單細胞測序是指針對單個細胞進行全轉錄組測序分析,可精確地描述每一個細胞的狀態(tài),在異質性發(fā)育過程中具有不可忽視的應用價值。然而,單細胞測序無法給出固態(tài)異質化組織中細胞空間排布信息,對于揭示發(fā)育過程、病理微環(huán)境都存在很大的局限性??臻g轉錄組測序以點陣形式記錄病理切片細胞的空間信息并進行測序,可以精確指示點陣內的全部基因表達情況。空間轉錄組測序的加入,無疑讓單細胞測序如虎添翼,更精確地勾勒了組織水平的異質性。目前單細胞多組學技術仍然處于技術探索及高通量開發(fā)階段,但應用單細胞多組學分析是研究發(fā)展的必然趨勢。西安single cell 單細胞多組學技術支持
所謂的高通量測序技術,又名大規(guī)模平行測序,是將DNA(或者cDNA)隨機片段化、加接頭,制備測序文庫,通過對文庫中數(shù)以萬計的克隆(colony)進行延伸反應,檢測對應的信號并獲取序列信息。與傳統(tǒng)測序法相比,高通量測序技術在處理大規(guī)模樣品時具有強大的優(yōu)勢,又快(兩天)又多(數(shù)百萬克?。?,成為目前組學研究的主要技術。單細胞測序是一個系統(tǒng)的工程,開展項目前您可能會先評估它提供的見解是否與您的研究問題相匹配,如果匹配,實驗過程如何規(guī)劃,實驗平臺如何選擇,樣本如何制備,數(shù)據(jù)如何分析等等,而在這一切開始之前,我們的服務就已經開始了,從銷售到實驗到專業(yè)技術支持,我們開通全線對接渠道,幫助您快速定位項目訴求,提供從實驗設計到文章發(fā)表的全流程,我們始終是您貼心的科學合作伙伴。溫州上海烈冰生物單細胞多組學數(shù)據(jù)分析可視化烈冰科技已建立了基于單細胞測序的高通量測序實驗多平臺。
空間轉錄組數(shù)據(jù)可以用單細胞轉錄組數(shù)據(jù)的分析策略進行分析,例如,利用GO和Pathway分析篩選不同發(fā)育時期特定空間區(qū)域內的信號通路及其關鍵基因的較大情況,揭示在特定發(fā)育時期特定區(qū)域內發(fā)生的生物學過程。針對任何一個基因,空間轉錄組可以顯示表達該基因的點陣及其空間排布;單細胞轉錄組可以給出該基因表達的細胞類群;原位測序可以給出該基因在細胞內的表達狀況。通過不同發(fā)育時間點的信息比較,可以分析細胞類群在某個部位在不同時間點的差異,給出其在細胞內的真實的演變狀況。
烈冰生物生信分析團隊緊追國際前沿、整合添加多項國際期刊認可的空轉分析工具,構建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程;精心研發(fā)空轉結果瀏覽器,可同步展示空間轉錄組與單細胞測序分析結果,詳細深入地解析空間轉錄組數(shù)據(jù)。完成從Rawdata(原始數(shù)據(jù))到Spot-Gene的具有定位信息的表達矩陣的過程后,就進入了空轉的第二步,去進行Spot的Cluster的過程,熟悉單細胞測序的研究者知道,Cluster在單細胞測序中往往表示為細胞的類型,也就是說能聚在一起采用算法分為一個群體細胞是一個Celltype(當然分情況也會有不同)。而在空轉中,也正是由于前面提到了細胞的非單一性,導致了這里的分群并不是單純的同一細胞類型,而應該認為是具有相同細胞組成的點陣區(qū)域,或者說是近似的組織結構區(qū)域。單細胞多組學技術可在同一細胞中捕獲分析兩種以上的組學信息,包括轉錄組、基因組、表觀基因組、蛋白組等。
相對于Smart-Seq技術在細胞數(shù)量上的問題,BD和10X這兩個平臺普遍提供的細胞數(shù)量都在1-6K不等的測序細胞量,這個量級的測序細胞量已經可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的SingleCell群體類型。因此,這兩種技術對于基于基因表達進行準確細胞分型上,無論是從細胞數(shù)量上來說還是表達檢測可靠性來說,都會更實用。同時依托RandomCellLabel技術,使得其對于NovaSeq、HiSeqXTen、Hiseq4000等設備存在的Indexhooping現(xiàn)象,相對于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說,影響幾乎可以忽略不計(10XGenomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測試結果,顯示無影響。多組學技術結合了不同的生物數(shù)據(jù)集,如基因組學、轉錄組學和蛋白質組學。西安single cell 單細胞多組學技術支持
單細胞多組學技術基于單細胞測序技術和高通量組學方法發(fā)展而來,能在單細胞分辨率下同時整合多種組學信息。西安single cell 單細胞多組學技術支持
機體為響應各種應激,其細胞會從一種功能“狀態(tài)”轉變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”;當細胞在不同狀態(tài)之間轉變時,往往會經歷轉錄重組,導致一些基因被“沉默”,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態(tài)細胞進行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態(tài)。擬時序分析,即根據(jù)不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況,構建細胞譜系發(fā)育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細胞形態(tài)。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉化和變化進行描述。西安single cell 單細胞多組學技術支持
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機科技領域內的技術開發(fā)、技術服務、技術轉讓、技術咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調查(不得從事社會調查、社會調研、民意調查、民意測驗),從事貨物及技術的進出口業(yè)務,計算機、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經批準的項目,經相關部門批準后方可開展經營活動】的公司,是一家集研發(fā)、設計、生產和銷售為一體的專業(yè)化公司。公司自創(chuàng)立以來,投身于單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序,是醫(yī)藥健康的主力軍。烈冰生物繼續(xù)堅定不移地走高質量發(fā)展道路,既要實現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,又要聚焦關鍵領域,實現(xiàn)轉型再突破。烈冰生物創(chuàng)始人陳岱,始終關注客戶,創(chuàng)新科技,竭誠為客戶提供良好的服務。