轉(zhuǎn)錄組分析指對細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的分析。轉(zhuǎn)錄組測序一般是對用多聚胸腺嘧啶（oligo-dT）進行親和純化的RNA聚合酶II轉(zhuǎn)錄生成的成熟mRNA和ncRNA進行高通量測序。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺，轉(zhuǎn)錄組測序無需預(yù)先針對已知序列設(shè)計探針，即可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測，提供更精確的數(shù)字化信號，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復雜性的強大工具。FFPE空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理 為同時獲得空間表達和組織學背景信息,該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進行組織學染色和成像,然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進行表達定量?？臻g轉(zhuǎn)錄組可展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達情況，揭示精細病理區(qū)域的信號通路。合肥BD空間轉(zhuǎn)錄組多組學測序
解決空間轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析中由于超大數(shù)據(jù)量、超高的質(zhì)控要求以及繁多分析需求而引起的分析困難，做到快速可定制化完成空間轉(zhuǎn)錄組分析；擁有行業(yè)先進的3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的數(shù)字切片掃描儀，可以同時實現(xiàn)明場與熒光場下冷凍切片的快速掃描成像；Z-Stack多層聚焦掃描及Extended Focus 景深擴展多層融合掃描模式，進一步提升分辨率和清晰度，保證切片高分辨的數(shù)字圖像信息精細采集；能夠滿足針對分析結(jié)果中感興趣基因的RNA-FISH驗證以及組織切片的免疫組化的高清成像，獲取表達與定位信息。烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組多組學測序烈冰斥巨資引進Novaseq6000，開啟更大通量測序新紀元。
10XVisium的實驗主要分為兩部分：組織學板塊和組學板塊。組織學板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學信息；組學板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息。具體實驗流程如下：A、切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍、切片，并進行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域。B、切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上，并進行固定和透化，使細胞中的mRNA得到釋放，并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上，從而獲取基因表達信息。C、逆轉(zhuǎn)和文庫構(gòu)建：以捕獲的RNA為模板，進行cDNA合成，和測序文庫制備。D、高通量上機測序：對制備好的測序文庫，進行二代高通量短讀長測序。E、數(shù)據(jù)可視化分析：結(jié)合HE結(jié)果，確定哪些基因有表達，表達量高低，以及這些基因的空間位置信息
10XGenomics和Drop-Seq的技術(shù)原理。是利用十字交叉的通道，從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，縱向孔道輸入細胞，凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術(shù)，將之輸入到油相孔道中。這時候，就形成了一個個油滴后輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠，那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的CellBarcode和UMIBarcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligodT抓住mRNA構(gòu)建文庫，進而完成細胞中RNA的捕獲過程。十二年測序經(jīng)驗，累計服務(wù)與5000余項重要科研項目。
烈冰生物已空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)提供從一個組織切片樣本中獲取包括空間信息在內(nèi)的全部轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，從而可以區(qū)分和定位功能基因在特定組織區(qū)域內(nèi)的活躍表達。其可以檢測組織樣本中的所有基因活動，并繪制活動發(fā)生的位置，這將有助于科學家更好地構(gòu)建生物圖譜，并進一步理解疾病和生物學過程。目前，空間轉(zhuǎn)錄組主要應(yīng)用于多種疾病、免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理學等研究領(lǐng)域。烈冰生物具有專業(yè)的實驗團隊、豐富的切片經(jīng)驗，配置了國際主流的儀器設(shè)備，實驗團隊針對不同組織類型優(yōu)化完善實驗方案，并制定了嚴謹規(guī)范的實驗室SOP流程，保證空間轉(zhuǎn)錄組切片的質(zhì)量，全優(yōu)保障測序數(shù)據(jù)質(zhì)量。全線搭建10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺。無錫scRNA空間轉(zhuǎn)錄組平臺
空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)用推廣，為從多維度揭示疾病進展提供了強有力的工具。合肥BD空間轉(zhuǎn)錄組多組學測序
空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必耍性：研究單細胞是想要探究細胞間的異質(zhì)性，但是常規(guī)的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液，然后利用單細胞分離技術(shù)（微孔，微板，液滴）等方法實現(xiàn)單細胞建庫，這里比較大的問題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中是非常重要。特別是在研究細胞命運機制及細胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空問轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實現(xiàn)細胞的位置信息的保留，對研究此類細胞狀態(tài)尤為必要。合肥BD空間轉(zhuǎn)錄組多組學測序
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