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高通量測序技術(shù)(High-throughputsequencing)又稱“下一代”測序技術(shù)(“Next-generation”sequencing),以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標(biāo)志。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定,因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(shù)(nextgenerationsequencing)足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deepsequencing)。而烈冰科技具有專業(yè)生物背景和十二年科研服務(wù)經(jīng)驗,已助力Nature,immunity等在內(nèi)的300+篇CNS文章發(fā)表。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次突破性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。吉林單細胞測序價格
基于10XNextGEM技術(shù),單細胞測序一次實驗可以同時檢測近萬個細胞,可在一個樣本中同時獲3端mRNA表達譜、如需和免疫組庫(TCR和BCR)的數(shù)據(jù)進行聯(lián)合時,即某些研究還需結(jié)合基因的表達譜和V(D)J數(shù)據(jù)進行復(fù)雜組織樣本的是影響免疫應(yīng)答分析,監(jiān)測免疫療法的效果,研究疾病發(fā)生、發(fā)展的分子機制,可進行單細胞免疫組庫測序:烈冰單細胞免疫組庫平臺具備:1000+項目經(jīng)驗,一次實驗可同時獲取1000-20000個細胞的文庫構(gòu)建,獲得轉(zhuǎn)錄組和免疫組數(shù)據(jù);具備完善的免疫組庫測序和實驗質(zhì)控流程,獲取V(D)J全長序列的配對信息;豐富的免疫組庫測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗,實現(xiàn)專屬個性化數(shù)據(jù)分析服務(wù),搭配單細胞分析云平臺,一鍵導(dǎo)出交互性的動態(tài)結(jié)果報告。重慶二代測序單細胞測序數(shù)據(jù)分析單細胞測序平臺,烈冰提供高性價比服務(wù)方案。
一味的追求高細胞數(shù)量的捕獲,小心得不償失,原因在這:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,而細胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細胞基因表達譜,通過降維(pca),無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個細胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細胞捕獲數(shù)過多時,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細胞數(shù)據(jù),都會對正常細胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數(shù)在3000-5000個時,數(shù)據(jù)量在100G左右時,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。
相對于Smart-Seq技術(shù)在細胞數(shù)量上的問題,10X平臺普遍提供的細胞數(shù)量都在1000-20000不等的測序細胞量,這個量級的測序細胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的SingleCell群體類型。因此,這兩種技術(shù)對于基于基因表達進行準(zhǔn)確細胞分型上,無論是從細胞數(shù)量上來說還是表達檢測可靠性來說,都會更實用。同時依托RandomCellLabel技術(shù),使得其對于NovaSeq、HiSeqXTen、Hiseq4000等設(shè)備存在的Indexhooping現(xiàn)象,相對于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說,影響幾乎可以忽略不計(10XGenomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測試結(jié)果,顯示無影響。豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗,烈冰配套全程個性化、定制化地數(shù)據(jù)分析服務(wù)。
關(guān)于10XGenomics單細胞平臺的樣本類型和樣本制備:10X平臺在上機前需要注意細胞消化后的細胞團塊,獲得分離良好的細胞懸液、無細胞隨便、極少的細胞團塊,且細胞活力高(>70%);此外,了解您所研究細胞的大小范圍也很重要。細胞大小通常與細胞表達的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量有關(guān)。各種尺寸不同的細胞(一般直徑不大于50μm)均可與我們基因表達解決方案中使用的10XGenomics平臺兼容。一般來說,細胞制備方案將根據(jù)組織來源和細胞類型而變化。每種組織類型都是獨特的,因此,必須在開始任何單細胞實驗之前優(yōu)化樣本制備,烈冰多年樣本解離消化經(jīng)驗,累積10+物種、50+組織的消化protocol,若您的樣本為組織,且尚未成功將組織樣本消化成單細胞懸液,烈冰將盡可能提供技術(shù)及實驗上的幫助。全線搭建10X Genomics Chromium X單細胞實驗測序平臺。長沙10X單細胞測序技術(shù)支持
烈冰測序服務(wù)已助力300余篇國際期刊研究文章發(fā)表。吉林單細胞測序價格
樣本制備后的保存為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化,在對細胞進行清洗和計數(shù)后,單細胞懸液應(yīng)當(dāng)保存于冰上,直至用于后續(xù)的上機和文庫制備步驟。在理想狀況下,一旦制備好樣本,應(yīng)當(dāng)在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟。然而,您還有必要了解各類細胞的不同性質(zhì),因為這可能會影響細胞應(yīng)在冰上保存的時間,以及它們在制備后多久便應(yīng)當(dāng)被盡快使用。例如,有些細胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時間,它們就開始形成團塊。這些團塊很難解離,增加了堵塞的風(fēng)險,而且每個團塊被當(dāng)成單細胞計數(shù),又降低了細胞計數(shù)的準(zhǔn)確性。此外,有些細胞更加粘稠,形成團塊的速度更快。對于這些細胞,必須盡量減少制備和使用之間的時間差吉林單細胞測序價格
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