西安scRNA空間轉錄組測序

來源: 發(fā)布時間:2022-09-04

烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深入解讀數(shù)據(jù)分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!此外,烈冰生信團隊根據(jù)豐富的實戰(zhàn)經(jīng)驗為用戶量身打造了一款單細胞測序結果解讀的神兵利器——單細胞瀏覽器(SingleCellBrowser),不僅可以將海量復雜的結果文件可視化,還可以實現(xiàn)分析結果的三維立體化的展示呈現(xiàn)。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,專業(yè)的生物學意義交給專業(yè)的您!烈冰斥巨資引進Novaseq6000,開啟更大通量測序新紀元。西安scRNA空間轉錄組測序

其實,空間轉錄組的概念早就已經(jīng)存在了,目前已經(jīng)發(fā)表的空間轉錄組技術有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。但是這些方法存在操作復雜、檢測精度不準確、基因和細胞檢測量的限制等問題。10xGenomics公司升級spatialTranscriptomic后推出的Visium空間基因表達解決方案是一款商業(yè)化的高精度、高通量空間轉錄組測序方案。烈冰科技自2020年起,國內(nèi)率先搭建空間轉錄組測序服務平臺,聯(lián)合上線單細胞核轉錄組測序、AbSeq、單細胞TCR-Seq、單細胞ATAC-Seq(ARCHR測序)、空間轉錄組測序產(chǎn)品結合scRNA-Seq服務,多組學聯(lián)合助力科研人員探索時空等多維度、多角度的動態(tài)變化的生物學信息。烈冰生物為您提供貼心的單細胞研究完整解決方案!武漢BD Rhapsody空間轉錄組測序服務十二年測序經(jīng)驗,烈冰生物空間轉錄組領域的佼佼者。

在轉錄組學領域,空間轉錄組也開辟了新世界。Nature Methods在今年1月份將空間轉錄組學評價為2020年度方法,空間轉錄組方法近幾年越來越受到歡迎,它將帶領組學在生物學的研究上進入新的階段。從轉錄組測序到實現(xiàn)單細胞轉錄測序,這一過程為精確認識不同細胞類型提供了巨大的幫助?,F(xiàn)在,新的空間轉錄組方法不僅帶來轉錄組信息,同時還提供空間信息,幫研究者更好辨別轉錄的位置,進一步擴展到單細胞分辨率,這會更大程度提升科學家對單個細胞的認識和解讀。

空間轉錄組測序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個階段:1.數(shù)據(jù)的預處理部分;2.Spot點陣的分群與定義;3.Spot分群的功能與生物學價值。每一個部分都不可或缺,其結果都對后續(xù)的分析結果有重要影響。由于空間轉錄組的序列結構與單細胞轉錄組測序的左端序列結構是非常接近的,都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設計。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細胞的原始數(shù)據(jù)過濾策略即可,左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負荷。隨后,采用10X官方的Spatialranger的策略進行后續(xù)分析,解析出位于空間位置中的有效的Spot表達矩陣??臻g轉錄組測序技術的迅速發(fā)展和應用推廣,為從多維度揭示疾病進展提供了強有力的工具。

細胞在組織樣本中的相對空間位置關系對于了解疾病病理學非常重要。但是scRNA-Seq在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結構,無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細胞空間排布信息。而空間轉錄組可以解決這個問題,通過記錄組織切片細胞的空間信息,捕獲組織切片中的組織學信息;通過免疫熒光進行蛋白組檢測,將基因表達譜映射回組織樣本中的原始位置,同時獲得細胞/基因的空間表達特異性。該技術可以為神經(jīng)科學,發(fā)育生物學,免疫生理學等領域的研究提供組織和基因表達情況的新視角。高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次翻天覆地的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。廣州上海烈冰生物空間轉錄組平臺

空間轉錄組測序是高通量測序下的又一重大技術突破。西安scRNA空間轉錄組測序

烈冰生物真正實現(xiàn)空間轉錄組測序的全程把控,做到從實驗設計、空間信息標記、建庫測序、定制化分析的全流程一站式服務,助力高分文章發(fā)表;專業(yè)實驗團隊保證樣本的高度一致性;專業(yè)的生物學團隊提供個性化的產(chǎn)品應用場景解讀、保持對生物學意義的關注;強大的生信分析團隊一對一地進行詳實科學的實驗方案設計并提供多次售后分析;可接受樣品類別為冰凍組織:新鮮樣本經(jīng)液氮預冷的異戊烷速凍,-80℃保存OCT包埋組織:新鮮組織異戊烷速凍后進行OCT包埋,或新鮮組織直接OCT包埋后-80℃速凍,注意標明樣本方向,樣本于-80℃保存樣本處理和運輸過程需要在低溫環(huán)境西安scRNA空間轉錄組測序

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