要里程碑,10xgenomic公司于2016年2月推出10xChromiumSingleCellGeneExpressionSolution,此平臺整合了儀器、試劑盒和信息學軟件,能精確對接illumina測序儀,因此可實現(xiàn)大量大細胞的快速高效標記、測序和分析,獲得單細胞水平的基因表達譜和差異情況,并通過對復雜細胞群體進行深入細致分析,繪制大規(guī)模單細胞表達圖譜。以量化細胞內的群體異質性,并逐個鑒定細胞類型、細胞狀態(tài)和動態(tài)細胞躍遷。除了有望鑒定新的細胞亞型和稀有細胞群體,單細胞技術還能更好地了解轉錄動態(tài)和基因調控關系。強勢發(fā)文!烈冰單細胞測序助力揭示愈傷組織能再生的機制。長沙高通量測序單細胞測序技術支持

烈冰測序服務已助力300余篇國際期刊研究文章發(fā)表。上海高通量測序單細胞測序數(shù)據(jù)分析

烈冰生物成立于2010年,與時俱進,堅持為科研學者提供國際前沿的高通量測序實驗和深度的生物信息數(shù)據(jù)分析服務,已逐步發(fā)展為單細胞多組學檢測服務****。專注于“單細胞測序系列技術服務”的專精領域,在上海、北京、廣州、西安和江西等地擁有數(shù)千平辦公場所,并布局多中心產(chǎn)品研發(fā)生產(chǎn)基地和營銷、運營中心。2016年起連續(xù)被評為上海市****,60+項自主知識產(chǎn)權,轉化率近80%。產(chǎn)品覆蓋從單細胞測序,核測序,單細胞多組學,空間轉錄組測序等多組學聯(lián)合的實驗+數(shù)據(jù)分析全流程服務平臺。為600+國內高校和醫(yī)院、5000+深度合作學者用戶、10000+生命科學探索的重要科研項目在醫(yī)藥開發(fā)、科學研究、醫(yī)學及臨床研究,疾病分子標志物篩選、生命和神經(jīng)發(fā)育研究等提供多層次、多組學檢測服務和解決方案,助力300+CNS國際學術期刊文章發(fā)表,30+篇單細胞技術聯(lián)合(助力)發(fā)文,IF10+文章占比>65%。上海高通量測序單細胞測序數(shù)據(jù)分析

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司主營品牌有NovelBio,烈冰生物,NovelBrain,PanoCell,烈冰智造,發(fā)展規(guī)模團隊不斷壯大,該公司服務型的公司。是一家有限責任公司(自然)企業(yè),隨著市場的發(fā)展和生產(chǎn)的需求,與多家企業(yè)合作研究,在原有產(chǎn)品的基礎上經(jīng)過不斷改進,追求新型,在強化內部管理,完善結構調整的同時,良好的質量、合理的價格、完善的服務,在業(yè)界受到寬泛好評。公司始終堅持客戶需求優(yōu)先的原則,致力于提供高質量的單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序。烈冰生物自成立以來,一直堅持走正規(guī)化、專業(yè)化路線,得到了廣大客戶及社會各界的普遍認可與大力支持。