空間轉錄組研究的的必耍性：研究單細胞是想要探究細胞間的異質性，但是常規(guī)的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液，然后利用單細胞分離技術（微孔，微板，液滴）等方法實現單細胞建庫，這里比較大的問題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中是非常重要。特別是在研究細胞命運機制及細胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空問轉錄組技術實現細胞的位置信息的保留，對研究此類細胞狀態(tài)尤為必要。烈冰生物全轉錄組測序通過雙文庫構建，實現多種RNA的一網打盡。濟南烈冰空間轉錄組數據分析
空間轉錄組測序的數據分析基本分為三個階段：1.數據的預處理部分；2.Spot點陣的分群與定義；3.Spot分群的功能與生物學價值。每一個部分都不可或缺，其結果都對后續(xù)的分析結果有重要影響。由于空間轉錄組的序列結構與單細胞轉錄組測序的左端序列結構是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設計。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細胞的原始數據過濾策略即可，左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負荷。隨后，采用10X官方的Spatialranger的策略進行后續(xù)分析，解析出位于空間位置中的有效的Spot表達矩陣。濟南烈冰空間轉錄組數據分析個性化制定測序項目方面，滿足從檢測基因到蛋白的多組學測序要求。
生命科學研究的目的之一就是為了解決細胞和組織以及該組織如何影響功能這一難題。測序技術可提供特定條件下某些 組織中基因的表達信息，不僅可以推斷出相應未知基因的功能，揭示特定調節(jié)基因的作用機制，而且可以辨別細胞的類型和異質性，為疾病診斷提供理論依據。但由于研究的深入或具體研究方向和內容的不同，傳統(tǒng)的轉錄組測序技術顯然不能夠滿足科研工作者們強烈的好奇心，更加直觀地反映組織中基因的表達情況，隨即單細胞轉錄組測序（Single-cell RNA-sequencing，scRNA-seq）、空間轉錄組（Spatial transcriptomics，ST）測序等一系列技術應運而生。
當組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉錄組芯片上時，通過透化處理，細胞內的mRNA釋放出來，從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉錄，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機測序，可以將每個mRNA轉錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。Visium空間轉錄組的重點在于芯片部分：正式文庫構建的芯片上有4個捕獲區(qū)域（6.5mmX6.5mm，可以檢測4個樣本）每個捕獲區(qū)域含有約5000個被條形碼標記的點（barcodedspots）每個spot直徑55μm，每個spot能捕獲1-10個細胞spot與spot中心點之間的距離為100μm每個spot含有上百萬個可以與mRNA結合的捕獲探針，每個探針上都帶有獨特的spatialbarcodes，用以標記捕獲的mRNA的空間位置。空間轉錄組測序是高通量測序下的又一重大技術突破。
細胞在組織樣本中的相對空間位置關系對于了解疾病病理學非常重要。但是scRNA-Seq在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結構，無法給出固態(tài)異質化組織中細胞空間排布信息。而空間轉錄組可以解決這個問題，通過記錄組織切片細胞的空間信息，捕獲組織切片中的組織學信息；通過免疫熒光進行蛋白組檢測，將基因表達譜映射回組織樣本中的原始位置，同時獲得細胞/基因的空間表達特異性。該技術可以為神經科學，發(fā)育生物學，免疫生理學等領域的研究提供組織和基因表達情況的新視角。測序的革新讓科學研究從個體基因差異逐漸轉為個體細胞的基因差異。西安烈冰空間轉錄組測序服務公司
空間轉錄組測序技術遍地開花，烈冰服務讓您的生物醫(yī)學研究如虎添翼。濟南烈冰空間轉錄組數據分析
在轉錄組學領域，空間轉錄組也開辟了新世界。Nature Methods在今年1月份將空間轉錄組學評價為2020年度方法，空間轉錄組方法近幾年越來越受到歡迎，它將帶領組學在生物學的研究上進入新的階段。從轉錄組測序到實現單細胞轉錄測序，這一過程為精確認識不同細胞類型提供了巨大的幫助。現在，新的空間轉錄組方法不僅帶來轉錄組信息，同時還提供空間信息，幫研究者更好辨別轉錄的位置，進一步擴展到單細胞分辨率，這會更大程度提升科學家對單個細胞的認識和解讀。濟南烈冰空間轉錄組數據分析
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