廣州烈冰單細胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析

來源: 發(fā)布時間:2022-08-13

單細胞轉(zhuǎn)錄組測序是在單細胞水平上高通量測序分析基因表達譜的技術(shù),突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性,組織解離后,單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細胞,基于每個細胞分別建庫測序,獲得單個細胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達狀態(tài),并鑒定細胞的類型,可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較,反映細胞間的異質(zhì)性。而2021年橫空出世的10XGenomicsChromiumX平臺實現(xiàn)了單塊chip上的百萬級別通量的細胞捕獲,系統(tǒng)實現(xiàn)16個通道同時運行,每個通道可捕獲2000-20000個細胞(不混樣),并支持原ChromiumController體統(tǒng)外的多種細胞捕獲百萬級別通量實驗,可準確鑒別稀有細胞類型和適配大規(guī)模單細胞研究。烈冰專精單細胞多組學(xué)測序領(lǐng)域。廣州烈冰單細胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析

reads數(shù)、基因表達量及細胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標準,每個細胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個細胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細胞類型,例如成熟的B,T,粒細胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細胞表達的基因數(shù)普遍較少,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某一疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細胞等,他們的基因表達數(shù)較高,甚至可以超過1萬,這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對細胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認時,需要考察實際組織的細胞組成。寧波single cell 單細胞多組學(xué)多組學(xué)測序烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測序服務(wù)。

對于單細胞測序而言,常常需要先構(gòu)建細胞圖譜,在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項分析,并且數(shù)據(jù)分析時以細胞聚類(cell cluster)為討論對象,而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格,但是單細胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復(fù)雜度(增加樣本數(shù)),盡可能的構(gòu)建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此,單細胞測序?qū)嶒炘O(shè)計時首先需要保證生物學(xué)重復(fù),不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細胞數(shù),單個樣本分別捕獲細胞時,后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準確性。

FluidigmC1平臺基于富魯達(Fluidigm®)的微流控技術(shù)應(yīng)用于單細胞測序(SingleCellRNASequencing)領(lǐng)域的商業(yè)化中,該技術(shù)大約在幾個小時中可以捕獲96個左右的細胞,進行各類的Single-Cell測序建庫。當然,通量還是比較小。但不可否認的是,現(xiàn)在很多非RNA類SingleCell測序,仍然在采用這樣的技術(shù),如SingleCellDNA-Seq,SingleCellATAC-Seq等,都是采用此技術(shù)進行單細胞分選后再分別用不同試劑盒建庫。所以可以說,至少在10XGenomics、BD或者其他企業(yè)推出有效的SingleDNA測序技術(shù)之前,C1仍然會是市場上的重要組成部分。烈冰測序服務(wù)已助力300余篇國際主流期刊研究文章發(fā)表。

當蜂巢孔內(nèi)同時落入細胞和磁珠后,接下去可以往BDCartridge板中加入細胞裂解液對細胞進行裂解,使細胞內(nèi)的RNA與磁珠上的標簽進行結(jié)合,完成每個細胞內(nèi)RNA的捕獲和標記。這時,再將捕獲了RNA的磁珠進行回收,待所有質(zhì)控結(jié)果確認通過后就可以進行后續(xù)的RNA反轉(zhuǎn)錄、cDNA第二鏈合成等實驗操作。而BDCartridge板則需要再進行一次成像,獲得磁珠收集后的掃描圖,判斷磁珠是否已經(jīng)被有效收集。根據(jù)每一步的質(zhì)控結(jié)果,烈冰科技(NovelBio)單細胞測序?qū)嶒瀳F隊會根據(jù)單細胞分選的實驗結(jié)果生成實驗總結(jié)報告,判斷每一步驟是否通過質(zhì)控,并得到捕獲的單細胞數(shù)量以及雙細胞比例,對整個實驗進行總結(jié)評估。若所有過程通過質(zhì)控,實驗樣本即可進行下一步實驗操作。單細胞多組學(xué)數(shù)據(jù)整合的一大挑戰(zhàn)在于不同組學(xué)的特征空間存在差異。武漢BD單細胞多組學(xué)技術(shù)支持

,從多組學(xué)的角度對單細胞進行綜合分析 將是未來單細胞技術(shù)的必由之路。廣州烈冰單細胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析

單細胞測序結(jié)果動輒上百G數(shù)據(jù)量,龐大的數(shù)據(jù)對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,首先針對下機數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié):單細胞測序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列,不可避免的會出現(xiàn)低質(zhì)量的測序結(jié)果,存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質(zhì)量評估就會變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過測序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來表征,即堿基測序結(jié)果的錯誤率在1%/0.1%以下的比例。理想的測序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后第一步的處理結(jié)果的準確性,為后續(xù)細胞類型鑒定準確和功能分析打下堅實基礎(chǔ)。廣州烈冰單細胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司致力于醫(yī)藥健康,是一家服務(wù)型公司。公司業(yè)務(wù)涵蓋單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學(xué)測序等,價格合理,品質(zhì)有保證。公司從事醫(yī)藥健康多年,有著創(chuàng)新的設(shè)計、強大的技術(shù),還有一批專業(yè)化的隊伍,確保為客戶提供良好的產(chǎn)品及服務(wù)。烈冰生物立足于全國市場,依托強大的研發(fā)實力,融合前沿的技術(shù)理念,及時響應(yīng)客戶的需求。