截至2022年6月，烈冰生物助力發(fā)表單細(xì)胞文章近40篇，從平臺(tái)應(yīng)用比例來(lái)看，應(yīng)用10X Genomics和BD Rhapsody兩大平臺(tái)發(fā)文比例各占50%左右，研究類型涵蓋疾病發(fā)展，靶點(diǎn)探索，免疫研究，神經(jīng)發(fā)育，干細(xì)胞分化，植物發(fā)育，退行病變，糖尿病，COVID-19等等研究；從發(fā)表期刊水平來(lái)看，烈冰生物聯(lián)合發(fā)表的單細(xì)胞文章，CNS一區(qū)期刊占比在30%以上，其中包括immunity三篇，Nature子刊3篇（Nature cell biology,Nature Plants，Nature communication）,風(fēng)濕類領(lǐng)域ARD期刊1篇，CUT 1篇，Advanced Science多篇，IF大于10分以上文章占比高達(dá)68.5%，烈冰專屬單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)團(tuán)隊(duì)，將與您攜手譜寫下一篇“高分”新文章。深度的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)解讀助力醫(yī)療健康大時(shí)代。南京二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)支持
針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析時(shí)的reads數(shù)、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過(guò)程中：以捕獲5000個(gè)細(xì)胞、100G的測(cè)序量為標(biāo)準(zhǔn)，每個(gè)細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右；每個(gè)細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類型，例如成熟的B，T，粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中，由于該類型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少，導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等，他們的基因表達(dá)數(shù)較高，甚至可以超過(guò)1W，這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此，我們對(duì)細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時(shí)，需要考察實(shí)際組織的細(xì)胞組成。武漢10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析烈冰生物為您提供多平臺(tái)一站式全流程單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)。
機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激，其細(xì)胞會(huì)從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”；當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí)，往往會(huì)經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組，導(dǎo)致一些基因被沉默，一些基因被重新“喚醒”，但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的；scRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們?cè)诓恍枰兓那闆r下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時(shí)序分析，即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況，構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育，但這里的時(shí)間并不是真時(shí)間，而是一個(gè)虛擬的時(shí)間，是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個(gè)樣本中，也會(huì)存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此，不論測(cè)定了多少樣本，我們都可以采用擬時(shí)序分析對(duì)樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。
10XGenomics是一種基于drop的微流控技術(shù)，液體在配套芯片中的微管道中流動(dòng)，因此細(xì)胞直徑會(huì)受到芯片中微管道直徑的限制，微流體通道的直徑約為50~60um，因此捕獲細(xì)胞的直徑不能超過(guò)40um。當(dāng)細(xì)胞直徑過(guò)大時(shí)，容易出現(xiàn)管道堵塞，造成GEM生成失敗，對(duì)于神經(jīng)科學(xué)研究和心血管疾病研究的老師而言，準(zhǔn)備采用單細(xì)胞技術(shù)用于課題研究的時(shí)候，往往會(huì)遇到一個(gè)尷尬的問(wèn)題，就是目標(biāo)細(xì)胞，例如神經(jīng)元細(xì)胞、成熟心肌細(xì)胞由于體積過(guò)大，不適用于10X單細(xì)胞技術(shù)。其中神經(jīng)元細(xì)胞的直徑很大，直接超過(guò)了芯片中管道的直徑，雖然心肌細(xì)胞直徑低于50um，但是成熟心肌細(xì)胞的長(zhǎng)度很長(zhǎng)，有可能堵塞通道造成實(shí)驗(yàn)失敗，這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細(xì)胞文章，主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了，主要還是因?yàn)槲窗l(fā)育成熟的心肌細(xì)胞比較小，不會(huì)出現(xiàn)堵塞管道的風(fēng)險(xiǎn)。因此可以考慮組織解離后過(guò)40um濾網(wǎng)，過(guò)濾掉大細(xì)胞，避免出現(xiàn)管道堵塞、實(shí)驗(yàn)失敗的風(fēng)險(xiǎn)。此種方案的缺點(diǎn)是大細(xì)胞被過(guò)濾掉，丟失相關(guān)細(xì)胞數(shù)據(jù)；另外組織解離獲得高質(zhì)量細(xì)胞懸液以后，繼續(xù)做細(xì)胞裂解抽細(xì)胞核，開展細(xì)胞核測(cè)序。具體可訪問(wèn)烈冰官網(wǎng)給我們留言，烈小冰將安排專業(yè)技術(shù)為您詳細(xì)解答。烈冰測(cè)序服務(wù)已助力300余篇國(guó)際期刊研究文章發(fā)表。
