北京二代測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析

來源: 發(fā)布時間:2022-08-08

科技的發(fā)展讓單細(xì)胞測序已經(jīng)應(yīng)用于疾病發(fā)展過程中的關(guān)鍵過程和事件,如前病變向惡性的轉(zhuǎn)化、惡性向轉(zhuǎn)移性的發(fā)展,以及對多種用藥的反應(yīng)。單細(xì)胞測序技術(shù)作為一個需要將組織解離成為單細(xì)胞懸液,或者是采用細(xì)胞核捕獲的策略捕獲單細(xì)胞核,進(jìn)而對于每一個單細(xì)胞或者細(xì)胞核進(jìn)行測序得到結(jié)果的技術(shù),其空間定位信息是丟失的。這就衍生出了一個問題就是如果單細(xì)胞A與B并不出現(xiàn)在一個組織區(qū)域中他們會互相影響或者轉(zhuǎn)化么?免疫研究中,兩個具有非常強(qiáng)的PDL1-PD1的配對關(guān)系的細(xì)胞在組織切片上風(fēng)馬牛不相及,這樣PDL1-PD1的關(guān)系會生效么?十二年測序經(jīng)驗,烈冰生物單細(xì)胞多組學(xué)領(lǐng)域的佼佼者。北京二代測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析

關(guān)于單細(xì)胞測序?qū)嶒灅颖局苽?,這與流式細(xì)胞術(shù)用戶熟悉的步驟完全一致,也就是通過酶促或機(jī)械消化、細(xì)胞分選或其他細(xì)胞分離技術(shù)從整個樣本中制備生成活的單細(xì)胞懸液。隨后是細(xì)胞計數(shù)和質(zhì)量控制步驟,以確保您的樣本有適當(dāng)濃度的活細(xì)胞,并且不含細(xì)胞團(tuán)塊和死細(xì)胞碎片。如有必要,您還可以使用抗體對樣本進(jìn)行染色,標(biāo)記細(xì)胞表面蛋白或其他生物分析物,或者通過FACS來富集感興趣的細(xì)胞類型。解離樣本時采取的具體步驟將根據(jù)您的起始材料和實驗?zāi)繕?biāo)而定。也許需要額外的制備步驟,具體取決于組織質(zhì)量、樣本豐度、細(xì)胞大小,以及是否需要提取出細(xì)胞核進(jìn)行染色質(zhì)可接近性分析。無論具體的考慮因素如何,所有樣本類型都遵循同一個基本原則,那就是生成高質(zhì)量的單細(xì)胞懸液。武漢高通量測序單細(xì)胞測序服務(wù)公司單細(xì)胞多組學(xué)測序可識別重要的轉(zhuǎn)錄因子,進(jìn)行譜系和發(fā)育追蹤。

單細(xì)胞測序是指針對單個細(xì)胞進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測序分析,可精確地描述每一個細(xì)胞的狀態(tài),在異質(zhì)性發(fā)育過程中具有特殊的應(yīng)用價值。然而,單細(xì)胞測序無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息,對于揭示發(fā)育過程、病理微環(huán)境都存在很大的局限性??臻g轉(zhuǎn)錄組測序以點陣形式記錄病理切片細(xì)胞的空間信息并進(jìn)行測序,可以精確指示點陣內(nèi)的全部基因表達(dá)情況??臻g轉(zhuǎn)錄組測序的加入,無疑讓單細(xì)胞測序如虎添翼,更精確地勾勒了組織水平的異質(zhì)性。

機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激,其細(xì)胞會從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”;當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時,往往會經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組,導(dǎo)致一些基因被沉默,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時序分析,即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時間的變化情況,構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。經(jīng)驗豐富的實驗團(tuán)隊,為獲得示組織內(nèi)真實表達(dá)水平的高質(zhì)量冷凍切片提供硬件和技術(shù)保障。

二代測序技術(shù)在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencingbysynthesis)和大規(guī)模平行測序技術(shù)(massiveparallelanalysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如IlluminaSolexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構(gòu)建、簇生成、測序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3和5端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來源;2)Adapter,用于結(jié)合測序通道上的位點;3)Primerbindingsite,用于結(jié)合PCR引物啟動擴(kuò)增反應(yīng)。


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單細(xì)胞測序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)用推廣,為從多維度揭示疾病發(fā)展提供了強(qiáng)有力的工具。北京二代測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析

細(xì)胞中基因的表達(dá)是嚴(yán)格按照時間和空間順序發(fā)生,因此細(xì)胞類型和基因表達(dá)具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序來分析。但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序(scRNA-Seq)在單細(xì)胞懸液制備的過程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu),無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個問題,其以點陣形式記錄組織切片細(xì)胞的空間信息,在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,獲得細(xì)胞/基因的空間表達(dá)特異性。北京二代測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析

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