武漢高通量測(cè)序單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-08-28

BDRhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng)集成了熒光顯微成像系統(tǒng),可以對(duì)不同熒光標(biāo)記的細(xì)胞進(jìn)行檢測(cè)并計(jì)數(shù)。在進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估之前,首先要將細(xì)胞的培養(yǎng)體系更換成上機(jī)所需的Buffer。在這個(gè)過(guò)程中,需要進(jìn)行多次離心、重懸操作,烈冰Novelbio單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)推薦采用水平轉(zhuǎn)子離心機(jī)來(lái)進(jìn)行這步操作。這種離心機(jī)可以有效減少細(xì)胞在多次更換Buffer過(guò)程中的損失,尤其是對(duì)于細(xì)胞量較少的樣本來(lái)說(shuō),顯得非常有必要。更換完Buffer之后,還需要將細(xì)胞進(jìn)行過(guò)篩操作,去除較大的細(xì)胞團(tuán),獲得較為純凈的單細(xì)胞懸液。單細(xì)胞技術(shù)從 2009 年發(fā)展到現(xiàn)在,研究范圍不再局限于轉(zhuǎn)錄組,擴(kuò)展到了基因組、免疫組、蛋白組等多組學(xué)水平。武漢高通量測(cè)序單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序

FluidigmC1平臺(tái)基于富魯達(dá)(Fluidigm®)的微流控技術(shù)應(yīng)用于單細(xì)胞測(cè)序(SingleCellRNASequencing)領(lǐng)域的商業(yè)化中,該技術(shù)大約在幾個(gè)小時(shí)中可以捕獲96個(gè)左右的細(xì)胞,進(jìn)行各類(lèi)的Single-Cell測(cè)序建庫(kù)。當(dāng)然,通量還是比較小。但不可否認(rèn)的是,現(xiàn)在很多非RNA類(lèi)SingleCell測(cè)序,仍然在采用這樣的技術(shù),如SingleCellDNA-Seq,SingleCellATAC-Seq等,都是采用此技術(shù)進(jìn)行單細(xì)胞分選后再分別用不同試劑盒建庫(kù)。所以可以說(shuō),至少在10XGenomics、BD或者其他企業(yè)推出有效的SingleDNA測(cè)序技術(shù)之前,C1仍然會(huì)是市場(chǎng)上的重要組成部分。南京高通量測(cè)序單細(xì)胞多組學(xué)商業(yè)化服務(wù)烈冰智造PanoCell單細(xì)胞捕獲,媲美國(guó)際主流的單細(xì)胞平臺(tái)。

單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)是在單細(xì)胞分辨率下精確分析細(xì)胞異質(zhì)性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的新技術(shù),提供了全新的視角來(lái)分析細(xì)胞的分化路徑、細(xì)胞間的交互調(diào)控和細(xì)胞亞群的分離現(xiàn)象。轉(zhuǎn)錄組、表觀(guān)基因組、蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)的差異賦予了組織內(nèi)同樣基因組背景下的單個(gè)細(xì)胞的功能特異性。單個(gè)細(xì)胞的組學(xué)變化決定了組織的功能狀態(tài),因此,闡明組織的細(xì)胞異質(zhì)性是破譯生理功能和病理演變的關(guān)鍵。然而,以bulkRNA測(cè)序等為**的傳統(tǒng)方法掩蓋了細(xì)胞的異質(zhì)性,細(xì)胞組學(xué)變化的平均水平。近10年來(lái),單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)應(yīng)運(yùn)而生,實(shí)現(xiàn)了在單細(xì)胞分辨率下研究分子的變化規(guī)律。