關(guān)于10XGenomics單細(xì)胞平臺(tái)的樣本類型和樣本制備：10X平臺(tái)在上機(jī)前需要注意細(xì)胞消化后的細(xì)胞團(tuán)塊，獲得分離良好的細(xì)胞懸液、無(wú)細(xì)胞隨便、極少的細(xì)胞團(tuán)塊，且細(xì)胞活力高（＞70%）；此外，了解您所研究細(xì)胞的大小范圍也很重要。細(xì)胞大小通常與細(xì)胞表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量有關(guān)。各種尺寸不同的細(xì)胞（一般直徑不大于50μm）均可與我們基因表達(dá)解決方案中使用的10XGenomics平臺(tái)兼容。一般來(lái)說(shuō)，細(xì)胞制備方案將根據(jù)組織來(lái)源和細(xì)胞類型而變化。每種組織類型都是獨(dú)特的，因此，必須在開始任何單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)之前優(yōu)化樣本制備，烈冰多年樣本解離消化經(jīng)驗(yàn)，累積10+物種、50+組織的消化protocol，若您的樣本為組織，且尚未成功將組織樣本消化成單細(xì)胞懸液，烈冰將盡可能提供技術(shù)及實(shí)驗(yàn)上的幫助。烈冰專研單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序領(lǐng)域。長(zhǎng)春烈冰生物單細(xì)胞測(cè)序
全線搭建10X Genomics Chromium Controller單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)。南京二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)支持
樣本制備后的保存為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化，在對(duì)細(xì)胞進(jìn)行清洗和計(jì)數(shù)后，單細(xì)胞懸液應(yīng)當(dāng)保存于冰上，直至用于后續(xù)的上機(jī)和文庫(kù)制備步驟。在理想狀況下，一旦制備好樣本，應(yīng)當(dāng)在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟。然而，您還有必要了解各類細(xì)胞的不同性質(zhì)，因?yàn)檫@可能會(huì)影響細(xì)胞應(yīng)在冰上保存的時(shí)間，以及它們?cè)谥苽浜蠖嗑帽銘?yīng)當(dāng)被盡快使用。例如，有些細(xì)胞（如PBMC）如果在冰上放置一段時(shí)間，它們就開始形成團(tuán)塊。這些團(tuán)塊很難解離，增加了堵塞的風(fēng)險(xiǎn)，而且每個(gè)團(tuán)塊被當(dāng)成單細(xì)胞計(jì)數(shù)，又降低了細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性。此外，有些細(xì)胞更加粘稠，形成團(tuán)塊的速度更快。對(duì)于這些細(xì)胞，必須盡量減少制備和使用之間的時(shí)間差南京二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)支持
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司一直專注于生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢，市場(chǎng)營(yíng)銷策劃，市場(chǎng)信息咨詢與調(diào)查（不得從事社會(huì)調(diào)查、社會(huì)調(diào)研、民意調(diào)查、民意測(cè)驗(yàn)），從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù)，計(jì)算機(jī)、軟件及耗材（除?？兀?，軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】，是一家醫(yī)藥健康的企業(yè)，擁有自己**的技術(shù)體系。公司目前擁有較多的高技術(shù)人才，以不斷增強(qiáng)企業(yè)重點(diǎn)競(jìng)爭(zhēng)力，加快企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新，實(shí)現(xiàn)穩(wěn)健生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)。公司以誠(chéng)信為本，業(yè)務(wù)領(lǐng)域涵蓋單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序，我們本著對(duì)客戶負(fù)責(zé)，對(duì)員工負(fù)責(zé)，更是對(duì)公司發(fā)展負(fù)責(zé)的態(tài)度，爭(zhēng)取做到讓每位客戶滿意。一直以來(lái)公司堅(jiān)持以客戶為中心、單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序市場(chǎng)為導(dǎo)向，重信譽(yù)，保質(zhì)量，想客戶之所想，急用戶之所急，全力以赴滿足客戶的一切需要。