廣州single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化

來源: 發(fā)布時間:2022-09-04

隨著單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)(scRNA-Seq)的蓬勃發(fā)展,其在在胚胎發(fā)育,腫瘤細(xì)胞異質(zhì)性,免疫細(xì)胞轉(zhuǎn)化等多方面屢建奇功,但是由于細(xì)胞形態(tài)的不同和單細(xì)胞制備中細(xì)胞敏感性的差異等因素影響,scRNA-Seq在數(shù)據(jù)分析時可能會出現(xiàn)細(xì)胞類型占比失真,個別細(xì)胞類型丟失等情況。為了克服單細(xì)胞測序技術(shù)的局限性,單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)(snRNA-Seq)應(yīng)運而生,snRNA-Seq可利用凍存組織直接制備單細(xì)胞核進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,不僅克服了細(xì)胞形態(tài)差異致使的細(xì)胞捕獲差異,還克服了單細(xì)胞測序必須使用新鮮樣本的多個局限性。以單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組為中心的多組學(xué)聯(lián)合分析有利于更好地理解基因變化與表型變化之間的關(guān)聯(lián)性。廣州single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可以用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析策略進(jìn)行分析,例如,利用GO和Pathway分析篩選不同發(fā)育時期特定空間區(qū)域內(nèi)的信號通路及其關(guān)鍵基因的較大情況,揭示在特定發(fā)育時期特定區(qū)域內(nèi)發(fā)生的生物學(xué)過程。針對任何一個基因,空間轉(zhuǎn)錄組可以顯示表達(dá)該基因的點陣及其空間排布;單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組可以給出該基因表達(dá)的細(xì)胞類群;原位測序可以給出該基因在細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)狀況。通過不同發(fā)育時間點的信息比較,可以分析細(xì)胞類群在某個部位在不同時間點的差異,給出其在細(xì)胞內(nèi)的真實的演變狀況。北京BD單細(xì)胞多組學(xué)測序價格烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺,不依賴已有物種信息,可研究非模式物種,針對不同平臺的數(shù)據(jù),制定多套流程。

烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測序行業(yè),為科研學(xué)者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù),先后經(jīng)歷基因芯片時代、基因測序、轉(zhuǎn)錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭。2018年以來,單細(xì)胞測序進(jìn)入發(fā)展的快車道,烈冰作為國內(nèi)首批引進(jìn)單細(xì)胞實驗雙平臺的公司,依托自主研發(fā)的NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)分析平臺,為用戶提供一站式全流程的單細(xì)胞測序服務(wù)和解決方案。4年的單細(xì)胞技術(shù)的積累,烈冰已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種,皮膚、腦、胰腺、脂肪、心臟、花序等50+組織類型,100+細(xì)胞類型,1000+靶標(biāo)基因,10000+樣本處理經(jīng)驗。

空間轉(zhuǎn)錄組測序與單細(xì)胞測序的結(jié)果不同,這里存在一個概念叫做NumberofSpotsundertissue,即,空間轉(zhuǎn)錄組片子上組織覆蓋的有效的spot位點。這個有效Spot的篩選標(biāo)準(zhǔn)是有UMI以及有序列表達(dá)。那么這個時候,貼片的質(zhì)量就成為了制約空間轉(zhuǎn)錄組有效區(qū)域的要點了。如果組織沒有很好地覆蓋到空轉(zhuǎn)片上,那么容易出現(xiàn)雖然有HE染色有組織片子,但是沒有基因表達(dá),即無有效Spot位點。同樣的,另一個就是組織切片的大小,也就是說組織切片在整個玻片的覆蓋面積越小,分析的有效區(qū)域就越少。這兩者基本上決定了整個空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果的基礎(chǔ)質(zhì)量。單細(xì)胞測序手段有力地解決了組織內(nèi)高度異質(zhì)性對于低豐度信號影響的問題。

烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程!此外,烈冰生信團(tuán)隊根據(jù)豐富的實戰(zhàn)經(jīng)驗為用戶量身打造了一款單細(xì)胞測序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器(SingleCellBrowser),不僅可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化,還可以實現(xiàn)分析結(jié)果的三維立體化的展示呈現(xiàn)。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,專業(yè)的生物學(xué)意義交給專業(yè)的您!烈冰智造PanoCell單細(xì)胞捕獲,媲美國際主流的單細(xì)胞平臺。深圳scRNA單細(xì)胞多組學(xué)測序價格

為了能深入分析和理解細(xì)胞狀態(tài)和命運決定的機(jī)制, 將單細(xì)胞各組學(xué)技術(shù)結(jié)合在一起的單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)產(chǎn)生。廣州single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化

二代測序技術(shù)在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencingbysynthesis)和大規(guī)模平行測序技術(shù)(massiveparallelanalysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,烈冰生物斥巨資購置的Novaseq6000測序儀的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構(gòu)建、簇生成、測序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3和5端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來源;2)Adapter,用于結(jié)合測序通道上的位點;3)Primerbindingsite,用于結(jié)合PCR引物啟動擴(kuò)增反應(yīng)。廣州single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化

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