單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)再樣本細(xì)胞上機(jī)分選簽,需要對(duì)細(xì)胞數(shù)量、細(xì)胞活性進(jìn)行準(zhǔn)確判斷,這對(duì)SingleCell分選標(biāo)記、建庫(kù)、下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用。如若細(xì)胞計(jì)數(shù)偏高,將會(huì)影響建庫(kù)的成功率;計(jì)數(shù)偏低,則會(huì)顯著提高雙細(xì)胞的比例;而細(xì)胞活率過(guò)低,就會(huì)使測(cè)序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣,因此把好單細(xì)胞懸液質(zhì)量這一關(guān)尤為重要。而在鋪板過(guò)程中,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,不同的液體流速將直接影響單細(xì)胞的入孔效果。因此烈冰生物BDRhapsody單細(xì)胞分選平臺(tái)配套了專(zhuān)門(mén)定制的電動(dòng)移液器,其具有PrimeTreat、CellLoad、BeadLoad、Wash、Lysis、Retrieval多種操作模式,來(lái)對(duì)應(yīng)各種不同的操作。通過(guò)已經(jīng)設(shè)定的程序來(lái)控制液體的流速,大幅度降低人為操作習(xí)慣帶來(lái)的差異,保證實(shí)驗(yàn)操作的一致性。烈冰測(cè)序數(shù)據(jù)分析平臺(tái),不依賴(lài)已有物種信息,可研究非模式物種,針對(duì)不同平臺(tái)的數(shù)據(jù),制定多套流程。

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與單細(xì)胞測(cè)序的結(jié)果不同,這里存在一個(gè)概念叫做NumberofSpotsundertissue,即,空間轉(zhuǎn)錄組片子上組織覆蓋的有效的spot位點(diǎn)。這個(gè)有效Spot的篩選標(biāo)準(zhǔn)是有UMI以及有序列表達(dá)。那么這個(gè)時(shí)候,貼片的質(zhì)量就成為了制約空間轉(zhuǎn)錄組有效區(qū)域的要點(diǎn)了。如果組織沒(méi)有很好地覆蓋到空轉(zhuǎn)片上,那么容易出現(xiàn)雖然有HE染色有組織片子,但是沒(méi)有基因表達(dá),即無(wú)有效Spot位點(diǎn)。同樣的,另一個(gè)就是組織切片的大小,也就是說(shuō)組織切片在整個(gè)玻片的覆蓋面積越小,分析的有效區(qū)域就越少。這兩者基本上決定了整個(gè)空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果的基礎(chǔ)質(zhì)量。單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)方法的不斷 發(fā)展和改進(jìn), 為單細(xì)胞層級(jí)的多組學(xué)整合分析奠定了 基礎(chǔ)。廈門(mén)烈冰科技單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化

烈冰專(zhuān)精單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序領(lǐng)域。武漢高通量測(cè)序單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序

未來(lái),單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,一方面將集中在對(duì)現(xiàn)有技術(shù)的優(yōu)化和新方法的開(kāi)發(fā).現(xiàn)有技術(shù)的優(yōu)化不僅包括建庫(kù)手段、測(cè)序技術(shù)和算法工具等方面,還包括優(yōu)化實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、自動(dòng)化實(shí)驗(yàn)流程以及提升實(shí)驗(yàn)效率.為了更好地檢測(cè)到各種大分子的特征,研究者可以考慮從生物、化學(xué)和物理等多學(xué)科中尋找解決方案.此外,新的計(jì)算方法和分析工具能幫助研究者越過(guò)一些實(shí)驗(yàn)限制,發(fā)現(xiàn)更多新奇的生物過(guò)程.例如,擬時(shí)序分析(pseudotimetrajectory)將有助于人們理解早期胚胎發(fā)育的細(xì)胞分化軌跡.新方法則可以更多地關(guān)注目前未能檢測(cè)到的一些重要的基因表達(dá)調(diào)控層面,如DNA三維結(jié)構(gòu)、非編碼RNA和胞內(nèi)蛋白等.另一方面,目前的單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)發(fā)展勢(shì)頭強(qiáng)勁,研究者不斷研發(fā)并豐富著單細(xì)胞測(cè)序工具箱,各種組學(xué)方法百家爭(zhēng)鳴.未來(lái),研究者需要從眾多相似的方法中篩選出一些穩(wěn)定、通用、成本低、可商業(yè)化的方法,并進(jìn)一步擴(kuò)大其實(shí)際應(yīng)用范圍。武漢高通量測(cè)序單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序

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