從單細胞測序描述性分析轉(zhuǎn)向復雜樣本中不同細胞類型的功能解析,越來越需要一種多組學的細胞生物學視角。通過單細胞多組學——即對不同組學的數(shù)據(jù)集進行分析和整合——科學家能夠從同一個單細胞來源中檢測多種細胞特征。這些特征包括全轉(zhuǎn)錄組基因表達、細胞表面蛋白表達、免疫組庫序列(包括T細胞和B細胞受體)以及用于了解表觀基因組調(diào)控的開放染色質(zhì)區(qū)域。隨著單個實驗可提供更多信息豐富的數(shù)據(jù),研究人員的獲益更多,包括保留珍貴樣本、提高生產(chǎn)力、減少因批次效應(yīng)引起的錯誤,并節(jié)省更多的高科技資源(從資助基金到人員時間)。單細胞測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關(guān)系,一度成為高通量測序技術(shù)的“天花板”。單細胞多組學對不同組學技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進行整合分析有助于更刻畫細胞內(nèi)的基因調(diào)控狀態(tài)、揭示調(diào)控機制。武漢烈冰科技單細胞多組學數(shù)據(jù)分析
單細胞多組學測序技術(shù)是在單細胞分辨率下精確分析細胞異質(zhì)性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的新技術(shù),提供了全新的視角來分析細胞的分化路徑、細胞間的交互調(diào)控和細胞亞群的分離現(xiàn)象。轉(zhuǎn)錄組、表觀基因組、蛋白組學和代謝組學的差異賦予了組織內(nèi)同樣基因組背景下的單個細胞的功能特異性。單個細胞的組學變化決定了組織的功能狀態(tài),因此,闡明組織的細胞異質(zhì)性是破譯生理功能和病理演變的關(guān)鍵。然而,以bulkRNA測序等為**的傳統(tǒng)方法掩蓋了細胞的異質(zhì)性,細胞組學變化的平均水平。近10年來,單細胞組學技術(shù)應(yīng)運而生,實現(xiàn)了在單細胞分辨率下研究分子的變化規(guī)律。武漢烈冰單細胞多組學平臺單細胞多組學技術(shù)基于單細胞測序技術(shù)和高通量組學方法發(fā)展而來,能在單細胞分辨率下同時整合多種組學信息。
BDRhapsody單細胞分選系統(tǒng)集成了熒光顯微成像系統(tǒng),可以對不同熒光標記的細胞進行檢測并計數(shù)。在進行質(zhì)量評估之前,首先要將細胞的培養(yǎng)體系更換成上機所需的Buffer。在這個過程中,需要進行多次離心、重懸操作,烈冰Novelbio單細胞實驗團隊推薦采用水平轉(zhuǎn)子離心機來進行這步操作。這種離心機可以有效減少細胞在多次更換Buffer過程中的損失,尤其是對于細胞量較少的樣本來說,顯得非常有必要。更換完Buffer之后,還需要將細胞進行過篩操作,去除較大的細胞團,獲得較為純凈的單細胞懸液。
針對單細胞測序的細胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié):主要是對細胞數(shù)量、基因表達量、測序質(zhì)量進行整體描述。過濾標準:由于細胞破碎后游離RNA會釋放到環(huán)境或孔中,并且測序中也會存在一些死細胞,導致數(shù)據(jù)存在background值。因此,我們需要設(shè)定一定的標準來過濾掉假細胞或死細胞。以10×Genomics為例,細胞數(shù)量判斷主要通過分析UMICounts-Barcode曲線斜率拐點,當存在多個斜率拐點的時候,結(jié)合預期UMI=500時的細胞數(shù)量進行過濾。當斜率拐點低于UMI=500的時候,選擇UMI=500作為細胞的判斷的標準;否則,選擇和預期細胞數(shù)量非常接近的拐點作為細胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。單細胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在多個研究領(lǐng)域都發(fā)揮了重要的推進作用,揭示了組織中微量的細胞類型和基因表達特征。
單細胞技術(shù)讓我們在基因組學、表觀基因組學、轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學等層面上解析了許多錯綜復雜的生命密碼。隨著科技的進步,我們發(fā)現(xiàn)整合多個組學的信息可以更仔細地觀察細胞之間的可變性,更清楚地識別特定細胞及其功能。單細胞多組學在臨床診斷、疾病分型以及細胞發(fā)展機制這些重大生命科學領(lǐng)域方面的應(yīng)用也將越來越廣。單細胞技術(shù)從 2009 年發(fā)展到現(xiàn)在,研究范圍不再局限于轉(zhuǎn)錄組,而是擴展到了基因組、免疫組、表觀組、蛋白組等多組學水平。單細胞多組學測序技術(shù)是在單細胞分辨率下精確分析細胞異質(zhì)性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的新技術(shù)。青島烈冰科技單細胞多組學測序
單細胞多組學技術(shù)可在同一細胞中捕獲分析兩種以上的組學信息,包括轉(zhuǎn)錄組、基因組、表觀基因組、蛋白組等。武漢烈冰科技單細胞多組學數(shù)據(jù)分析
如在現(xiàn)有研究方法基礎(chǔ)上,進行特定亞細胞區(qū)域的蛋白質(zhì)組學、相互作用蛋白質(zhì)組學以及某種特定翻譯后修飾類型的蛋白質(zhì)組學的研究等。這將有助于諸多生化過程以及致病機理的全新認識與發(fā)現(xiàn)。隨著基于單細胞蛋白質(zhì)組學質(zhì)譜研究方法的不斷發(fā)展,單細胞分析方法的靈敏度、蛋白質(zhì)的覆蓋度、細胞通量、空間分辨率以及多組學的兼容能力會不斷突破我們的認知極限。更重要的是,單細胞分析在臨床診斷、疾病分型以及細胞發(fā)展機制這些重大生命科學領(lǐng)域方面的應(yīng)用將會越來越大。武漢烈冰科技單細胞多組學數(shù)據(jù)分析
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